Những áp lực quân sự và ngoại giao của Pháp đã đưa đến những sóng gió dưới triều đình Tự Đức đã gây ra nhiều biến cố trong giáo hội Thiên chúa giáo ở Việt Nam.
Giai đoạn 1848 – 1862 là thời kỳ khốc liệt trong cuộc chiến Việt – Pháp không cân sức cũng là thời kỳ sát đạo gay gắt của triều đình Huế với các nhà truyền giáo và giáo dân.
Năm 1848, lúc mới lên ngôi vua, Tự Đức đã phê duyệt lệnh cấm đạo: “phàm
những đạo trưởng Tây Dương đến nước ta thì cho quân dân mọi người ai có thể bắt được nộp quan, thưởng cho 300 lạng bạc. Còn người đạo trưởng Tây Dương ấy do quan sở tại xét hỏi rõ ràng ly lịch, lập tức đem việc dâng tâu, cho đem đích thân nạn nhân ấy ném xuống biển. Còn những đạo trưởng và bọn theo đạo là người nước ta, xin do các nha lại xét việc hình hai, ba lần mới báo cho biết tội, nếu họ biết hối cải bỏ đạo bước qua cây giá chữ thập thì thả ra ngay. Người nào không chịu nhảy qua cây giá chữ thập thì người đạo trưởng cũng nên xử tử, các con chiên theo đạo hãy tạm thích vào mặt, đuổi về cho vào sổ dân. Nếu họ biết hối cải thì cũng cho đến quan để trừ bỏ thích chữ ấy đi”.
Giải pháp bắt bỏ đạo bằng cách bước qua cây Thánh giá đối với giáo sĩ và giáo dân trong buổi đầu của triều Tự Đức tuy không mới nhưng phương thức thực hiện mềm dẻo hơn và có tính phân biệt trong việc xét xử nhằm tạo cơ hội cho người Việt theo đạo có thể trở về quê quán làm ăn bình thường.
Nhưng sau vụ hoàng thân Hoàng Bảo do không được chỉ định nối ngôi, đã âm mưu lật đổ triều đình, kêu gọi sự ủng hộ của giáo dân với sự dính líu của các giáo mục Thiên chúa giáo, như giáo mục Pellerin và Retord thì ngày 21/3/1851, Tự Đức ra lệnh tả đạo có nội dung như sau: “từ nay về sau nếu có Tây Dương đạo trưởng lẩn lút vào
nước để quyến rũ dân sự, nhưng phát giác hoặc bắt đem nộp cho các quan thì được thưởng 8 lạng bạc và nửa gia tài của kẻ nào đã chứa chấp chúng nó, nửa phần còn lại sẽ bỏ vào quỹ chung. Những kẻ nào đã oa trữ Tây Dương đạo trưởng, bất luận nhỏ hay lớn, đã dấu trong một thời gian vắn hay dài đều phải bị chặt làm hai rồi đem liệng xuống sông. Chỉ trừ những tre con chưa đến tuổi khôn lớn, chúng chỉ phải lưu đày”.
Từ năm 1853 - 1856 vấn đề Thiên chúa giáo trở thành một vấn đề mâu thuẫn gay gắt trong triều đình mà Tự Đức phải nhiều lân triệu tập quần thần để hiệp nghị. Một bộ phận lớn quan lại đã thi hành những biện pháp triệt để hơn đối với giáo dân và những người truyền giáo. Ngược lại một số quần thần khác như các phí Vương Nam kỳ, Bắc kỳ lại chủ trương rộng lượng đối với Thiên chúa giáo. Ý kiến cuối cùng của Tự Đức là vẫn duy trì chính sách cấm đạo Thiên chúa. Vì vậy năm 1855 Tự Đức ra tiếp một chỉ dụ bắt đạo “phải đốt tất cả các nhà thờ, nhà xứ, hãy nhém các hầm, các hang, cấm
bọn giáo hữu không được tụ tập, tắt một lối, hãy dùng tất cả mọi phương tiện để triệt tiêu tà đạo. Như vậy ta hành động theo công bằng và nhân đạo. Từ nay dân sẽ biết sợ và không dám oa trữ bọn côn đồ, sẽ không con có người dung thứ bọn người”.
Nhưng điều cơ bản là dưới thời Tự Đức mâu thuẫn xã hội gay gắt, dân chúng chống đối Tự Đức những nhà truyền giáo hoạt động tinh tế và mạnh mẽ, lệnh cấm đạo của Tự Đức không được các quan lại địa phương thực hiện nghiêm túc. Một trong những nguyên nhân là tệ nạn tham của đút lót của quan lại địa phương. Cây thánh giá đi liền với những đồng vàng, đồng bạc lấp lánh làm lóa mắt quan lại. Vì vậy năm 1856 Tự Đức hạ lệnh bắt 29 người Thiên chúa giáo, trong số đó có 17 người không chịu xuất giáo, án bị lưu đày.
