5. Ý nghĩa khoa học và thực ti ễn của đề tài luận án
3.2.2. Sự đa dạng của trình tự vùng mã hoá gen EXP1 ở một số loài thực vật
Để xác định mức độ đa dạng trong trình tự nucleotide của gen EXP1, chúng tôi thực hiện so sánh vùng mã hoá của gen GmEXP1 phân lập từ các giống đậu
tương nghiên cứu với các trình tự vùng mã hoá của gen EXP1 ở đậu tương và một số thực vật khác có mã số trên Ngân hàng gen quốc tế (Bảng 3.5).
Phân tích tỷ lệtương đồng trình tự mã hoá của gen GmEXP1ởđậu tương Việt Nam với một số đậu tương nước ngoài cho thấy, các trình tự gen phân lập được từ
các giống nghiên cứu có độ tương đồng so với các trình tự trên Ngân hàng gen quốc tếdao động từ83,5 đến 99,7%. Trong đó, gần với các giống đậu tương Việt Nam là giống đậu tương Hàn Quốc (AF516879) với độtương đồng 99,3 - 99,7% và xa nhất là giống đậu tương Trung Quốc (JF694991) với độtương đồng 83,5 - 83,7%.
Tỷ lệ tương đồng đoạn mã hoá của gen EXP1 ở các giống đậu tương nghiên
cứu và các loại thực vật khác dao động trong khoảng 45,1 đến 92,6%; trong đó, gần nhất là đậu cove (XM_007160571) với độtương đồng 92,4 - 92,6%; xa nhất là cây lê dại (KC855735) với độtương đồng 45,1 - 45,2%.
TT Tên trình tự Nguồn gốc Tên khoa học Quốc gia Tác giả
1 HG799004 Đậu tương SL1 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 2 HG799005 Đậu tương SL2 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 3 HG799006 Đậu tương SL3 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 4 HG799007 Đậu tương SL4 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 5 HG799008 Đậu tương SL5 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 6 HG799009 Đậu tương SL6 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs 7 HG799010 Đậu tương DT84 Glycine max Việt Nam Lo S. T. và cs
8 LN681352 Đậu tương BK Glycine max Việt Nam Lo S. T., Nguyen T. T. V. và cs
9 LN681353 Đậu tương VP Glycine max Việt Nam Lo S. T., Nguyen T. T. V. và cs 10 AF516879 Đậu tương Glycine max Hàn Quốc Lee D. K. và cs 11 JF694991 Đậu tương Glycine max Trung Quốc Hu B. và cs 12 XM_007160571 Đậu Cove P. vulgaris Mỹ Schumtz J. và cs 13 EF190969 Đậu răng ngựa Vicia faba Trung Quốc Wang X. và cs 14 XM_003589506 Cỏlinh lăng M.truncatula Mỹ Young N. D. và cs 15 DQ538346 Cây Malus M.hupehensis Trung Quốc Sun X. và cs 16 AB542071 Cẩm chướng D.caryophyllus Nhật Bản Harada T. và cs 17 AF297521 Anh đào Prunus avium Canada Wu Z. và cs 18 AY083166 Táo tây M.domestica Mỹ Trivedi P. K. và cs 19 KC855735 Lê dại P.bretschneideri Trung Quốc Cheng Y.
Sơ đồ Hình 3.5 thể hiện mối quan hệ di truyền của các giống đậu tương với các loài thực vật khác dựa trên trình tự nucleotide của gen EXP1 cho thấy, các đối
tượng thực vật nghiên cứu được phân thành 2 nhóm chính, nhóm I gồm 15 trình tự
và nhóm II có 5 trình tự; khoảng cách di truyền giữa hai nhóm là 49,7%.
Hình 3.5. Sơ đồ hình cây thể hiện sự khác biệt di truyền về trình tựnucleotide đoạn mã hoá của gen EXP1 ở một số loài thực vật
Nhóm I phân thành hai nhóm phụ lớn: nhóm phụ lớn 1 có nhóm phụ nhỏ 1-1 gồm các giống đậu tương và đậu cove (XM_007160571) - có tỷ lệ khác biệt trong khoảng 0,0 đến 8,1. Nhóm phụ nhỏ này còn thể hiện sự gần gũi của các giống đậu
tương nghiên cứu với giống đậu tương Hàn Quốc (AF516879) với tỷ lệ khác biệt là
0,3 đến 0,7. Nhánh 1-2 gồm có cỏlinh lăng (XM_003589506). Nhánh phụ lớn 2 chỉ
có sự phân bố của cây Malus (DQ538346).
Nhóm II cũng phân thành hai nhóm phụ lớn. Nhóm phụ lớn thứ nhất gồm anh
đào (AF297521), táo tây (AY083166), lê dại (KC855735) và cẩm chướng (AB542071). Nhánh phụ lớn thứ hai chỉ có đậu răng ngựa (EF190969).