Trong vùng nghiên cứu có một diện tích rất lớn các ao đầm nuôi tôm thâm
canh. Đây là hình thức nuôi dựa hoàn toàn vào thức ăn bên ngoài. Mật độ thả cao (15 -
30con/m2). Diện tích ao nuôi từ 1000 - 1ha, tối ưu là 5000m2. Mặc dù hình thức nuôi
này có ưu điểm là ao xây dựng hoàn chỉnh, cấp và tiêu nước hoàn toàn chủ động, dễ
quản lý và vận hành, nhưng kích cỡ tôm thu hoạch nhỏ (30 - 35 con/kg), giá bán thấp,
chi phí vận hành cao, lợi nhuận trên một đơn vị sản phẩm thấp. Đặc biệt, hình thức
nuôi này đã nảy sinh nhiều vấn đề về môi trường. Các chất thải từ hoạt động này chưa được xử lý triệt để ảnh hưởng đến chất lượng môi trường ven biển. Có thể đưa ra 3 mô
hình NTTS cụ thể như sau (áp dụng vào từng vùng cụ thể):
* Đối với thủy sản nước ngọt áp dụng mô hình chuyển đổi quảng canh cải tiến
sang nuôi bán thâm canh và thâm canh:Ưu điểm của mô hình này có điều kiện ứng
dụng khoa học công nghệ, nâng cao năng suất, chất lượng sản phẩm, tạo vùng nguyên liệu sản xuất hàng hóa phục vụ xuất khẩu.
* Đối với thủy sản nước mặn, lợ áp dụng mô hình chuyển đổi nuôi thâm canh
sang quảng canh cải tiến: Mô hình này sẽ được áp dụng ở các vùng không gần RNM.
Ưu điểm của mô hình này là sử dụng được phân bón để gia tăng thức ăn tự nhiên trong
ao nuôi, chi phí vận hành thấp, có thể bổ sung bằng giống tự nhiên thu gom hay nhân
tạo, kích thước tôm thu hoạch lớn, giá bán cao, tăng năng suất của đầm nuôi.
* Mô hình nuôi tôm sinh thái: Mô hình này áp dụng cho các vùng NTTS có diện
tích rừng thường chiếm 30 - 40% diện tích đầm nuôi. Mặc dù năng suất không cao so
lợi cho tôm phát triển như trong tự nhiên, không sử dụng hóa chất kháng sinh nên hạn
chế được ô nhiễm môi trường, kích cỡ tôm thu lớn, đảm bảo thu nhập cao cho người
dân, phát triển kinh tế bền vững đi đôi với bảo vệ môi trường sinh thái. Bên cạnh đó,
nuôi tôm sinh thái không cần đầu tư thiết bị máy móc, đặc biệt thuận lợi khi có lưu
thông nước tự nhiên, đặc biệt là nuôi trong RNM.