Về thuế suất:
Thuế suất thuế TNDN áp dụng đối với cơ sở kinh doanh tiến hành tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí và tài nguyên quí hiếm khác từ 28% đến 50%. Việc qui định mức thuế suất như vậy rất khó cho công tác thu thuế khi xác định mức thuế suất nào là phù hợp vì không cơ sở kinh doanh nào muốn mình chịu một mức thuế suất cao.
Về phương pháp tính thuế:
Khi xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế thì đối với cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT, doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là giá bên mua thực thanh toán có cả thuế GTGT, có hiện tượng thuế chồng thuế nên cũng ảnh hưởng đến tâm lý người nộp thuế.
Các khoản chi phí hợp lý được khấu trừ để tính thu nhập chịu thuế mặc dù được Luật qui định nhưng rất khó kiểm soát được những chi phí này có hợp lý hay không vì điều đó còn phụ thuộc vào ý thức của người nộp thuế. Do đó việc xác định chi phí hợp lý này chỉ mang tính tương đối chẳng hạn như: giá vật tư thực tế xuất kho (Đối với vật tư mua ngoài gồm: giá ghi trên hóa đơn của người bán không có thuế GTGT cộng chi phí thu mua như: chi phí vận chuyển, bốc xếp, bảo quản, phí bảo hiểm, phí hao hụt, tiền thuê kho bãi, phí chọn lọc, tái chế. Nếu là hàng nhập khẩu được cộng thêm thuế nhập khẩu. Những chi phí này cần phải có hóa đơn, chứng từ chứng minh nhưng hiện nay trên thị trường xuất hiện những công ty ma, mua bán hóa đơn không hợp pháp và nhiều cơ sở kinh doanh đã lợi dụng kẽ hở này để làm tăng chi phí hợp lý nhằm giảm số thuế TNDN phải nộp. Vì vậy nếu quản lý tốt thuế GTGT thì cũng góp phần chống thất thu thuế TNDN.
Ngoài ra còn có những tồn tại khác ảnh hưởng đến kết quả thu thuế GTGT tại chi cục thuế. Đó là một bộ phận nhân dân trình độ hiểu biết thấp, nhận thức về pháp luật còn hạn chế, ý thức về nghĩa vụ nộp thuế chưa cao, chưa xây dựng được dư luận xã hội mạnh mẽ trong đấu tranh chống trốn thuế. Hơn nữa công tác thuế chưa thực sự là nhiệm vụ chung của mỗi tổ chức cá nhân, mọi ngành, mọi cơ sở. Hầu như người dân với tư tưởng công tác thuế là chỉ riêng của ngành thuế
nên thiếu sự đoàn kết trong việc phát hiện những hành vi gian lận, trốn thuế, chưa thể tạo thành sức mạnh tổng hợp trong công tác thu thuế GTGT, thuế TNDN hay công tác thu NSNN.