Hiện nay tình hình thanh tra, kiểm tra các cơ sở kinh doanh tại Chi cục thuế còn nhiều hạn chế, do đó cần tập trung vào công tác này nhiều hơn nữa, cần chú ý các doanh nghiệp có quy mô lớn, có doanh số cao và số thuế phải nộp lớn, các doanh nghiệp thường xuyên có sai phạm trong kê khai quyết toán thuế, các doanh nghiệp có doanh thu, số thuế tăng đột biến, có nhiều dấu hiệu bất thường như: doanh nghiệp luôn khai báo lỗ, luôn kê khai thuế GTGT âm,….nhằm chặn đứng các hành vi gian lận thuế, chống thất thu ngân sách, đảm bảo công bằng về nghĩa vụ nộp thuế và tạo môi trường cạnh tranh lành mạnh giữa các cơ sở sản xuất kinh doanh.
Phối hợp chặt chẽ với các ngành nhất là ngành quản lý thị trường, công an trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại, tập trung trọng điểm vào các
ngành xây dựng cơ bản, kinh doanh xe máy, vật liệu xây dựng, kinh doanh hàng điện tử và ngành vận tải.
Đẩy mạnh công tác xác minh hóa đơn, kể cả việc phối hợp xác minh với cơ quan Hải quan về các hồ sơ kê khai xuất khẩu nhằm kịp thời xử lý những trường hợp vi phạm xuất bán hóa dơn khống vi phạm hoàn thuế GTGT. Công việc thanh tra, kiểm tra không chỉ dừng lại ở khâu hóa đơn chứng từ, ghi chép sổ sách kế toán mà còn phải kiểm tra sự hiện hữu thực tế của hàng hóa, nguồn gốc, xuất xứ của hàng hóa, chủ sở hữu thực của hàng hóa, có như vậy mới đảm bảo giảm tối thiểu các hành vi gian lận của các cơ sở kinh doanh.
Xác định chính xác số thuế nợ đọng, phân tích, phân loại số nợ thuế theo các tiêu chí thích hợp để trình cấp lãnh đạo có kế hoạch thu hồi nợ và hạn chế nợ đọng phát sinh mới, thực hiện cưỡng chế thuế đối với những hành vi dây dưa kéo dài.
Chấn chỉnh việc tổ chức thanh tra, kiểm tra tại các cơ sở kinh doanh đảm bảo thời gian thanh tra, kiểm tra tối đa là 15 ngày phải có kết luận thông qua đơn vị, không nên để tình trạng thanh tra kéo dài. Đẩy mạnh thanh tra, kiểm tra nội bộ ngành, chú trọng đến việc chấp hành kỷ cương, kỷ luật của cán bộ trong toàn ngành, quan tâm đến đạo đức của cán bộ thuế, xử lý nghiêm minh đối với những trường hợp tham nhũng, lấy tiền thuế làm của riêng làm mất lòng tin của nhân dân, gây ra nhiều dư luận xấu trong ngành thuế.