Yên Lập là huyện miền núi cao, địa hình đa dạng và phức tạp, có nhiều dãy núi cao, độ dốc lớn, hệ thống suối, khe, ngòi hẹp và dốc lại phân bố không đều làm cho địa hình bị phân cách mạnh. Địa bàn huyện có thể phân thành 3 tiểu vùng chính.
- Tiểu vùng 1: các xã vùng hạ huyện (vùng thấp): là vùng địa hình núi thấp, đồi cao gồm các xã Minh Hoà, Đồng Lạc, Ngọc Đồng, Ngọc Lập, Phúc Khánh phù hợp cho phát triển các loại cây công nghiệp lâu năm (Chè) và cây nguyên liệu giấy, đồng thời sản xuất chế biến vật liệu xây dựng. Tuy nhiên, do địa hình phân cách nên việc phát triển hệ thống thuỷ lợi gặp nhiều khó khăn.
- Tiểu vùng 2: các xã vùng Trung huyện (vùng giữa) gồm các xã Xuân Viên, Xuân Thuỷ, Hưng Long, Đồng Thịnh, Thượng Long, Thị trấn Yên Lập. Đây là vùng thung lũng được tạo bởi hai sườn núi cao phía Đông và Tây. Đất được hình thành do bồi tụ trong qúa trình phong hoá có thành phần cơ giới chủ yếu là đất thịt trung bình và thịt nặng, phù hợp cho phát triển sản xuất cây lương thực (Lúa, Ngô) theo hướng chuyên canh và thâm canh cao.
- Tiểu vùng 3: Các xã vùng Thượng huyện, gồm Mỹ Lung, Mỹ Lương, Lương Sơn, Xuân An, Nga Hoàng và Trung sơn. Đây là vùng địa hình bị phân cách mạnh, một số khu vực đồi núi có độ dốc cao trên 25°, về mùa mưa thường xảy ra lũ quét, về mùa khô lại hay bị hạn. Trong tiểu vùng có một số khoáng sản và một vài điểm danh lam thắng cảnh và di tích lịch sử. Do vậy tiểu vùng này phù hợp với phát triển lâm nghiệp với các loại cây lấy gỗ và cây
đặc sản có giá trị kinh tế cao; phát triển cây ăn quả, cây công nghiệp; phát triển dịch vụ du lịch và có thể khai thác quặng sắt ở Lương Sơn, Xuân An.