Sau cuộc phát kiến địa lý là sự xuất hiện của những thương nhân Bồ Đào Nha, Hà Lan, Pháp và người Anh đã lần lượt kéo đến buôn bán và thành lập thương điếm ở nước ta.
Trong hoạt động buôn bán này, phần nhiều các giáo sĩ Thiên chúa giáo đã đến đây trước và làm mối lái cho họ. Các giáo sĩ này đi khắp nơi vừa truyền đạo, vừa tìm mua các thứ hàng hóa như hồ tiêu, trầm hương... cất vào một nơi chờ khi tầu lái buôn đến thì giao nộp và nhận tiền. Trong nhiều trường hợp, các giáo sĩ còn đứng ra can thiệp với nhà nước để xin buôn bán hoặc tự mình kiêm luôn công việc buôn bán. Cho nên, lúc bấy giờ thật khó mà phân biệt ai là thương nhân, ai là giáo sĩ, bởi vì truyền đạo và buôn bán vẫn thường là hai công việc của cùng một người. Vì thế, các vua chúa Việt Nam đã có sự ngộ nhận về vai trò của các giáo sĩ Thừa sai đối với việc điều hành các chuyến thuyền buôn.
Để có được mọi sự thuận lợi, các giáo sĩ đã chấp nhận mọi quy định, kể cả các yêu sách của nhà nước phong kiến. Vả lại, ở điểm này các chúa Đàng Trong và Đàng Ngoài trong cuộc chạy đua quyền lực, sự tham lam, ham muốn được có, được sử dụng các sản phẩm công nghệ có chất lượng cao: vũ khí, đạn dược, để tăng thêm sức mạnh quân sự. Chính bởi điều này đã khiến vua chúa, quan lại, liên hệ ngày càng nhiều với các thương nhân nước ngoài. Các giáo sĩ Thừa sai cũng nắm bắt được nhu cầu này, nên mỗi khi tới giảng đạo, họ thường tới những chiếc tàu có chở súng đạn hoặc những tặng vật, ví như ở Đàng Ngoài vào lúc Hiền Vương đang nổi cơn thịnh lộ đối với người Công giáo, ra lệnh triệt hạ các nhà thờ thì được tin từ Ma Cao chở súng đạn đến cho ngài. Hiền Vương vội vàng rút lại ngay lệnh đó. Hay vào năm 1627 A.de.Rhodes cùng một số giáo sĩ Bồ Đào Nha là MacKê đến cửa Bạng ( Thanh Hóa), nhân gặp Trịnh Tráng đi qua, họ đã biếu một đồng hồ và một quyển sách toán đẹp, Trịnh Tráng đã đưa họ về Thăng Long giảng đạo. Nhờ đó A.de.Rhodes đã làm lễ rửa tội được hàng nghìn người, lúc ấy, nếu có giáo sĩ lên bờ mang theo lễ vật quý, thường được sự cho phép ở lại một nơi nào đó để giảng đạo. Thời gian các giáo sĩ được ở lại dài hay ngắn là tùy thuộc vào việc có hay không sự xuất hiện của các thuyền buôn nước ngoài. Ngược lại, nếu các tàu buôn lâu không đến hoặc tới mà chỉ mang các đồ đạo, ảnh tượng thì cuộc cấm đạo có thể trở nên gay gắt, các giáo sĩ sẽ bị trục xuất bởi những lý do nội bộ.
Mặc dù vậy, các giáo sĩ đã biết tận dụng những cơ hội ấy một cách triệt để cho việc mở rộng sự truyền bá đạo Thiên chúa trong dân chúng.
Tình hình Việt Nam lúc bấy giờ đã tạo cơ hội thuận lợi cho đạo Thiên chúa du nhập vào. Những cuộc chiến tranh giành quyền lực của chúa Trịnh và chúa Nguyễn đã để lại nhiều hệ quả xấu trong xã hội và sự can thiệp của nhà nước phong kiến đi sâu vào trong các lĩnh vực kinh tế làm cho nền kinh tế bị kìm hãm một cách nặng nề, hệ tư tưởng phong kiến ngày càng thêm bế tắc. Ở bất cứ nơi đâu mà diễn ra các cuộc chiến tranh khốc liệt đó chính là điều kiện để cho các loại hình tôn giáo có cơ hội để du nhập vào. Ở Việt Nam nổi bật nên là đạo Thiên chúa giáo đã du nhập và ra sức cạnh tranh với tôn giáo như Lão, Phật, Nho đang hiện diện trong tâm linh người Việt.