Năm 1857, Tự Đức ra lệnh chém quan Tam phẩm Thái bộc Tự khanh Hồ Đình Hy vì viên quan theo Thiên chúa giáo nhưng không chịu bỏ đạo lại ngấm ngầm tiếp xúc với giặc, mưu phản quốc. Vụ án này có 29 giáo dân bị bắt, trong số đó có 17 người không chịu bỏ đạo nên bị lưu đày.
Tiếp theo là sự xuất hiện một số giáo sĩ và giáo dân trong đội quân viễn chinh Pháp trong các cuộc tấn công vào Đà Nẵng, Gia Định năm 1858, 1859, 1861 làm cho triều đình Tự Đức có đủ chứng cứ về âm mưu sử dụng tôn giáo của giặc Pháp và phản bội của một số giáo dân 16 nên triều đình đã ban hành nhiều lệnh dụ cấm đạo bằng cách xử tử hình, đạp lên Thánh giá, bắt buộc bỏ đạo, thích chữ vào mặt, đi đày. . .
Thái độ cứng rắn và mạnh tay của Tự Đức đã khiến giám mục Pallerin - đại diện trong tòa giáo khu Bắc đàng trong đệ lên Napoleong III một bản trần dai đệ ngày 21/5/1857 bày tỏ “y muốn sâu sắc nhất trí của các giáo sĩ Việt Nam là bệ hạ vua Tự
Đức hiện đang trị vì và thay vào đó là một ông vua theo công giáo hay ít nhất có thiện cảm với tôn giáo của người Pháp”.
Có thể nói trong gần mười năm đầu sau khi lên ngôi, Tự Đức đã thi hành đường lối cũ cha ông đối với Thiên chúa giáo, với những biện pháp rất cụ thể rất nghiêm
khắc, thể hiện ý đồ tận diệt đạo Thiên chúa giáo. Tiêu biểu nhất là vụ khủng bố giáo hội (1851-1852) đã giết chết ba cố đạo người Pháp là Sollard, Chabonire, Matheron.
Tư bản Pháp lấy cớ “bênh vực đạo”. “truyền bá văn minh công giáo” để tranh thủ sự đồng tình ủng hộ của dư luận công giáo ở Pháp tại Việt Nam. Mặt khác chúng lấy cớ trả thù việc triều đinh Huế không tiếp nhận quốc thư của Pháp do tàu chiến Cantina đem đến tháng 9/1856, cho là “lam nhục quốc kỳ Pháp” nên 31/8/1858 quân đội Pháp cộng Tây Ban Nha gồm 14 tàu chiến với đại bác tối tân và hơn 15.00 quân lính nổ súng và đánh chiếm Đà Nẵng để mở đầu cho một quá trình xâm lược Việt Nam bằng quân sự nhằm biến nước ta thành “một thuộc địa của Pháp. Trong cuộc chiến
tranh xâm lược này có vai trò tích cực của các giáo sĩ Thừa sai Pháp đã chủ động tạo ra cớ cho cuộc can thiệp vũ trang của Pháp vào Việt Nam. Và cũng chính họ đã về Pháp vận động chính phủ Pháp can thiệp vào Việt Nam. Thiên chúa giáo đã mở cửa cho quân đội Pháp và đã là nguyên nhân trực tiếp của cuộc xâm lược đất nước này”
đặc biệt có sự cộng tác của giáo dân “giáo dân cũng liên tiếp tin tức cho tàu Pháp đậu
ở bến Hữu Bình đài Gia Định”. Đây không phải lần đầu tàu chiến phương tây với
danh nghĩa bảo vệ đạo, bắn phá nước ta. Năm 1847, Pháp bắn Đà Nẵng vua Thiệu Trị lại chủ trương đối phó “đạo Gia Tô làm mê hoặc lòng người đã sâu, phải tim hiểu
nhiều cách để dụ, khai hóa, khiến cho đổi lỗi làm lành, chứ nếu đều gia hình pháo cả thì e có quá đáng”.
Ngược với vua cha Tự Đức lập tức chủ trương dùng mọi biện pháp ngăn cấm nghiêm ngặt nhất, không cho giáo dân tiếp xúc với tàu giặc. Biện pháp của triều đình có lúc khá thô thiển “ra lệnh làm hình chúa giêsu và cây thập tự đặt trên những
đường đi đến đồn giặc để giáo dân không đi qua” hay “cấm đàn bà, con gái không được qua lịa nơi đồn lũy, binh trại đê phòng tiết lộ quân cơ”, là truyền giáo có sứ
thuyết phục đối với phụ nữ do nhà thờ chủ trương một vợ một chồng chống lại chế độ đa thê làm khốn khổ người phụ nữ.
