Tuy số lượng và chất lượng kê khai có nâng lên nhưng đến nay tình trạng nộp chậm tờ khai thuế GTGT, TNDN vẫn còn diễn ra. Một số doanh nghiệp kê khai chưa sát với thực tế tình hình kinh doanh, thậm chí còn thấp hơn hộ kinh doanh cá thể cùng ngành nghề nhưng cơ quan thuế chưa có biện pháp hữu hiệu để ngăn chặn vì chỉ kiểm tra tờ khai chưa đủ chứng lý để kết luận doanh nghiệp khai man trốn thuế. Mà theo qui định của Tổng cục thuế thì các trường hợp này Chi cục thuế phải tiến hành kiểm tra tại doanh nghiệp nhưng với số lượng cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra còn quá ít nên số cơ sở kinh doanh được kiểm tra tại cơ sở trong thời gian qua còn ít so với số cần kiểm tra. Từ đó hạn chế rất lớn đến hiệu quả chống thất thu ngân sách trong lĩnh vực kê khai của doanh nghiệp.
Một số vi phạm khác trong kê khai thường thấy và vẫn còn đang tồn tại tại các cơ sở kinh doanh: do chủ sản xuất kinh doanh tự kê khai thuế trong khi cán bộ thuế thiếu kiểm tra, giám sát nên dễ dẫn đến kê khai tùy tiện, thấp hơn nhiều so với số thu nhập thực tế; điều chỉnh giá mua, giá bán sai lệch so với giá thực tế. Trong khi cơ quan thuế không nắm rõ tình hình biến động của thị trường thì các sai phạm này hầu như không bị phát hiện. Như vậy bên cạnh ý thức chấp hành pháp luật thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của ĐTNT ngày càng được nâng cao thì vẫn còn những bộ phận không nhỏ doanh nghiệp, hộ cá thể chưa có ý thức tốt về
quyền lợi và nghĩa vụ nộp thuế của mình, tìm mọi cách để có thu nhập thật nhiều nên cố ý lợi dụng khe hở của pháp luật, lợi dụng sơ suất hay một số cán bộ suy thoái để khai thác bằng mọi thủ đoạn tinh vi để đạt lợi nhuận cao nhất có thể. Do đó không thể đổ lỗi hết cho các cơ sở kinh doanh mà phải xem tinh thần và trách nhiệm của cán bộ ngành thuế.