Cái thuở hàn vi cơ cực tức trước khi lên nắm quyền, Nguyễn Ánh đã có quan hệ khá mật thiết với các giáo sĩ Pháp, nhất là đối với Pigneau de Bé haive. Năm 1776 Nguyễn Ánh cho mời Bá Đa Lộc về ở hẳn với mình như một cố vấn. Từ đó Bá Đa Lộc đã đem hết khả năng giúp đỡ Nguyễn Ánh xây dựng lại lực lượng để phản công Tây Sơn, khôi phục lại vương quyền cho dòng họ Nguyễn ở Việt Nam. Do hàm ơn Bá Đa Lộc Nguyễn Ánh đã nể trọng và đối xử tốt với các giáo sĩ, với các ân nhân Pháp và với đạo Thiên chúa nhưng vì lo sợ chính cái nguy cơ mất nước qua biện pháp sử dụng giáo sĩ mà chính Nguyễn Ánh đã dùng để chống Tây Sơn, nên Nguyễn Ánh vẫn kiêng nể người Pháp và đạo Thiên chúa. Điều này thể hiện tình trạng không phát triển đạo Thiên chúa dưới thời Nguyễn Ánh, ở việc Gia Long, kể cả hoàng tử Cảnh không hề trở thành người công giáo, dù cho hoàng tử Cảnh đã chối từ không lạy trước tông miếu khi làm lễ tuyên truyền sự kiện này đã khiến Gia Long phản ứng mạnh mẽ. Trong một cuộc đàm luận với Bá Đa Lộc, Gia Long nói “rất mong rằng tục lệ này có thể dung
hòa được với đạo Thiên chúa, bởi vì theo tôi nghĩ không có trở ngại nào thực sự ngăn cả nước tôi theo đạo Thiên chúa. Tôi đã từng cấm đoán tà thuật và bói toán, tôi xem việc tôn thờ ngẫu tượng là sai lạc và mê tín và nếu tôi chấp nhận các sư sãi thì cũng chỉ vì không muốn quá chọc tức thần dân của tôi. Chế độ một vợ một chồng cũng không phải nguyên tắc mà chúng tôi không thể chấp nhận được. Tuy nhiên tôi kiên định duy trì tục thờ cúng tổ tiên và theo như tôi đã trình bày với các ngài, với tôi việc đó không hề lố lăng chút nào, đó là nền tảng giáo dục của chúng tôi. Nó gợi cho trẻ ngay từ thuở nhỏ lòng hiếu thảo với cha mẹ và mạng lại cho bậc cha mẹ cái quyền uy mà nếu thiếu nó họ không ngăn chặn được những hỗn loạn trong gia đình... tôi cũng đồng y sửa đổi một số lễ nghi mà ngài cho là mê tín, nhưng nếu tôi lại xóa bỏ tất cả thì e rằng tôi đã tạo nên mối ngờ vực nơi thần dân của tôi vốn đang nghi ngờ cách suy nghĩ của tôi, có thể họ tưởng tôi đã thay đổi tôn giáo họ giảm lòng gắn bó với tôi”.
