Sau khin Minh Mạng mất ngày 21 tháng giêng năm Tân Sửu Hoàng tử Miên Tông làm lễ đăng quang kế vị vua cha lấy niên hiệu là Thiệu Trị. Dưới thời Thiệu Trị, nhà vua vẫn duy trì chính sách cấm đạo được ban hành từ thời Minh Mạng nhưng không tỏ ra tích cực như triều vua trước. Phần lớn các giáo sĩ bị bắt đều được Thiệu Trị cho lãnh án “Trảm giam hậu” (tội chết nhưng giam đợi xét), rồi cuối cùng cũng được trả tự do. Đối với các quan theo đạo nhà vua kiên trì thuyết phục tạo cho họ có cơ hội bỏ đạo đó là trường hợp quan thủ ngự Hồ Văn Dường ở tỉnh Đồng Nai đã tự nguyện bỏ đạo bằng cách bước qua cây Thánh giá nhưng vẫn chưa chịu dự lễ tế thần ở miếu Kỳ, trình nhà vua xem xét .
Năm 1841, các giáo sĩ Miche, Duclos, Galy, Berneux và Charries bị bắt và bị kết án tử hình nhưng Thiệu Trị không cho thi hành án. Năm 1843, tàu chiến Pháp Héroine tự tiện đến Đà Nẵng, thuyền trưởng Felix Favin Lévecque yêu cầu triều đình Huế thả các giáo sĩ trên. Thiệu Trị chấp thuận và trao các giáo sĩ cho viên thuyền trưởng nói trên; tàu Pháp rời cảng Đà Nẵng ngày 16-3-1843.
Tháng 11 năm Thiệu Trị thứ 7 (4-1-1848), Bộ Hình dâng sớ phóng thích quan phạm, trong đó có trường hợp Nguyễn Văn Thiện ở tỉnh Phú Yên: “Thiện theo dạo Gia
Tô, không chịu bỏ bị ghép tội giảo giam hậu (giam đợi ngày thắt cổ) qua đến tháng 6 năm thứ 6 (1846), y được tha chết, đày ra làm lính ở Hưng Hóa, quan tỉnh nhiều lần khuyên giải, y cũng không chịu bỏ đạo. Nay gặp dịp ân xá, y được tha về quê”.
Chính sách mềm dẻo về cấm đạo thời Thiệu Trị đã làm cho số giáo dân được tăng thêm nhất là tại Trung và Nam Kỳ.
Năm 1844, địa phận giáo hội được chia ra như sau:
- Địa phận Huế gồm các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên do Pellerin làm Giám mục.
- Địa phận Quy Nhơn gồm các tỉnh Trung Kỳ còn lại do Cuénot làm Giám mục. - Địa phận Sài Gòn gồm các tỉnh Nam Kỳ còn lại do Lefèbre làm Giám mục. Tuy nhiên, trong nhận thức Thiệu Trị vẫn cho Thiên chúa giáo luôn là nguy cơ của mất chủ quyền và đảo lộn phong hóa dân tộc. Nhà vua xem Thiên chúa giáo cũng là mầm gây tai họa không kém gì thuốc phiện và đều do người phương Tây mang lại.
Từ khi lên ngôi ông đã ý thức được rõ mối đe dọa từ phía thực dân Pháp đối với đất nước nên đã có ý muốn thay đổi biện pháp khôn ngoan hơn vua cha, dù không chấp nhận đạo Gia Tô. Vì muốn cải thiện quan hệ Viêt - Pháp vốn đã căng thẳng, ông đã tha bổng cho năm tội đồ Thiên chúa giáo bị giam giữ ở nhà lao Huế. Ông cho rằng
“ Cũng nên lượng gia ơn rộng tha cho về để tỏ lòng người thương người và tình nghĩa tử tế với nước xa của triều đình ta”. Nhưng các linh mục lại yêu cầu thuyền trưởng
cho đổ bộ lại trên đất Việt Nam, nói có ít người qua lại. Vua Thiệu Trị đã thực hiện một số chính sách rất thân thiện đối với những giáo sĩ Tây phương mặc dù lúc đó những linh mục hoạt động bí mật rất mạnh trong dân chúng.
