Bộ luật Tố tụng hỡnh sự quy định rừ chức năng nhiệm vụ của người tiến hành tố tụng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn, đối với mỗi vụ ỏn Kiểm sỏt viờn, Viện trưởng, Phú Viện trưởng thực hiện theo quyền năng của mỡnh do phỏp luật quy định. Đối với cỏc cỏc viện kiểm sỏt khỏc, người tiến hành tố tụng cú mối quan hệ phối hợp, tạo điều kiện giỳp nhau hoàn thành tốt nhiệm vụ chung.
Mối quan hệ giữa cỏc cơ quan Viện kiểm sỏt cựng cấp, trong quỏ trỡnh giải quyết một vụ ỏn hỡnh sự, là mối quan hệ phõn cụng, phối hợp với nhau. Sự phõn cụng giữa cỏc cơ quan này thể hiện ở thẩm quyền điều tra, truy tố theo vụ việc, theo đối tượng phạm tội hay theo lónh thổ... đó được quy định rừ trong phỏp luật.
Đối với viện kiểm sỏt cấp trờn và cấp dưới, về nguyờn tắc "viện kiểm sỏt cấp dưới phải chịu sự chỉ đạo của viện kiểm sỏt cấp trờn", Viện trưởng viện kiểm sỏt cấp dưới chấp hành sự chỉ đạo của Viện trưởng cấp trờn và chịu sự chỉ đạo thống nhất của Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao. Tuy nhiờn, đõy là sự chỉ đạo, hướng dẫn nghiệp vụ của viện kiểm sỏt cấp trờn đối với viện kiểm sỏt cấp dưới, cũn khi giải quyết vụ ỏn người tiến hành tố tụng ở viện cấp dưới vẫn phải thực hiện theo đỳng quy định của phỏp luật và phải chịu trỏch nhiệm về quyết định và hành vi của mỡnh.
Thực tiễn hoạt động giải quyết vụ ỏn hỡnh sự hiện nay, quan hệ giữa viện kiểm sỏt cấp trờn và viện kiểm sỏt cấp dưới cũn thể hiện thụng qua việc
Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao ủy quyền cho Viện kiểm sỏt cấp tỉnh hoặc cấp huyện giữ quyền cụng tố tại phiờn sơ thẩm hỡnh sự. Tuy nhiờn, Bộ luật Tố tụng hỡnh sự, Luật Tổ chức Viện kiểm sỏt nhõn dõn và Phỏp lệnh Kiểm sỏt viờn Viện kiểm sỏt nhõn dõn đều khụng hề cú quy định về việc viện kiểm sỏt cấp trờn ủy quyền cho viện kiểm sỏt cấp dưới tiến hành tố tụng như thế này. Trong khi đú, thực tế hoạt động này là khụng hợp lý và gõy nhiều khú khăn cho người tiến hành tố tụng của Viện kiểm sỏt nhõn dõn.
Đối với những vụ ỏn hỡnh sự đặc biệt nghiờm trọng, phức tạp, dự thuộc thẩm quyền của Cơ quan điều tra cấp tỉnh nhưng nếu thấy cần trực tiếp điều tra thỡ Cơ quan điều tra của Bộ Cụng an vẫn rỳt hồ sơ lờn để giải quyết. Với những vụ này, Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao sẽ kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong giai đoạn điều tra và giữ quyền truy tố. Sau khi ra cỏo trạng, Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao sẽ ủy quyền cho Viện kiểm sỏt nhõn dõn cấp tỉnh nơi xột xử sơ thẩm giữ quyền cụng tố tại phiờn tũa.