Phải nói rằng: học thuyết mới, dù cho đó được đưa từ bên ngoài vào cũng có một sức hấp dẫn nhất định. Và không lạ gì khi những người dân chất phác, các tầng lớp trung gian, thậm chí cũng có một số quan lại cùng với binh lính của chế độ phong kiến đương thời, cả một số người trong cung đình cũng theo đạo. Chính sự bất mãn với xã hội, với cuộc sống đã đưa người dân tìm đến cây thánh giá, tìm đến và hy vọng ở sự cứu rỗi của Đức Chúa Trời không chỉ ở một phần hồn mà còn cả phần vật chất của nền văn minh phương tây. Không chỉ khai thác những điều kiện thuận lợi có sẵn, các giáo sĩ Thừa sai còn chủ động tạo cơ hội cho việc truyền giáo. Đó là trường hợp giám mục Bá Đa Lộc cưu mang và hỗ trợ Nguyễn Ánh đánh quân Tây Sơn trong cả nước. Do hàm ơn Bá Đa Lộc nên việc truyền bá đạo Thiên Chúa được tiến hành hoàn toàn tự do vào những năm đầu của thế kỷ XIX. Đó là cơ hội hết sức quý báu để các giáo sĩ Thừa sai mở rộng truyền giáo củng cố về tổ chức nhân sự.
Như vậy, cuộc sống khổ cực, bần hàn của nhân dân vì chiến tranh, đói kém, quan lại nhũng nhiễu và Nho giáo ngày càng xuống cấp đã là miếng đất màu mỡ cho sự nảy mầm của Thiên chúa giáo vào Việt Nam, một tôn giáo với giáo lý về Chúa cứu thế, về tình thương và sự an ủi, về sự bình đẳng của mỗi người trước Chúa, lại tìm cách cứu giúp người nghèo khổ, để che đi mục đích chính trị xấu xa. Vì vậy số lượng giáo dân ngày càng tăng lên, số nhà thờ, giáo sĩ cũng lên đã tạo cho Thiên chúa giáo một cây cột trụ vững chắc chắn bắt đạo ngày càng gay gắt của nhà nước phong kiến.
Chúng ta không thể phủ nhận sự làm việc tận tụy, tinh tế, mạnh mẽ và tận dụng mọi cơ hội có thể để “mở rộng nước Chúa” tại Việt Nam của các giáo sĩ trong quá
trình truyền giáo tại nước ta. Dù cho có những khó khăn trở ngại, song Thiên chúa giáo vẫn đứng vững, phát triển và ngày càng được củng cố.
2.1.2 Khó khăn
Trước khi các giáo sĩ xuất hiện, giai cấp phong kiến nước ta đã có hàng thế kỷ thời gian để tập nhiễm giáo lý Khổng – Mạnh. Từ lâu, Nho giáo đã là vũ khí chính trị và tư tưởng cực kỳ lợi hại của giai cấp phong kiến. Dù suy hay thịnh, giai cấp phong kiến bao giờ giai cấp phong kiến bao giờ cũng lấy Nho giáo là duy nhất. Nho giáo là kho tri thức, là nền tảng của công danh, là tiêu chuẩn để xét đoán thế sự, là cán cân của mọi quan hệ xã hội. Hay nói cách khác, nhà nước phong kiến đã định hình từ nhiều thế kỷ với những thể chế kinh tế, chính trị cùng một đời sống văn hóa tinh thần tương đối ổn định. Vì vậy, đạo Thiên Chúa vào Việt Nam trong thời gian này đã vấp phải sự khác biệt sâu sắc giữa tín ngưỡng tôn giáo, nếp sống văn hóa, ý thức hệ bản địa với tôn giáo mới du nhập.
Đạo Thiên Chúa là một tôn giáo xa lạ, trái với phong tục tập quán của người Việt, đụng chạm đến uy quyền của nhà vua (giáo sĩ thay mặt Chúa Trời, trong khi vua là Thiên tử (con trời), quan niệm “Tam cương ngũ thường” đã ăn sâu vào máu thịt của con người Việt Nam. Người Việt Nam từ ngàn xưa luôn tự hào có đạo đức khoan dung của tôn giáo trên cơ sở tổ chức gia đình là tế bào kinh tế, tế bào xã hội. Truyền thống thờ cúng tổ tiên phổ biến khắp nơi, nó được kết hợp hài hòa với đạo Phật, đạo Lão, đạo Nho từ ngoài du nhập vào. Người Việt Nam đi chùa lễ Phật, đọc sách Thánh hiền, người Việt Nam thờ cúng cha mẹ tổ tiên, đều cùng nhau dựng nước và giữ nước.
Trong đời sống tâm linh của người Việt, thần hộ mệnh của mỗi gia đình là tục thờ cúng tổ tiên, họ có niềm tin vào sự bất tử của linh hồn những người đã chết – một niềm tin hầu như phổ biến của con người từ buổi ban sơ. Sinh hoạt tâm linh ấy ăn sâu vào máu thịt của mỗi người, không kể giàu – nghèo, sang hèn, từ thế hệ này đến thế hệ khác không hề phai nhạt trước bất cứ biến cố lịch sử, kinh tế hay xã hội nào.
