Ở Đàng Trong, cuối thế kỉ XVI đầu thế kỉ XVII, tín đồ Thiên chúa giáo vào đây ngày một nhiều, chủ yếu là giáo sĩ Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Pháp... Do nghi ngờ về sự cấu kết giữa người công giáo với người Bồ Đào Nha để thôn tính Đàng Ngoài, nên ngay từ thời chúa Nguyễn Phúc Nguyên đã ra lệnh cấm đạo đầu tiên ở Đảng Trong.
3/7/1645 chúa Nguyễn Phúc Lan ra lệnh cấm đạo trục xuất giáo sĩ dòng Tên nhưng linh mục dòng Tên Alexandre de Rhodes lại được tín nhiệm. Trước đó một năm 1644 chúa Nguyễn đã ra lệnh hành hình người thanh niên tín đồ Thiên chúa giáo 19 tuổi là AndreTrung. Cuối năm 1645 Alexandre de Rhodess bị kết án hành hình và được nhiều quan lại Việt Nam quen biết cứu, được tha tội chết để trục xuất về La Mã.
Dưới thời chúa Nguyễn Phúc Nguyên và Nguyễn Phúc Lan chính sách cấm đạo chủ yếu là nhằm vào trục xuất giáo sĩ Đàng Trong nên thực tế công việc truyền đạo vẫn phát triển vào những năm cuối thế kỉ XVII và giáo phận Thiên chúa ở Huế- Đà Nẵng - Hội An trở thành một trung tâm truyền giáo lớn ở nước ta thời đó. Vì vậy các vua đời sau lại tiếp tục thi hành chính sách cấm đạo.
Khi chúa Nguyễn Phúc Lan băng hà, Hiền Lương lên ngôi đã ra lệnh nhốt 4 vị Thừa sai trong đó có Chevrewil người Pháp trong nhà của các linh mục dòng Tên,
đồng thời đặt một cây thập tự lớn trên đường phố chính để tất cả mọi người dân ở Hội An, kể cả người nước ngoài đều phải tới đạp cây thập tự. Ai không đạp sẽ bị lộ ra mình là người công giáo và sẽ bị bắt.
Dưới thời Ngãi Vương lúc đầu ông ra lệnh cấm đạo nhưng thực sự thất bại của Pháp ở Thái Lan năm 1688 đã làm cho Ngãi Vương không thi hành chính sách cấm đạo nữa mà lại thực hiện sự dễ dãi cho những người truyền giáo. Thái độ của Ngãi Vương thay đổi quá đột ngột.
Và Minh Vương ban đầu thi hành chính sách rộng mở đối với truyền giáo và sử dụng toán học - linh mục dòng tên Tây Ban Nha là Arnedo làm người tin cẩn. Nhưng sau đó theo đề xuất của quan lại phong kiến địa phương, Minh Vương ra lệnh tháo dỡ nhà thờ Thiên chúa giáo, giáo dân phải chịu đóng thuế gấp ba lần so với người thường. Các quan lại theo đạo muốn giữ chức phải bỏ đạo, một số ít người bị hành hạ, nhiều giáo sĩ bỏ tù, trừ giáo sĩ Arnedo đã thuận lòng thôi giảng đạo. Đặc biệt trong năm 1724-1725 lệnh cấm đạo lại được thi hành gay gắt hơn nhiều linh mục, giáo sĩ bị bắt giam, nhất là các giáo sĩ ở Đồng Nai. Có thể nói dưới thơi Minh Vương chính sách đối với Thiên chúa giáo rất dữ dội và khắt khe nhưng vẫn không ngăn được sự truyên giáo của các giáo sĩ va giáo dân.
Năm 1750 chúa Võ Vương lại tiếp tục theo con đường vua cha, thực hiện chính sách cấm đạo và trục xuất các giáo sĩ ra khỏi Đà Nẵng. Lúc ấy ở Miền Nam có 300 nhà thờ hoạt động thì 200 nhà bị phá, nhiều giáo sĩ bị bắt. Ngày 26//8/1750 tất cả các giáo sĩ đều bị bắt, trừ linh mục Kefflen và linh mục Zibert được lưu lại làm ngự y trong phủ chúa.
Thế kỷ XVII-XVIII các chúa Nguyễn ở Đàng Trong ra sức cấm đạo sau mỗi triều vua thì chính sách cấm đạo lại càng quyết liệt hơn trước, nhưng thực tế cho thấy triều đình càng cấm thì đạo Thiên chúa càng phát triển và lan tràn hơn trước. Nguyên nhân chủ yếu là do nước ta vào cuối thế kỷ XVII đầu thế kỷ XVIII là thời kỳ suy sụp của chế độ phong kiến Việt Nam. Nhân dân chịu cảnh chia lìa đất nước lâu dai, chịu đựng những cuộc giao tranh quân sự tàn phá xóm làng, chịu đựng sự nặng nề hà khắc ức hiếp của các quan lại địa phương.
Như vậy trong các thể kỷ XVII - XVIII, mặc dù nhà nước phong kiến liên tục tiến hành nhiều cuộc cấm đạo - 9 năm (1630, 1644, 1658, 1663, 1665, 1668, 1700, 1712, 1744, 1750, 1765, 1773, 1785) nhưng sự truyền giáo vẫn không ngừng phát triển số người theo đạo này vẫn ngày một đông thêm. Có thể giải thích tình hình này từ sự đổ vỡ, bế tắc của xã hội kéo dài qua các thế kỷ XVI - XVIII. Lúc bấy giờ chế độ
phong kiến ở nước ta đã rơi vào khủng hoảng trầm trọng dẫn tới chiến tranh giành giật giữa các tập đoàn phong kiến diễn ra triền miên. Chiến tranh và thêm vào đó là sự bóc lột hà hiếp của bọn cường hào ác bá đẩy các tầng lớp nhân dân lao động vào cảnh chết chóc, đói nghèo, lâm than tình hình đó khiến họ không còn tin vào chế độ phong kiến, thậm chí họ mất lòng tin vào các tín điều nho giáo. Cả vua chúa cũng không là những thần tượng đầy uy quyền như ngày xưa. Trong khi quần chúng nghèo khổ đang bị bế tắc trong cuộc sống hiện tại thi giáo lí đạo Thiên chúa đến với họ như nước uống đến với người đang khát. Họ bỗng có được một đức Chúa để cứu rỗi và hy vọng sẽ có được một cuộc sống tốt đẹp trên nước chúa, trên thiên đường. Điều đó đã an ủi về tinh thần hết sức to lớn cho nên không phải ngẫu nhiên mà các sắc dụ cấm đạo của các vua triều Nguyễn đều mở đầu bằng các câu đại loại: “Gia Tô là tả đạo, tả đạo ấy mê hoặc
lòng người..” rõ ràng những điều nêu trên chính là nguyên nhân dẫn đến các cuộc cấm
Chương 3: CHÍNH SÁCH CỦA NHÀ NƯỚC PHONG KIẾN ĐỐI VỚI ĐẠO THIÊN CHÚA GIÁO THẾ KỶ XIX 3.1 Chính sách của nhà nước phong kiến