Trong giai đoạn này , Viện kiểm sỏt nhõn dõn được tụ̉ chức thành hờ ̣ thụ́ng thụ́ng nhṍt, bao gụ̀m Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao, cỏc Viện kiểm sỏt
nhõn dõn đi ̣a phương, cỏc Viện kiểm sỏt quõn sự . Nguyờn tắc tổ chức hoạt động của người tiến hành tố tụng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn thể hiện: người tiến hành tố tụng trong một cơ quan Viện kiểm sỏt nhõn dõn do Viợ̀n trưởng lãnh đa ̣o ; Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp dưới chi ̣u sự lãnh đa ̣o của Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp trờn; Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn cỏc địa phương, Viợ̀n trưởng Viờ ̣n kiờ̉m sát quõn sự các cṍp chi ̣u sự lãnh đa ̣o thống nhṍt của Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao.
Cỏc Viện kiểm sỏt quõn sự được tụ̉ chức trong quõn đụ ̣i đờ̉ thực hành quyờ̀n cụng tụ́ và kiờ̉m sát các hoa ̣t đụ ̣ng tư pháp theo quy đi ̣nh của pháp luõ ̣t . Hờ ̣ thụ́ng Viện kiểm sỏt quõn sự gụ̀m có Viện kiểm sỏt quõn sự Trung ương, cỏc Viện kiểm sỏt quõn sự quõn khu và tương đương, cỏc Viện kiểm sỏt quõn sự khu vực . Viờ ̣n kiờ̉m sát quõn sự trung ương thuụ ̣c cơ cṍu Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao. Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt quõn sự Trung ương đụ̀ng thời là phú Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao, lónh đạo hoạt động của Viện kiểm sỏt quõn sự cỏc cấp , chịu trỏch nhiệm và bỏo cỏo cụng tỏc trước Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao.
Những người tiờ́n hành tụ́ tu ̣ng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn được quy đi ̣nh rõ trong Luõ ̣t tụ̉ chức Viện kiểm sỏt nhõn dõn năm 2002. Theo Điờ̀u 31 Luõ ̣t này thì người tiờ́n hành tụ́ tu ̣ng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao gụ̀m có Viờ ̣n trưởng, cỏc Phú Viện trưởng, cỏc Kiểm sỏt viờn.
Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao do Quụ́c hụ ̣i bõ̀u , miờ̃n nhiờ ̣m, bói nhiệm, theo đờ̀ nghi ̣ của Chủ ti ̣ch nước. Nhiờ ̣m kỳ của Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao theo nhiờ ̣m kỳ của Quụ́c hụ ̣i . Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao chịu sự giỏm sỏt của Quốc hụ ̣i, chịu trỏch nhiờ ̣m và báo cáo cụng tác trư ớc Quốc hội , hoă ̣c trước Ủy ban thường vu ̣ Quụ́c hụ ̣i và Chủ ti ̣ch nước giữa hai cuụ ̣c ho ̣p.
Phú Viện trưởng và kiểm sỏt viờn Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao do Chủ tịch nước bổ nhiệ m, miờ̃n nhiờ ̣m , cỏch chức theo đề nghị của Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao.
Theo Điờ̀u 34 Luõ ̣t tụ̉ chức Viện kiểm sỏt nhõn dõn năm 2002 thỡ người tiờ́n hành tụ́ tu ̣ng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp tỉnh gụ̀m có Viờ ̣n trưởng, cỏc Phú Viờ ̣n trưởng và kiờ̉m sát viờn, đều do Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao bụ̉ nhiờ ̣m, miờ̃n nhiờ ̣m và cách chức. So với các giai đoa ̣n trước, ở giai đoạn này một điểm mới được quy định trong Hiến phỏp (sửa đụ̉i) và Luõ ̣t tụ̉ chức Viện kiểm sỏt nhõn dõn là Viện trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tỉnh thành phố trực thuộc trung ương phải chịu sự giỏm sỏt của Hội đồng nhõn dõn cùng cṍp, chịu trỏch nhiệm bỏo cỏo cụng tỏc trước Hội đồng nhõn dõn.
Người tiến hành tố tụng ở Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp huyợ̀n gụ̀m có Viờ ̣n trưởng, cỏc phú Viện trưởng và cỏc k iờ̉m sát viờn do V iờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao bụ̉ nhiờ ̣m, miờ̃n nhiờ ̣m và cách chức . Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp huyợ̀n khụng có Uỷ ban kiờ̉m sát và các phòng nghiờ ̣p vu ̣ , mà chỉ cú bộ phận cụng tỏc và bộ mỏy giỳp việc do Viện trưởng , cỏc phú viện trưởng phu ̣ trách . Giụ́ng như Viờ ̣n trưởng Viờ ̣n kiểm sỏt nhõn dõn cṍp tỉnh, Viờ ̣n trưởng Viện kiểm sỏt nhõn dõn cṍp huyờ ̣n chi ̣u sự giám sát của Hụ ̣i đụ̀ng nhõn dõn cùng cṍp , chịu trỏc nhiệm bỏo cỏo cụng tỏc trước Hội đồng nhõn dõn cùng cṍp.