Hơn nữa còn vì Thiệu Trị không muốn sẽ phải đương đầu với một lực lượng quân đội mạnh như quân đội Pháp, lúc này đang tích cực diễu võ dương oai bằng uy lực hải quân để hù dọa triều đình. Ông muốn mọi chuyện được giải quyết bằng hòa bình nên đã dễ dàng nhượng bộ với Pháp. Thế nhưng, Thiệu Trị càng nhượng bộ hòa hoãn thì họ càng lấn tới va ngày càng một quá đáng hơn. Vào cuối năm thời Thiệu Trị cúng vì tàu Pháp đã đánh phá Đà Nẵng và với sự có mặt của các đạo trưởng ngang nhiên đi lại ở cửa biển, nên cuối cùng Thiệu Trị cũng phải đi theo các bậc tiên đế đưa ra các đạo dụ tiếp tục chính sách cấm đạo. Dĩ nhiên, đạo dụ này cũng chỉ nhắc lại những biện pháp cấm đoán trước kia, nhưng có nhấn mạnh hơn vào tình hình mới trước sự đe dọa ngày càng tăng của những hoạt động xâm lược của người nước ngoài. Tháng 5 Đinh Mùi nhân kỳ thi đình, Thiệu Trị đích thân ra đầu đề bài văn sách tỏ ý mong cai sĩ tử hiến cách làm cho người theo đạo quay về “ đều làm lương dân đời thái bình, cùng lên cõi hoa vui”. Nhưng đúng năm đó lại xảy ra sự kiện thủy chiến ở Đà
Nẵng, quân triều đình thua thiệt lại thấy có hiện tượng giáo sĩ thông tin tức cho tàu giặc. Thiệu Trị tức giận đã nói với các triều thần với nội dung rằng: thuốc phiện và đạo Gia Tô là hai mối hại phải xuống dụ và nghi vào quốc sử. Đó cúng chính là lý do ra đời đạo dụ cấm đạo đầu tiên thời Thiệu Trị. Đến 9/1847 Thiệu Trị nhắc lại điều cấm theo tả đạo cho các quan chức trong kinh, ngoài tỉnh: “Đạo Gia Tô là tà đạo làm mê hoặc lòng
người rất sâu, không những cám dỗ làm cho tiểu dân u mê, mà đến các thượng ty ở trong kinh phải gia tân kiểm soát nhưng thân biển thuộc dưới quyền, nếu có người nào không gột bỏ sạch đi được, thì trích ra tham hoặc trị tội để triệt cái rễ xấu”.
Năm 1847, nhân triều đình bàn về việc người phương Tây đến xin buôn bán và truyền giáo, nhà vua ra dụ: “ Người Tây Dương lòng vốn xảo trá, nếu bỏ cấm đạo thì
Anh Cát Lợi nghe thấy cũng cầu xin bỏ cấm thuốc phiện. Nhưng địch là giống sài lang, không thể thỏa mãn được nó. . . Vả lại đạo Gia tô là tà giáo, cái hại rồi sẽ đến bởi chuyện ngoài biên, mở đường cho chinh chiến. Thuốc phiện là thứ thuốc mê, cái hại của nó rồi sẽ khuynh gia bại sản, hại đến tính mạng người ta. Hai việc ấy đều nghiêm cấm trong nước…”. Và cùng với đó, Đô đốc Cécille chỉ huy hải quân Pháp
đến uy hiếp, 5 chiến thuyền của triều đình ở cửa biển Đà Nẵng bị tàu Pháp tấn công. Tức giận vì bị sỉ nhục, vua Thiệu Trị ra lệnh chém các quan đã không hoàn thành nhiệm vụ giữ cảng, rồi chỉ thị cho các quan địa phương nghiêm khắc thực hiện lệnh bắt đạo trên cả nước.
Phản ứng trên đây của Thiệu Trị năm 1847 báo trước sự trở lại của một cuộc bắt đạo cứng rắn hơn. Cũng năm ấy Thiệu Trị mắc bệnh mà băng hà để lại ngôi cho Tự Đức.
Như vậy trong bảy năm cầm quyền, dù thời gian quá ngắn để có thể nối lại va cải thiện quan hệ Việt - Pháp, nhất là vấn đề tôn giáo. Nhưng Thiệu Trị càng muốn hòa bình thì Pháp càng lấn tới, chúng bắt triều đình Huế phải để cho các giáo sĩ tự do truyền đạo, cho dân chúng được tự do lập nhà thờ và được rước giáo đồ sang giảng đạo... đã khiến Thiệu Trị tức giận và bắt thực thi những biện pháp cứng rắn như Minh Mạng tiên đế.
Dưới thời Thiệu Trị, chính quyền địa phương có bắt và giết một vài giáo sĩ, nhưng hầu hết các giáo sĩ bị bắt đều được Thiệu Trị cho lãnh án trảm giam hậu, tức là xử tội chết nhưng giam lại chờ, rút cục đều được tha ra cả. Trong thời gian Thiệu Trị vì, sự câu kết giữa giáo sĩ với hải quân Pháp để đưa ra yêu sách một phía hành động bạo lực của tàu chiến Pháp ở Đà Nẵng, tham vọng mở rộng thế lực thực dân Pháp các
giáo sĩ Thưa sai Pháp sự kiêu hãnh về văn minh. Nếu không bởi những nguyên nhân trên thì Thiệu Trị đã không ra lệnh cấm đạo, đã không lăn theo vết xe của Minh Mạng để đến thời Tự Đức chính sách cấm đạo trở nên gay gắt và quyết liệt hơn.