Bên cạnh những thuận lợi cơ bản nêu trên, cũng còn không ít những khó khăn thách thức ngoài sự kiểm soát của Chi cục đã làm hạn chế đến kết quả công tác thu:
Một số dự án xây dựng khu dân cư đô thị mới triển khai trên địa bàn quận đến nay vẫn chưa thực hiện nộp tiền sử dụng đất. Mặc dù đã có một số dự án phân lô bán nền, cơ sở hạ tầng đã tương đối hoàn chỉnh, và các vướng mắc về tính tiền sử dụng đất đã được Bộ tài chính trả lời cụ thể tại công văn số 9395/BTC-QLCS và công văn số 12394/BTC-QLCS, về việc thu tiền sử dụng đất của dự án nhưng các nhà đầu tư vẫn chưa thực hiện nộp tiền sử dụng đất theo thông báo của Chi cục thuế mà tiếp tục thắc mắc, khiếu nại về thời điểm giao đất, điều chỉnh bồi hoàn số tiền sử dụng đất phải nộp. Bên cạnh đó, Sở tài nguyên môi trường chưa thúc đẩy các dự án thực hiện các thủ tục cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Một số ngành công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp địa phương: Gia công, xay xát, chế biến lương thực, thực phẩm, sản xuất gạch… do thiếu vốn, máy móc cũ kỷ, lạc hậu, chậm được thay thế bằng những thiếp bị công nghệ mới, nên sức cạnh tranh yếu, chưa có sản phẩm chủ lực mang tính cạnh tranh cao. Các chợ của quận đã quá tải nhưng chậm được chỉnh trang nâng cấp mở rộng. Giá cả biến động bất thường, nhất là giá của một số mặt hàng thiết yếu như sắt, thép, xăng dầu,… tình hình dịch, bệnh như: cúm gia cầm, các loại bệnh trên lúa xảy ra trên diện rộng… đã tác động bất lợi đến sản xuất kinh doanh, giá lúa vào những tháng cuối năm tăng mạnh, đã làm ảnh hưởng đến nền kinh tế. Đồng thời, cũng làm ảnh