Cú thực tế này vỡ Bộ luật Tố tụng hỡnh sự quy định Toà ỏn nhana dõn tối cao khụng cú thẩm quyền xột xử sơ thẩm. Vỡ thế, dự vụ ỏn được điều tra bởi cấp trung ương nhưng vẫn phải được xột xử sơ thẩm tại Toà ỏn nhõn dõn cấp tỉnh hoặc cấp huyện tựy vào tội danh và khung hỡnh phạt. Đồng thời cung xtheo Bộ luật Tố tụng hỡnh sự, tũa ỏn nơi nào xột xử sơ thẩm thỡ viện kiểm sỏt cựng cấp nơi đú giữ quyền cụng tố. Hoạt động này đó nảy sinh một số bất cập như sau:
Thứ nhất, dự là chủ thể ban hành cỏo trạng, nhưng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao sẽ khụng thể trực tiếp tham gia phiờn tũa sơ thẩm mà phải ủy quyền cho viện kiểm sỏt cấp dưới. Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao giữ toàn bộ hồ sơ vụ ỏn trong suốt quỏ trỡnh truy tố, chỉ sau khi ra cỏo trạng mới ủy quyền, chuyển hồ sơ về cho viện kiểm sỏt cấp tỉnh. Theo Bộ luật Tố tụng hỡnh sự, trong thời gian ba ngày kể từ khi ra cỏo trạng, viện kiểm sỏt phải gửi cỏo trạng cựng hồ sơ sang tũa. Như vậy, viện kiểm sỏt cấp tỉnh chỉ cú ba
ngày để nghiờn cứu hồ sơ, khụng đủ thời gian để nghiờn cứu hồ sơ, trong khi những vụ ỏn mà Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao truy tố thỡ đều là nhưng vụ ỏn cú hậu quả lớn về mặt kinh tế, chớnh tri, xó hội, vụ ỏn cú nhiều tỡnh tiết phức tạp, cú nhiều bị cỏo hoặc cú bị cỏo liờn quan đến người cú chức sắc tụn giỏo...
Thứ hai, do khụng tham gia kiểm sỏt điều tra vụ ỏn ngay từ đầu, Kiểm sỏt viờn được uỷ quyền trực tiếp thực hành quyền cụng tố tại phiờn toà chỉ đọc hồ sơ rồi ra ngồi tham dự phiờn tũa thường khụng nắm rừ, nắm hết tỡnh tiết của vụ ỏn, việc tổng hợp và đỏnh giỏ toàn diện cỏc chứng cứ, tài liệu liờn quan đến vụ ỏn… Nhiều vụ Kiểm sỏt viờn được ủy quyền ngồi phiờn tũa lỳng tỳng, chỉ biết "bảo lưu quan điểm" mặc dự khụng tranh luận được với luật sư, làm phiờn tũa mất tớnh tranh tụng cần cú của phiờn toà theo yờu cầu cải cỏch tư phỏp.
Thứ ba, vỡ được ủy quyền nờn Kiểm sỏt viờn trực tiếp tham gia phiờn tũa phải tuõn thủ triệt để ý chớ của Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao (thể hiện trong bản cỏo trạng). Trong trường hợp, tại phiờn tũa cú một tỡnh huống mới phỏt sinh khỏc với nội dung truy tố ban đầu của Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao, thỡ Kiểm sỏt viờn khụng thể tự quyết là rỳt một phần hay toàn bộ quyết định truy tố hoặc kết luận về một tội nhẹ hơn. Thay vào đú, họ phải đề nghị hoón xử, về bỏo cỏo lại với lónh đạo trực tiếp để vị này bỏo cỏo lờn viện trưởng cấp trờn xem xột, quyết định và chờ ý kiến kiến chỉ đạo.
Như vậy, Kiểm sỏt viờn được uỷ quyền tham dự phiờn tũa đó mất tớnh chủ động trong việc quyết định những vấn đề phỏt sinh tại phiờn toà thuộc thẩm quyền của mỡnh mà Bộ luật Tố tụng hỡnh sự cho phộp. Mặt khỏc, khi gặp trường hợp trờn, hội đồng xột khi cũng khú cú lý do hợp lý để hoón phiờn tũa theo yờu cầu của Kiểm sỏt viờn. Nếu hội đồng xột xử hoón phiờn toà theo đề xuất của Kiểm sỏt viờn thỡ vụ ỏn sẽ phải kộo dài thời hạn theo kế hoạch, thậm chớ quỏ thời hạn luật định.