Theo quy luật phât triển, CQNS luôn có sự vận động theo thời gian. Chắnh sự vận động không ngừng đó đê lăm cho CQNS có những biến đổi về cấu trúc ngay trong nội tại của chúng.
Nếu như CQ tự nhiắn nguyắn thuỷ biến đổi chậm chạp thì CQNS lênh thổ Kon Tum có sự biến đổi rất mạnh mẽ, nhất lă CQNN, CQ TCC. Có thể nhận thấy rõ điều năy thông qua sự phản ânh cấu trúc thảm phủ trong câc CQ lúa nước, hoa mău - CCNHN, nương rẫy. Tắnh thời vụ đê lăm cho lớp thảm thực vật thay đổi liắn tục trong khoảng thời gian ngắn. Đó lă sự luđn phiắn giữa đất trống vă thảm cđy trồng. CQ lúa một vụ có 2/3 thời gian trong năm lă đất trống thì CQ lúa 2 vụ chỉ có 1/3 thời gian trong năm lă đất trống. Như vậy, trong cùng nhóm loại CQ lúa nước, cấu trúc nội tại của chúng cũng đê có sự khâc biệt. Ngay trong khoảng thời gian canh tâc, thảm thực vật (cđy lúa) đê có sự biến đổi rất nhanh từ mới cấy (mạ) đến trưởng thănh vă chắn trong khoảng thời gian 3-4 thâng. Đối với CQ trảng cỏ + cđy bụi, đa số có tắnh chất biến đổi tương tự do mùa khô bị chây để tạo thănh đất trống tạm thời.
Câc CQ rừng nói chung, CQ cđy bụi + cđy gỗ vă CQ CCNLN, tắnh biến đổi cấu trúc nội tại không mạnh như câc CQ lúa nước, nương rẫyẦ nhưng bản thđn luôn chứa đựng nhđn tố dễ biến đổi do thường xuyắn chịu sức ĩp từ phắa con người. Hơn nữa, những CQ RPHKP nếu được quản lý, bảo tồn tốt thì khả năng phât triển của chúng diễn ra nhanh do chúng đang ở giai đoạn phục hồi trở lại thảm thực vật rừng nhiệt đới hoặc â nhiệt đới, vốn có mật độ cđy dăy vă nhiều tầng tân.
CQ TVNS biểu hiện sự biến đổi cấu trúc không rõ rệt vă có sự khâc biệt giữa câc kiểu, loại CQNS. Nếu như hồ thuỷ điện có sự điều hoă về nguồn nước do hoạt động nhđn sinh thì những CQ hồ thuỷ lợi có mức độ biến động lớn: mùa mưa thường nhiều nước, diện tắch mở rộng; mùa khô, lượng nước giảm đâng kể do thiếu nguồn nước cung cấp trong khi nhu cầu tưới nước kĩo dăi từ 4-5 thâng đê lăm cho diện tắch thực của hồ bị thu hẹp lại, có khi chỉ còn 1/2 diện tắch hồ văo mùa mưa, độ dăy tầng nước giảm, năng suất sinh học cũng giảm đâng kể.
Sự thay đổi có tắnh chất nhịp điệu mùa của thảm thực vật trong nhiều nhóm loại CQNS lênh thổ Kon Tum còn lăm cho câc hợp phần tự nhiắn khâc bị biến đổi theo. Đó lă sự mất mât đất mạnh mẽ do xói mòn ở câc CQ nương rẫy có độ dốc lớn, thiếu ẩm nghiắm trọng về mùa khô trong CQ lúa 1 vụ, hoa mău, nương rẫy do lớp thảm phủ không cònẦ
Những thay đổi của cơ cấu cđy trồng trong CQNS không những lăm thay đổi hình thâi, mă con lă nhđn tố lăm cho cấu trúc nội tại CQNS có sự biến đổi mạnh, đồng thời còn góp phần lăm cho quâ trình chuyển đổi CQNS diễn ra thuận lợi vă có thể chỉ trong thời gian ngắn.