Ở giai đoạn này , người tiờ́n hành tụ́ tu ̣ng trong Viờ ̣n kiờ̉m sát được tiờ́n hành các hoa ̣t đụ ̣ng theo thõ̉m quyờ̀n do Bộ luật Tố tụng hỡnh sự quy đi ̣nh để thực hiện chức năng , nhiờ ̣m vu ̣ của viờ ̣n kiờ̉m sát trong viờ ̣c giải quyờ́t các vụ ỏn hỡnh sự, như sau:
a. Viện kiểm sỏt thực hành quyền cụng tố trong tố tụng hỡnh sự, quyết định việc truy tố người phạm tội ra trước Toà ỏn.
b. Viện kiểm sỏt kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong tố tụng hỡnh sự cú trỏch nhiệm phỏt hiện kịp thời vi phạm phỏp luật của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng và người tham gia tố tụng , ỏp dụng những biện phỏp do Bộ luật tụ́ tu ̣ng hình sự quy định để loại trừ việc vi phạm phỏp luật của những cơ quan hoặc cỏ nhõn này.
c. Viện kiểm sỏt thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong tố tụng hỡnh sự nhằm bảo đảm mọi hành vi phạm tội đều phải được xử lý kịp thời; việc khởi tố, điều tra, truy tố, xột xử, thi hành ỏn đỳng người, đỳng tội, đỳng phỏp luật, khụng để lọt tội phạm và người phạm tội, khụng làm oan người vụ tội.
Đờ̉ thực hiờ ̣n được chức năng nhiờ ̣m v ụ nờu trờn , theo quy đi ̣nh ta ̣i Điờ̀u 3 Luõ ̣t tụ̉ chức Viện kiểm sỏt nhõn dõn, người tiờ́n hành tụ́ tu ̣ng trong viờ ̣n kiờ̉m sát phải thực hiờ ̣n cỏc cụng tỏc sau:
1. Thực hành quyờ̀n cụng tụ́ và kiờ̉m sát các hoa ̣t đụ ̣ng tuõn theo pháp luõ ̣t trong viờ ̣c điờ̀u tra các vu ̣ án hình sự của các cơ quan điờ̀u tra và các cơ quan khác được giao nhiờ ̣m vu ̣ tiờ́n hành mụ ̣t sụ́ hoa ̣t đụ ̣ng điờ̀u tra;
2. Điờ̀u tra mụ̣t sụ́ loa ̣i tụ ̣i xõm pha ̣m hoa ̣t đụ ̣ng tư pháp mà người phạm tội là cỏn bụ ̣ thuụ ̣c các cơ quan tư pháp;
3. Thực hành quyờ̀n cụng tụ́ và kiờ̉m sát viờ ̣c tuõn theo pháp luõ ̣t trong viờ ̣c xột xử các vu ̣ án hình sự;
4. Kiờ̉m sát viờ ̣c tuõn theo pháp luõ ̣t trong viờ ̣c thi hành bản án , quyờ́t đi ̣nh của Toà án nhõn dõn;
5. Kiờ̉m sát viờ ̣c tuõn theo pháp luõ ̣t trong viờ ̣c ta ̣m giữ , tạm giam , quản lý và giỏo dục người chấp hành ỏn phạt tự.
Đến năm 2003, kế thừa những quy định của phỏp luật tố tụng hỡnh sự trước đú và tiếp nhận những tư tưởng mới về cải cỏch tư phỏp và xõy dựng nhà nước phỏp quyền ở nước ta, Bộ luật Tố tụng hỡnh sự ra đời thay thế Bộ luật Tố tụng hỡnh sự 1988. Bộ luật Tố tụng hỡnh sự 2003 đó hoàn thiện một bước đỏng kể cỏc quy định về nhiệm vụ, quyền hạn và trỏch nhiệm của người tiến hành tố tụng núi chung, của Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn Viện kiểm sỏt nhõn dõn núi riờng, theo cỏc nội dung sau:
Một là, lần đầu Bộ luật Tố tụng hỡnh sự nước ta cú những điều luật quy định tập trung, cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và trỏch nhiệm của Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn viện kiểm sỏt.
Hai là, đó cú quy định phõn định nhiệm vụ, trỏch nhiệm, quyền hạn của Viện trưởng, Phú Viện trưởng với nhiệm vụ quyền hạn và trỏch nhiệm của Kiểm sỏt viờn Viện kiểm sỏt nhõn dõn trong giải quyết cỏc vụ ỏn hỡnh sự.
Ba là, đó cú sư phõn biệt ở mức độ nhất định nhiệm vụ, quyền hạn trỏch nhiệm chung với nhiệm vụ, quyền hạn và trỏch nhiệm trong quỏ trỡnh tiến hành tố tụng cỏc vụ ỏn hỡnh sự của Viện trưởng, Phú Viện trưởng và Kiểm sỏt viờn Viện kiểm sỏt nhõn dõn.
Bốn là, lần đầu tiờn Bộ luật Tố tụng hỡnh sự cú chung quy định về khiếu nại, tố cỏo tạo cơ sở phỏp lý cho người tham gia tố tụng cũng như cụng dõn cú cụng cụ phỏp lý bảo vệ quyền và lợi ớch hợp phỏp của mỡnh; cơ sở phỏp lý để giải quyết nhanh chúng, kịp thời cỏc khiếu nại, tố cỏo, giải quyết kịp thời cỏc vụ ỏn hỡnh sự, bảo vệ lợi ớch nhà nước, quyền và lợi ớch hợp phỏp của tổ chức, cụng dõn; là điều kiện để nõng cao trỏch nhiệm người tiến hành tố tụng trong Viện kiểm sỏt nhõn dõn đối với cỏc vụ ỏn hỡnh sự.