Theo quy định của pháp luật Việt Nam thì thẩm quyền đăng ký giao dịch bảo đảm được xác định căn cứ theo loại tài sản bảo đảm là bất động sản (quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất), tàu bay, tàu biển hay các động sản khác (trừ tàu bay, tàu biển), cụ thể như sau:
(i) Cơ quan đăng ký tàu biển khu vực (Chi cục Hàng hải hoặc Cảng vụ hàng hải) thực hiện đăng ký giao dịch bảo đảm bằng tàu biển. Tuỳ theo quyết định của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam, Cơ quan đăng ký tàu biển khu vực có thể là Chi cục Hàng hải hoặc Cảng vụ hàng hải. Đồng thời, việc phân định thẩm quyền đăng ký thế chấp giữa các Cơ quan đăng ký tàu biển khu vực: Tàu biển Việt Nam được đăng ký (quốc tịch và sở hữu) tại Cơ quan đăng ký tàu biển khu vực nào thì khi thế chấp được đăng ký thế chấp tại chính cơ quan đó.
(ii) Cục Hàng không Việt Nam thực hiện đăng ký giao dịch bảo đảm bằng tàu bay;
(iii) Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh, thành phố thực thuộc trung ương thực hiện đăng ký thế đối với quyền sử dụng đất, quyền sử dụng rừng, quyền sở hữu rừng trồng, tài sản gắn liền với đất là nhà ở, công trình xây dựng nếu bên thế chấp là tổ chức kinh tế, tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài thực hiện dự án đầu tư tại Việt Nam;
(iv) Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thuộc Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện; Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện đối với những nơi không thành lập hoặc chưa thành lập Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất thực hiện đăng ký thế chấp đối với quyền sử dụng đất, quyền sử dụng rừng, quyền sở hữu rừng trồng, tài sản gắn liền với đất là nhà ở, công trình xây dựng nếu bên thế chấp là hộ gia đình, cá nhân trong nước, người Việt Nam định cư ở nước ngoài có quyền sử dụng đất tại Việt Nam;
Tuy nhiên, theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2007/TT-BTNMT ngày 02 tháng 7 năm 2007 của Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn một số quy định của Nghị định số 84/2007/NĐ-CP thì thẩm quyền đăng ký thế chấp quyền sử dụng đất, tài sản gắn liền với đất mà bên thế chấp là hộ gia đình, cá nhân được Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất cấp huyện uỷ quyền cho cán bộ địa chính xã thực hiện. Từ giác độ cá nhân, tôi cho rằng, nếu không có cách thức thực hiện hiệu quả, thì viêc uỷ quyền khó đạt được mục đích và hệ thống đăng ký giao dịch bảo đảm lại phải "gánh chịu" sự yếu kém của cán bộ cấp xã như trước khi có Luật Đất đai năm 2003.
(v) Trung tâm Đăng ký giao dịch, tài sản của Cục Đăng ký quốc gia giao dịch bảo đảm thuộc Bộ Tư pháp thực hiện đăng ký giao dịch bảo đảm đối với các tài sản bảo đảm còn lại (bất động sản không phải là quyền sử dụng đất, nhà ở, công trình xây dựng, rừng sản xuất là rừng trồng, vườn cây lâu năm và động sản không phải là tàu bay, tàu biển).
Ưu điểm của mô hình cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm của Việt Nam là: Cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm bằng quyền sử dụng đất, tàu bay, tàu biển chính là cơ quan đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng và các biến động khác liên quan đến tình trạng pháp lý của tài sản nên thuận lợi cho việc theo dõi lịch sử các biến động và cung cấp thông tin về tình trạng pháp lý của các tài sản nêu trên; đối với các giao dịch bảo đảm bằng động sản được tổ chức đăng ký tương đối tập trung, nên đã giảm được các chi phí đăng ký, tìm hiểu thông tin và thuận lợi cho việc xây dựng cơ sở dữ liệu thống nhất đối với
một số lĩnh vực, như các giao dịch bảo đảm bằng tàu bay, tàu biển và các động sản khác.
Song, bên cạnh đó, thẩm quyền đăng ký giao dịch bảo đảm phân tán có thể dẫn đến những hệ quả như: (i) việc đăng ký có thể bị hủy do xác định không đúng thẩm quyền (ii) hệ thống cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm cồng kềnh, khó khăn trong việc xây dựng cơ sở dữ liệu thống nhất về các giao dịch bảo đảm và tăng chi phí giao dịch; (iii) mục tiêu xây dựng hệ thống Cơ sở dữ liệu quốc gia các giao dịch bảo đảm gặp nhiều khó khăn do thông tin được quản lý phân tán, thiếu tập trung; (iv) công tác quản lý nhà nước về đăng ký giao dịch bảo đảm và sự phối hợp giữa các cơ quan có thẩm quyền đăng ký giao dịch bảo đảm chưa thống nhất, đồng bộ.
Để khắc phục những hạn chế nêu trên, giải pháp quan trọng là phải kiện toàn mô hình tổ chức hệ thống đăng ký giao dịch bảo đảm theo hướng giảm bớt đầu mối các cơ quan đăng ký, tiến tới tổ chức đăng ký tập trung vào một hệ thống được vi tính hoá, nối mạng [41]. Đây là một trong những vấn đề mấu chốt nhằm nâng cao năng lực, hiệu quả của hệ thống cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm.