Theo quy định của Bộ luật Tố tụng hỡnh sự và thực tiễn hoạt động giải quyết vụ ỏn hỡnh sự cho thấy, mối quan hệ giữa Cơ quan điều tra và viện kiểm sỏt là mối quan hệ tất yếu khỏch quan, xuất phỏt từ chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của mỗi cơ quan do phỏp luật quy đinh. Viện kiểm sỏt là cơ quan tiến hành tố tụng cú chức năng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt cỏc hoạt động tư phỏp, kiểm sỏt việc khởi tố, điều tra, việc ỏp dụng biện phỏp ngăn chặn và cỏc hoạt động tố tụng khỏc của Cơ quan điều tra nhằm đảm bảo mọi hoạt động tố tụng hỡnh sự của Cơ quan điều tra tuõn thủ đỳng quy định của phỏp luật. Cơ quan điều tra cú nhiệm vụ tiến hành điều tra tất cả cỏc tội phạm, ỏp dụng mọi biện phỏp mà Bộ luật Tố tụng hỡnh sự quy định để xỏc định tội
phạm và người thực hiện hành vi phạm tội lập hồ sơ đề nghị truy tố, tỡm ra nguyờn nhõn, điều kiện phạm tội và yờu cầu cỏc cơ quan, tổ chức hữu quan ỏp dụng cỏc biện phỏp khắc phục và ngăn ngừa. Mối quan hệ giữa hai cơ quan này thể hiện ở chỗ:
Trong quỏ trỡnh kiểm sỏt điều tra, nếu xột thấy việc điều tra, thu thập chứng cứ của Cơ quan điều tra chưa đầy đủ, cũn thiếu những chứng cứ quan trọng để chứng minh tội phạm và người thực hiện hành vi phạm tội hoặc cú quyết định và hành vi của điều tra viờn thủ trưởng, phú thủ trưởng Cơ quan điều tra khụng cú căn cứ, trỏi phỏp luật thỡ Kiểm sỏt viờn kịp thời đề ra cỏc yờu cầu điều tra bổ sung hoặc trỡnh viện trưởng quyết định huỷ bỏ cỏc quyết định đú của Cơ quan điều tra. Đồng thời yờu cầu Cơ quan điều tra phải thực hiện cỏc yờu cầu và quyết định của viện kiểm sỏt nhằm đảm bảo cỏc hoạt động điều tra được thực hiện đỳng theo quy định của phỏp luật; ngăn chặn kịp thời cỏc hành vi xõm phạm đến trật tự hoạt động tư phỏp, xõm phạm đến quyền và lợi ớch hợp phỏp của cụng dõn.
Những hoạt động trờn của Kiểm sỏt viờn trong giai đoạn điều tra vụ ỏn xuất phỏt từ việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và trỏch nhiệm của Viện kiểm sỏt theo quy định của phỏp luật tố tụng hỡnh sự. Trong quỏ trỡnh thực hiện nhiệm vụ đú, viện kiểm sỏt khụng bao biện, làm thay hoạt động điều tra mà chỉ phục vụ mục đớch chung mà cả Cơ quan điều tra và viện kiểm sỏt đều hướng tới là khởi tố, điều tra, đỳng người đỳng tội, đỳng phỏp luật, khụng làm oan người vụ tội và khụng để sút lọt tội phạm.
Ngược lại, phỏp luật cũng cú quy định đối với trường hợp Cơ quan điều tra khụng đồng ý với yờu cầu và quyết định của Viện kiểm sỏt, cú quyền đề nghị viện kiểm sỏt cấp trờn xem xột. Tại Điều 114 Bộ luật Tố tụng hỡnh sự năm 2003 quy định:
Cơ quan điều tra cú trỏch nhiệm thực hiện cỏc yờu cầu và quyết định của Viện kiểm sỏt. Đối với những yờu cầu và quyết định
quy định tại cỏc điểm 4, 5 và 6 Điều 112 của Bộ luật này, nếu khụng nhất trớ, Cơ quan điều tra vẫn phải chấp hành, nhưng cú quyền kiến nghị với Viện kiểm sỏt cấp trờn trực tiếp. Trong thời hạn hai mươi ngày, kể từ ngày nhận được kiến nghị của Cơ quan điều tra, Viện kiểm sỏt cấp trờn trực tiếp phải xem xột, giải quyết và thụng bỏo kết quả giải quyết cho cơ quan đó kiến nghị [24].
Như vậy, cú thể núi rằng, quan hệ giữa Viện kiểm sỏt nhõn dõn và Cơ quan điều tra là quan hệ phối hợp và chế ước trong tố tụng hỡnh sự, là quan hệ giữa cỏc cơ quan tiến hành tố tụng mà đại diện, trực tiếp là giữa những người tiến hành tố tụng cú thẩm quyền với nhau. Quan hệ đú xuất phỏt từ nguyờn tắc tố tụng hỡnh sự do phỏp luật quy định, cũng như xuất phỏt từ mục đớch chung thống nhất là đấu tranh phũng chống tội phạm cú hiệu quả, gúp phần bảo vệ chế độ xó hội chủ nghĩa, bảo vệ lợi ớch của nhà nước, bảo vệ tớnh mạng, tài sản, quyền và lợi ớch hợp phỏp của cụng dõn [1, tr. 33].