Mối quan hệ giữa những người tiến hành tố tụng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn khi giải quyết cỏc vụ ỏn hỡnh sự là mối quan hệ giữa Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn trong cựng một cơ quan Viện kiểm sỏt.
Theo quy định của Bộ luật Tố tụng hỡnh sự và Quy chế thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt điều tra, Quy chế thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử của Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao thỡ khi cú vụ ỏn
xảy ra Viện trưởng cú quyền phõn cụng Phú Viện trưởng, Kiểm sỏt viờn thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt cỏc hoạt động tư phỏp theo thẩm quyền. Viện trưởng, phú viờn trưởng và Kiểm sỏt viờn phải nghiờm chỉnh thực hiện những quy định của phỏp luật và phải chịu trỏch nhiệm trước phỏp luật về những hành vi, quyết định của mỡnh trong việc thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật.
Khi vụ ỏn ở giai đoạn điều tra, Viện trưởng, Phú Viện trưởng được Viện trưởng uỷ quyền cú trỏch nhiệm quản lý, chỉ đạo cỏc hoạt động thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong hoạt động điều tra của Cơ quan điều tra. Kiểm sỏt viờn cú trỏch nhiệm bỏo cỏo trung thực, chớnh xỏc, đầy đủ nội dung vụ việc, tiến độ giải quyết và đề xuất hướng xử lý bằng phiếu đề xuất. Sau khi nghe Kiểm sỏt viờn bỏo cỏo đề xuất giải quyết vụ ỏn, viện trưởng, phú viện trưởng phải ghi rừ ý kiến chỉ đạo của mỡnh vào phiếu đề xuất của Kiểm sỏt viờn. Trường hợp cú ý kiến khỏc nhau giữa Kiểm sỏt viờn thụ lý giải quyết vụ ỏn với lónh đạo đơn vị kiểm sỏt điều tra hoặc giữa cỏc đơn vị nghiệp vụ cựng cấp, thỡ lónh đạo đơn vị kiểm sỏt điều tra bỏo cỏo Phú viện trưởng xem xột, quyết định. Nếu cú ý kiến khỏc nhau giữa lónh đạo đơn vị kiểm sỏt điều tra với Phú viện trưởng thỡ Phú viện trưởng bỏo cỏo với Viện trưởng xem xột quyết định. Kết luận của Viện trưởng, Phú viện trưởng được ghi vào bỏo cỏo của đơn vị nghiệp vụ và lưu vào hồ sơ kiểm sỏt [42, tr. 5].
Ở giai đoạn thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử, khi thực hiện nhiệm vụ được giao, Kiểm sỏt viờn phải chịu sự lónh đạo của Viện trưởng Viện kiểm sỏt. Ở Viện kiểm sỏt nhõn dõn cấp tỉnh và Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao, Kiểm sỏt viờn cũn chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của lónh đạo đơn vị. Khi thực hiện nhiệm vụ, giữa Kiểm sỏt viờn với lónh đạo đơn vị thỡ Kiểm sỏt viờn và lónh đạo đơn vị phải bỏo cỏo lónh đạo viện quyết định.
Chỳng ta dễ nhận thấy, theo quy định của và xuất phỏt từ nguyờn tắc tổ chức và hoạt động của ngành kiểm sỏt nước ta là "tập trung thống nhất" nờn
mặc dự là người tiến hành tố tụng nhưng Kiểm sỏt viờn cũng khụng được độc lập như thẩm phỏn. Cỏc quyết định tố tụng của Viện kiểm sỏt là quyết định của Viện trưởng, Phú Viện trưởng. Kiểm sỏt viờn chỉ độc lập thực hiện một số hoạt động tố tụng như: kiểm sỏt cỏc hoạt động điều tra và việc lập hồ sơ vụ ỏn của Cơ quan điều tra; đề ra yờu cầu điều tra; triệu tập và hỏi cung bị can, triệu tập và lấy lời khai của người làm chứng, người bị hại, nguyờn đơn dõn sự, bị đơn dõn sự, người cú quyền lợi, nghĩa vụ liờn quan đến vụ ỏn, kiểm sỏt việc bắt, tạm giữ, tạm giam; tham gia phiờn toà, đọc cỏo trạng, hỏi, đưa ra chứng cứ và thực hiện việc luận tội, tranh luận với những người tham gia tố tụng tại phiờn toà.
Như vậy, theo quy định của Bộ luật Tố tụng hỡnh sự thỡ quan hệ giữa Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn trong cựng một cơ quan Viện kiểm sỏt nhõn dõn được điều chỉnh dưới hai gúc độ xuất phỏt từ việc phõn định thẩm quyền hành chớnh và quyền han trong tố tụng hỡnh sự của cỏc chức danh này. Tại khoản 1 Điều 36 Bộ luật Tố tụng hỡnh sự quy định nhiệm vụ, quyền hạn chung của Viện trưởng như tổ chức và chỉ đạo cỏc hoạt động tố tụng hỡnh sự; kiểm tra cỏc hoạt đụng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt hoạt động tư phỏp của Phú Viện trưởng, Kiểm sỏt viờn; giải quyết khiếu nại, tố cỏo... thẩm quyền này của Viện trưởng mang tớnh hành chớnh, do đú, cỏc quyết định, mệnh lệnh của Viện trưởng phải được Phú Viện trưởng và cỏc Kiểm sỏt viờn nghiờm chỉnh chấp hành. Đõy là mối quan hệ chỉ huy, mệnh lệnh - phục tựng.
Trong hoạt động tố tụng hỡnh sự, Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn cú nhiệm vụ quyền hạn được quy định tại Khoản 2 Điều 36 Bộ luật Tố tụng hỡnh sự. Khi Viện trưởng đưa ra cỏc quyết định tố tụng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn cú nhiệm vụ thi hành cỏc quyết định đú. Về thực chất, hiện nay việc phõn định thẩm quyền của người tiến hành tố tụng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn từ gúc độ hành chớnh và gúc độ tố tụng vẫn chưa rừ ràng dẫn đến
việc hạn chế quyền chủ động, tự quyết của Kiểm sỏt viờn khi giải quyết vụ ỏn hỡnh sự trong quan hệ với lónh đạo Viện kiểm sỏt.
Túm lại, về thực chất mối quan hệ giữa Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn là mối quan hệ chỉ huy, mệnh lệnh, phục tựng. Ngoài việc phải chịu trỏch nhiệm trước phỏp luật như thẩm phỏn, Kiểm sỏt viờn cũn phải chịu trỏch nhiệm trước Viện trưởng khi thực hiện nhiệm vụ của mỡnh [24, khoản 2 Điều 37].