Cơ cấu kinh tế của Bắc Ninh đang có sự chuyển dịch sang Công nghiệp - Nông nghiệp - Dịch vụ. Tính đến năm 2003, tỷ trọng ngành Công nghiệp vẫn cao nhất chiếm 39,9%; tỷ trọng nghành Nông nghiệp là 31,7% còn lại là ngành dịch vụ chiếm 28,4%. Định hướng và mục tiêu phát triển kinh tế của tỉnh đến năm 2020 là: tăng tỷ trọng ngành công nghiệp lên 52,8%; ngành dịch vụ lên 37,6%; giảm tỷ trọng ngành nông nghiệp xuống còn 10,6%.
Điểm nổi bật trong cơ cấu đầu tư của nguồn vốn FDI ở Bắc Ninh là: tập trung chủ yếu vào các ngành sản xuất công nghiệp, 14/16 dự án FDI đầu tư vào công nghiệp với số vốn chiếm 99% tổng số vốn đầu tư. Hai dự án đầu tư vào du lịch dịch vụ chỉ chiếm 1% tổng số vốn đầu tư. Ngành nông, lâm nghiệp không có dự án nào. Ngay cả trong công nghiệp, FDI cũng chỉ tập trung vào những nghành công nghiệp nặng, còn những ngành công nghiệp mũi nhọn như điện tử, tin học, công nghệ cao, cơ khí chính xác, vật liệu mới … vẫn bị bỏ trống.
Cơ cấu ngành của vốn FDI như trên không chỉ ở Bắc Ninh, mà còn là xu hướng phổ biến ở nhiều tỉnh thành và trên phạm vi cả nước. Vốn FDI chỉ
tập trung chủ yếu vào những ngành có lợi nhuận cao, thu hồi và quay vòng vốn nhanh…Trước mắt nó phần nào đáp ứng nhu cầu tăng tỷ trọng ngành công nghiệp của tỉnh, nhưng về lâu dài, đây là cơ cấu đầu tư còn lạc hậu, phiến diện, chưa phù hợp với định hướng, chiến lược cũng như mục tiêu phát triển kinh tế tỉnh đến 2020 đó là: chuyển dịch cơ cấu kinh tế tỉnh theo hướng tăng tỷ trọng ngành công ngiệp, dịch vụ, giảm tỷ trọng ngành nông nghiệp, tương ứng với các tỷ lệ: dịch vụ - công nghiệp - nông nghiệp, khoảng 46% - 44% - 10%. Trên thực tế Bắc Ninh chưa thực sự ưu đãi, khuyến khích, hỗ trợ đầu tư cho các dự án đầu tư quan trọng có tác động lớn đến nền kinh tế như: dự án đầu tư vào ngành có kỹ thuật, công nghệ cao; dự án đầu tư giải quyết nhiều việc làm cho người lao động; dự án đầu tư đem lại nguồn thu ngân sách lớn hay đóng góp nhiều vào kim ngạch xuất khẩu,… mà chủ yếu đơn thuần tiếp nhận các dự án khi nhà đầu tư có nhu cầu đầu tư trên địa bàn tỉnh nhằm đạt mục tiêu tăng giá trị sản xuất công nghiệp. Đồng thời việc chưa chú ý đúng mức đến đầu tư đổi mới công nghệ, đầu tư cho xử lý môi trường, để có một nền công nghiệp bền vững, hiệu quả. Điều đó cũng thể hiện sự quy hoạch còn chung chung, thiếu chi tiết về ngành nghề khi kêu gọi vốn FDI. Về lâu dài phải có những giải pháp cụ thể để có thể chủ động thu hút FDI theo một cơ cấu ngành hợp lý hơn, để có thể thực hiện được mục tiêu mà tỉnh đề ra đến năm 2020 như sau:
Bảng 9: Dự báo tăng trưởng kinh tế cả nước đến năm 2020
2000 2010 2020 GDP (cơ cấu %) 100% 100% 100% Nông, lâm nghiệp 25.0 16-17 10.4 Công nghiệp - XD 34.5 40-41 43.7 Dịch vụ 40.5 42-43 45.9
Nguồn: Qui hoạch tổng thể phát triển KT-XH tỉnh Bắc Ninh đến 2010- UBND tỉnh tháng 9 – 2001.