Về đối tượng không chịu thuế GTGT:
Theo qui định của luật thuế GTGT hiện hành thì có 29 nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT làm cho chính sách thuế phức tạp. Do hệ thống chính sách thuế vừa nhằm mục tiêu đảm bảo nguồn thu cho NSNN vừa thực hiện chính sách xã hội.
Phạm vi áp dụng đối tượng không chịu thuế GTGT hiện nay quá rộng đã gây khó khăn rất nhiều cho cơ quan thuế trong việc kiểm soát, giám sát đồng thời Làm giảm cơ sở đánh thuế và giảm nguồn thu cho NSNN. Trong nhiều trường hợp việc miễn thuế GTGT còn gây bất lợi cho cơ sở sản xuất kinh doanh về vấn đề khấu trừ thuế (chẳng hạn như trường hợp các ngành sản xuất sử dụng nguyên liệu không thuộc diện chịu thuế GTGT để sản xuất ra sản phẩm chịu thuế GTGT hoặc ngược lại)
Ví dụ: Cơ sở sản xuất bột canh, mì ăn liền và những ngành sản xuất có sử dụng nguyên liệu muối. Vì muối không thuộc diện chịu thuế GTGT nên không có thuế GTGT phát sinh khi mua nguyên liệu trong khi đó sản phẩm sản xuất ra là bột canh hay mì sợi lại thuộc diện chịu thuế GTGT. Do đó, khi bán bột canh hay mì sợi thì doanh nghiệp phải lập hóa đơn thu và nộp trọn vẹn thuế GTGT phát sinh và không có thuế GTGT đầu vào tương ứng tính trên phần nguyên liệu muối đầu vào để sản xuất ra lượng bột canh và mì sợi bán ra tương ứng để khấu trừ vào số thuế nộp ngân sách. Ngược lại khi sản xuất muối i-ốt thì cơ sở sản xuất phải mua tài sản cố định và một số nguyên vật liệu đầu vào có chịu thuế GTGT. Nhưng muối i-ốt là mặt hàng không chịu thuế GTGT nên khi bán số lượng muối sản xuất ra thị trường thì cơ sở này hoàn toàn không được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào của tài sản hay nguyên vật liệu dùng để làm muối.
Về thuế suất thuế GTGT:
Hiện nay việc qui định 3 mức thuế suất thuế GTGT là còn quá nhiều gây ra những nhập nhằng và tùy tiện khi vận dụng, làm tăng chi phí thanh tra, kiểm tra thuế (Các cơ sở kinh doanh nhiều mặt khác nhau chịu mức thuế suất khác nhau nhưng khi kê khai thì không trung thực, thuế GTGT đầu vào thì kê khai ở mức thuế suất cao còn thuế GTGT đầu ra lại kê khai ở mức thuế suất thấp gây
khó khăn trong việc thanh tra, kiểm tra). Hơn nữa vấn đề áp dụng nhiều mức thuế suất khác nhau cũng tạo ra nhiều cơ hội cho các đối tượng trốn thuế, gian lận về thuế như: đối với mặt hàng xuất khẩu chịu mức thuế suất 0%, nhiều cơ sở kinh doanh đã lợi dụng chính sách khuyến khích xuất khẩu của Nhà nước đã làm nhiều hồ sơ xuất khẩu cho nhiều mặt hàng; nhưng thực chất khi bị thanh tra thuế phát hiện thì những mặt hàng xuất khẩu này còn trong nước và tung ra bán một cách hợp thức hóa; hàng năm cơ quan thuế đã truy thu về thuế lên đến hàng tỷ đồng.
Về hóa đơn GTGT:
Hiện nay hóa đơn GTGT giả tồn tại dưới nhiều dạng:
- Dạng thứ nhất là hóa đơn in giả hoàn toàn, nhìn bề ngoài thì hóa đơn này giống như hóa đơn GTGT do Bộ Tài Chính phát hành nhưng nếu được kiểm tra bằng máy soi nghiệp vụ thì có thể phát hiện. Nhưng đối với người mua và bán khó mà phát hiện được hóa đơn giả, có trường hợp mua hàng lậu được cấp hóa đơn giả khi phát hiện được thì người đã biến mất nên vừa không truy tìm được trách nhiệm vừa không được khấu trừ thuế.
- Dạng thứ hai là hóa đơn do Bộ Tài Chính phát hành được bán cho một cơ sở kinh doanh nhất định nhưng tuôn ra thị trường một cách bất hợp pháp. Thủ đoạn đưa hóa đơn ra thị trường có thể bằng cách bán hàng không cấp hóa đơn cho khách hàng sau đó dùng liên trống (liên cấp cho khách hàng) đem bán trên thị trường chợ đen...Doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT có thể dùng những hóa đơn không rõ ràng để hợp pháp hóa số thuế GTGT đầu vào nếu cơ quan thuế không phát hiện sẽ gây ra thất thoát tiền thuế cho NSNN.
- Dạng thứ ba là hóa đơn do Bộ Tài Chính phát hành được sử dụng khi mua hàng hóa nhưng ghi giá trị thanh toán giữa các liên không đồng nhất hoặc cố tình ghi sai mã số của người bán gây khó khăn cho cơ quan thuế khi kiểm tra, kiểm soát. Với thủ đoạn này số thuế đầu ra thu được ở người bán thì ít mà số thuế phải khấu trừ ở người mua hàng thì nhiều và đây là trường hợp thường gặp ở Chi cục thuế Quận Cái Răng.