Bên cạnh tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên, người Việt còn thờ cúng các vị thần của cộng đồng làng xã (Thành Hoàng), các vị anh hùng dân tộc... đó là biểu hiện “uống nước nhớ nguồn”, “ăn quả nhớ kẻ trồng cây” một điều đáng chú ý khác trong đời
sống tôn giáo của người Việt là kết cấu đa nguyên chồng xếp: Phật, Nho, Đạo, và tín ngưỡng dân gian tồn tại trong gia đình, làng xã nhưng lại hòa hợp, bổ sung cho nhau. Đời sống văn hóa tinh thần của người Việt mang đậm tinh thần nhân văn và hướng
thiện. Đó là sự biết ơn sâu sắc đối với ông bà tổ tiên, là sự hiếu thảo trong gia đình, tinh thần thân ái, đoàn kết và cưu mang lẫn nhau trong cộng đồng. Tinh thần tôn trọng phép nước và trật tự xã hội của các thể chế chính trị hiện hành. Một sự tích hợp nhuần nhuyễn của các yếu tố tích cực, của tín ngưỡng truyền thống với những yếu tố tích cực của các tôn giáo lớn ngoại nhập.
Truyền thống thờ cúng tổ tiên cùng với sự kết hợp nhuần nhuyễn giữa đạo Phật, đạo Lão, đạo Nho đã ăn sâu vào máu thịt con người Việt và khó có thể thay đổi. Tư tưởng này đã tồn tại và phát triển cùng với sự thăng trầm của lịch sử, từ thời dựng nước và quá trình giữ nước. Còn đạo Thiên chúa giáo khi vào tới Việt Nam đã coi dân tộc ta là “mọi rợ”, là “đứa trẻ con” không biết gì. Họ tự cao, kiêu hãnh về một nền văn minh vật chất của phương Tây, về tính ưu việt và hoàn vũ của Kitô giáo. Vì vậy, họ cho rằng mọi tín ngưỡng và tôn giáo bản địa là mê tín, dị đoan và thấp kém, cần phải khai hóa văn minh phương Tây cho người dân nơi đây bằng đạo Thiên Chúa. Như vậy, họ đã trực tiếp công khai xâm phạm nền văn hóa dân tộc, hay nói cách khác đó là sự xâm lược văn hóa.
Như trên đã đề cập đến, đó là sự kết hợp chặt chẽ nhịp nhàng của các thế lực phương Tây với nhà thờ thiên chúa giáo mà đại diện là các giáo sĩ để cùng thực hiện âm mưu xâm hại, độc lập dân tộc của thực dân và biến nước ta thành thuộc địa. Nhà nước phong kiến Việt Nam đã sớm nhận rõ bộ mặt thật được hóa trang bởi tấm áo tôn giáo của các giáo sĩ phương Tây khi truyền giáo ở nước ta. Không có một ông vua nào chịu khoanh tay ngồi nhìn hay thờ ơ trước mối đe dọa mất nước lớn lao ấy. Bởi vậy, từ thế kỷ XVII, XVIII và đặc biệt là thế kỷ XIX, các triều đại nối tiếp nhau đưa ra những chính sách và thực hiện những chính sách cấm đạo gay gắt, ngày càng quyết liệt. Đây chính là trở ngại lớn nhất đối với việc truyền bá đạo Thiên Chúa vào Việt Nam.
Thêm nữa, khi đạo Thiên Chúa được truyền bá vào nước ta thì xã hội Việt Nam đang ở thời kỳ chứa đầy bi kịch và nghịch lý. Việc chia cắt đất nước đã làm cho việc đi lại của các Thừa sai từ Đàng Trong và Đàng Ngoài, từ vùng này sang vùng khác rất khó khăn và nguy hiểm. Nhiều họ đạo, xứ đạo được thành lập, nhưng lại tan rã ngay do bị chiến tranh tàn phá, giáo dân bị huy động đi phục vụ chiến tranh hay có người còn lo chạy loạn, lo kiếm miếng ăn, lo giữ gìn mạng sống đã không còn tâm trí đâu mà nghĩ đến chuyện hành đạo.
Bên cạnh đó, là sự suy yếu về kinh tế của Bồ Đào Nha ở thế kỷ XVII đã không đáp ứng được cơ sở vật chất cho các giáo sĩ dòng Jésuites đang thực hiện công cuộc truyền giáo tại Việt Nam. Vì vậy, về truyền giáo ở Việt Nam hoạt động kém hiệu quả hơn.
Trên đây là những khó khăn, trở ngại của Thiên chúa giáo khi tiến hành công cuộc truyền giáo tại Việt Nam. Bởi vậy văn hóa Việt Nam vốn “dị ứng” trước những
biểu hiện ngoại lai đột biến. Và trên cùng một vùng đất mới, các thành tố văn hóa vừa mới manh nha bản sắc thì sự cận trọng là điều tối cần thiết. Một khi Phật giáo đã thăng hoa, được chọn làm hệ tư tưởng chính thống, xã hội lấy mô hình Nho giáo làm kỉ cương, giềng mối, cùng bao tập tục, lễ nghi truyền thống phụ trợ thì quan điểm biểu hiện khác lạ khó lòng xâm nhập, bám rễ vào trong đời sống xã hội.
2.2 Chính sách của nhà nước phong kiến ( từ thế kỷ XVII đến đầu XIX)