Như vậy lập trường của Nguyễn Ánh đối với sự thờ cúng tổ tiên ý nghĩa thiêng liêng, tầm quan trọng về mặt chính trị và xã hội của tín ngưỡng truyền thống này là rất
kiên định, nó đã ăn sâu vào máu thịt của những con người Việt Nam nói chung và của Nguyễn Ánh nói riêng. Mặt khác việc thờ cúng tổ tiên theo nghi lễ của bậc vua chúa còn mang lại uy thế cho dòng họ của vua, đề cao uy quyền của vương triều, chính vì thế dù hàm ơn Bá Đa Lộc, vẫn ưu đãi người Pháp hơn người Tây phương khác, thậm chí có lần ông đã nói “chỉ có người Pháp là có nhân đạo sẵn lòng giúp các nước đàn
em, nay đang cảnh nồi da nấu thịt tất phải dùng vai cánh của người ngoài mới mong kết liễu cuộc chiến tranh, là lẽ tự nhiên, dân tộc nào cũng vậy. Huống hồ 30 năm trước Đức Hiếu Võ đã có thư từ lai vãng, dân tộc Việt Nam nên tín nhiệm vào người Pháp, cả hai nước đều theo một chủ nghĩa quốc gia”. Nhưng Nguyễn Ánh vẫn khôn
khéo duy trì chính sách hai mặt đối với người Pháp một cách khá êm đẹp đến nỗi khiến người ta tin tưởng rằng đó là chính sách thân Pháp và rộng rãi đối với đạo Gia Tô của Gia Long. Dù mạng ơn Bá Đa Lộc, ca ngợi nước Pháp nhưng Nguyễn Ánh vẫn luôn cảnh giác đối với nguy cơ của sự truyền bá đạo Thiên chúa đe dọa, xâm lược tới trật tự xã hội, văn hóa truyền thống của đất nước. Nguyễn Ánh vẫn luôn tỏ ra tỉnh táo trước nguy cơ các giáo sĩ thừa sai ngoại quốc cấu kết với các thế lực phương Tây mưu toan xâm nhập lãnh thổ Việt Nam. Điều hết sức quan trọng có ý nghĩa năm 1804 Naponeon đã phát biểu công khai mưu chước sử dụng giáo sĩ làm đội quân ngầm đi tiên phong cho công việc thực dân. Không rõ Gia Long có biết điều này không, nhưng cũng năm đó Gia Long xuống chiếu nêu rõ “lại như đạo Gia Tô và các tôn giáo nước
khác truyền vào nước ta, bịa đặt ra thuyết thiên đường, địa ngục, khiến hoàn cảnh ngu phu ngu phụ chạy vạy như điên, tiêm nhiễm thành quên, mê mà không bỏ. Từ nay về sau dân các tổng xã nào có nhà thờ Gia Tô đổ nát thì phải đưa đơn nên trên trình quan trấn mới được tu bổ, dựng nhà thờ mới thì đều cấm. Những điều trên này đều là nên cố đổi tệ cụ, kính giữ giáo điều. Nếu cứ quen theo thói làng, can phạm việc nước có người phát giác thì xã trưởng phải đỗ đi lưu viễn châu, dan hạng nặng thì sung dịch phu, nhẹ thì xử rồi hoặc trượng để bớt tổn phí cho dân mà giữ phong tục thuần hậu”.
Đây là chủ trương nhằm giữ nguyên hiện trường đạo Gia Tô, không xóa bỏ tiêu diệt cũng không cho phát triển thêm. Mặt khác tuyên bố Gia Tô không phải đạo chính. Như vậy có thể nói Gia Long không thấy thiện cảm với Thiên chúa nếu không nói là
chỉ lấy một vợ, mặc dầu trẫm thấy cai trị thiên hạ còn dễ hơn và ít vất vả hơn việc cai trị nội cung của trẫm”.
Hơn ai hết, Nguyễn Ánh là người chịu ơn sâu giám mục Bá Đa Lộc ông lại có hiểu biết nhất định về Thiên chúa giáo nên đã có sự khoan dung với đạo này.
Trong suốt thời gian trị vì ông không hề cấm đạo Gia Tô, vì vậy mà sự truyền bá đạo trong thời kì này thịnh vượng hẳn lên. Song thực chất ông không ưa đạo Gia Tô, vì đạo này quá hiện hành, công kích thẳng vào đạo thờ cúng tổ tiên đã có từ ngàn xưa. Các linh mục coi đây là một “tục đầy sự mê tín”, đòi bỏ thờ cúng tổ tiên, thành hoàng, văn miếu đã làm cho nhiều quan lại căm tức kể cả vua Gia Long. Vì thế khi chọn kế vị Nguyễn Ánh đã phế bỏ hoàng tử Cảnh không chỉ vì lí do chính trị mà còn là vì lí do tín ngưỡng. Ông đặt niềm tin vào Minh Mệnh với mong muốn duy nhất của ông là Minh Mệnh có thể trả được món nợ với người Pháp mà ông biết chắc rằng họ sẽ đến đòi. Dưới thời Gia Long (1802 - 1819) tuy không có chiếu chỉ cấm đạo nhưng nhà vua nhận định về đạo năm 1804 như sau : “Đạo Giatô đặt ra thuyết thiên đường
địa ngục khiến ngu phu ngu phụ chạy vạy như điên, tiêm nhiễm thành quen, mê mà không biết”. Vua hạ lệnh cấm tu bổ và xây dựng thánh đường.