Sau khi thực dân Pháp vào Việt Nam, Thiên chúa giáo có một chỗ dựa vững chắc là Pháp và một số giáo dân. Tuy nhiên Tự Đức vẫn duy trì hình phạt ở mức cao nhất đối với đạo trưởng phương Tây, đối với những người tình nguyện bỏ đạo Tự Đức có những chính sách khoan hồng, nhưng đối với giáo dân không bỏ đạo, Tự Đức dùng biện pháp đánh vào kinh tế: thu thuế cao hơn, tịch thu ruộng đất. Tự Đức cũng mở cho đạo trưởng và giáo dân trong nước lượng khoan hồng, khuyết dụ giáo dân không theo
giặc và không theo đạo “nếu biết hối cải bỏ đạo, bước qua giá chữ thập thi thả ngay
ra” hoặc “người nào trót đã theo đạo Gia Tô đều cho cứ nên thú tội”.
Năm 1861, Tự Đức ra sắc lệnh “Phân tháp giáo dân” nhằm phân tán, cô lập,
kiểm soát và tiêu diệt mầm chống dối của giáo dân 17 chỉ dụ này được các cấp chính quyền chấp hành nghiêm chỉnh là một đòn chính trị, tâm lý đánh vào cân não và tình cảm của giáo dân và tổ chức của giáo hội Thiên chúa giáo, làm phá hủy các làng và các cơ sở Thiên chúa giáo, các gia đình theo Thiên chúa giáo buộc phải ly tán để tự tiêu vong, họ hàng, bà con xa lánh. Giáo dân không có cơ hội để làm lễ, sinh hoạt hội đoàn, cách ly với các giáo sĩ và các tổ chức tôn giáo; bản thân những người theo đạo thường xuyên bị giám sát, con cái bị cách ly khỏi môi trường tôn giáo và làm con tin.
Với chính sách giết đạo oan nghiệt này, ngoài các giáo sĩ phương Tây bị sát hại, trong thời gian này có đến 115 linh mục người Việt bị giết, 50 nữ tu viện bị phá hủy, 2600 nữ tu phải di tản, 100 nữ tu bị giết, khoảng 100 làng giáo dân bị san thành bình địa, 10.000 chức sắc trong các họ đạo bị bắt giam, trong số đó hơn một nửa bị giết; 2000 xứ đạo bị triệt hạ, 300.000 giáo dân bị phân tháp, trong số đó có 50.000 người bị giết.
Giai đoạn 1862 - 1874 là thời kỳ hiệp thương, nhân nhượng của triều đình nên Thiên chúa giáo được tự do truyền giảng. Khoản 2 của hiệp ước Nhâm Tuất (1862) quy định: “Công dân hai nước Pháp và Tây Ban Nha có thể hành đạo Gia Tô trong
nước Việt Nam và công dân của nước này, bất luận ai, nếu muốn theo đạo Gia Tô thì theo và không bị ngăn trở, nhưng không được cưỡng bức ai trở thành tín đồ Gia Tô nếu người ấy không muốn”.
Năm 1865, Tự Đức lại ra một chỉ dụ chính thức cho phép các giáo sĩ tự do truyền giáo và dân chúng được tự do theo đạo.
Tuy nhiên, sự nhượng bộ của triều đình không những đã dẫn đến bức xúc, phản đối kịch liệt của các sĩ tử dự kỳ thi Hương ở Huế, Hà Nội, Nam Định năm 1864 làm triều đình Tự Đức mất uy thế mà cũng là cớ để Pháp leo thang đánh chiếm 3 tỉnh miền Tây Nam Kỳ năm 1868.
Năm 1874, Pháp ép triều đình Huế ký hiệp ước công nhận chủ quyền của Pháp ở Nam Kỳ và được tự do truyền giáo.
Theo hiệp ước Giáp Tuất (1874), người theo đạo Thiên chúa có quyền dự các kỳ thi do triều đình tổ chức và tham gia vào bộ máy nhà nước các cấp, tham dự vào các hoạt động chính trị, xã hội của đất nước như một công dân bình thường, bình đẳng
như mọi công dân khác. Giai đoạn 1874 - 1883 là thời kỳ Thiên chúa giáo được hoạt động hợp pháp, nhiều nhà thờ được xây dựng trên cả nước, đất đai, tài sản của giáo hội được mở rộng, giáo dân cũng gia tăng.
Quyết liệt hơn cũng dần đi đến thất bại, chính sách cấm đạo của Tự Đức không thể thi hành khi đất nước tưng phần rơi vào tay giặc và cùng với nó là những hàng ước vào các năm 1862, 1874,1883 và 1884 thể hiện những cố gắng mệt mỏi cuối cùng, sự bất lực chấp nhận những điều khoản bất bình đẳng trong đó có cả những điều khoản nhân nhượng, khoan dung đối với đạo Thiên chúa. Sự nhân nhượng này không phải là dễ dàng đối với một tôn sùng đạo Khổng như Tự Đức. Nó không chỉ đơn thuần là sự nhượng bộ về tôn giáo, về ý thức hệ mà còn là về chính trị. Đến hòa ước 1874 chính sách cấm đạo được dỡ bỏ.
Hiệp ước Giáp Tuất tránh được các cuộc đổ máu từ triều đình, nhưng đây lại là thời kỳ đẫm máu do các phong trào văn thân phản đối nghị hòa của triều đình và phong trào “Bình Tây sát tả” diễn ra rất mạnh ở Trung và Bắc Kỳ, làm nhiều làng theo đạo bị tàn phá, nhiều linh mục và giáo dân bị giết, làm cho uy thế triều đình Tự Đức giảm sút nghiêm trọng, tình hình xã hội càng phức tạp hơn, tạo lợi thế cho Pháp và những tay sai nhanh chóng dùng vũ lực để chiếm đoạt đất nước ta.
Như vậy, Tự Đức đã hoan toàn thất bại về vấn đề tôn giáo, ông cũng như các vua trước đã thi hành chính sách cấm đạo gắt gao, thậm chí là hà khắc. Nhưng với triều đại trước thì việc cấm đạo còn mạng hiệu quả ít nhiều đối với Tự Đức thì ông đã thất bại thảm hại. Tự ông phủ định chính mình cũng như phủ định tất cả sự cố gắng của mình trong việc đẩy Thiên chúa giáo ra khỏi đất nước ta. Ông đã bất lực và phải gật đầu bắt buộc ký hòa ước 15/3/1874 để nước ta rơi vào tay thực dân Pháp với Nam Kỳ trở thành thuộc địa, Bắc Kỳ xứ bảo hộ Pháp, còn triều đình Huế tự trị lãnh thổ Trung kỳ.
Tuy không thực hiện chính sách cấm đạo nhưng việc truyền giáo dưới thời Gia Long cũng không phải thuận lợi vì tính chất ý thức hệ giữa một triều đình chọn Nho giáo làm khuôn mẫu chính trị với đội ngũ quan chức từ các nho gia được đào tạo ngày càng đông đảo lên nắm quyền trở nên bảo thủ và một bên là Thiên chúa giáo và những người truyền đạo tự nhận là tôn giáo siêu việt của loài người mang tính độc tôn cần được truyền bá hệ tư tưởng và văn minh đó trên toàn cầu. Cả hai đều muốn thu phục,
cảm hóa người dân về phía mình bằng “đức tin” để có một hậu thuẫn xã hội, rộng rãi và vững chắc.
Dưới triều Minh Mạng và Thiệu Trị khi vấn đề truyền giáo trở nên cấp bách đối với các nước phương Tây và kèm theo là áp lực quân sự, tôn giáo trở thành vấn đề chính trị bức thiết và sâu sắc đối với triều đình Huế. Lệnh cấm đạo được triều đình ban hành nhưng các giáo sĩ vẫn lén lút truyền giáo. Để ngăn chặn nguy cơ về chủ quyền sẽ bị mất, tình hình xã hội sẽ hỗn loạn và vấn đề văn hóa truyền thống bị xâm hại, triều đình Huế huy động cả hệ thống chính trị và xã hội để đương đầu. Đó là một hệ thống nhà nước và pháp luật từ trung ương đến địa phương cùng tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên và thần linh trong toàn xã hội làm công cụ để ngăn chặn và chiến đấu, đã dẫn đến nhiều vụ tàn sát đẫm máu, dã man làm những người theo đạo vốn có khoảng cách nay bị đào sâu thêm hố chia cách, một nguy cơ mới của dân tộc sắp đến gần.
Dưới triều Tự Đức lệnh cấm đạo vẫn được ban hành cùng những biến động trong cung đình và xã hội đã làm cho thế nước rã rời, suy yếu. Lấy cớ bảo vệ giáo sĩ và giáo dân bị sát hại, liên quân Pháp – Tây Ban Nha đem quân tấn công vào Đà Nẵng (1858) có một số giáo sĩ và giáo dân làm nội ứng, tình hình sát đạo trở nên phổ biến và khốc liệt hơn, nhất là sau khi triều đình cho thực hiện lệnh “phân tháp giáo dân” năm 1861. Một cuộc chiến tranh mang tính trả thù của người nắm quyền lực đối với những làng theo đạo và giáo dân không vũ khí tự vệ vô cùng dã man chưa từng thấy trong