Tình trạng trên xuất phát từ nhiều nguyên nhân, cả từ những bất cập trong quy định của luật thuế, cũng như từ những yếu tố khác, như:
Thứ nhất, là do hệ thống Luật và các văn bản hướng dẫn còn chưa hoàn thiện, có những nội dung còn chưa sát với thực tế quản lý thu thuế tại Việt Nam nên còn gây ra những hạn chế trong việc tận thu vào ngân sách nhà nước. Tầm nhìn chiến lược của chính sách thuế TNCN không bao quát hết những diễn biến thực tế sẽ và đã xảy ra. Khi xảy ra thì bị động trong xử lý.
Thứ hai, do trình độ đội ngũ cán bộ thuế thấp sẽ dẫn tới sự yếu kém trong công tác tuyên truyền, phổ biến chính sách thuế đến mọi người dân. Lâu nay Nhà nước buộc người dân phải thực hiện nghĩa vụ thuế nhưng chưa chỉ ra cho họ thấy quyền lợi được hưởng, rằng mỗi con đường, mỗi ngôi trường, bệnh viện, sự an ninh của khu phố… đều từ tiền thuế của dân mà ra. Trình độ đội ngũ cán bộ thuế thấp cũng dẫn đến những sai phạm trong quá trình quản lý thu thuế: tính thuế, quyết toán thuế…Đặc biệt trong công tác thanh tra thuế, điều này càng thể hiện rõ ràng hơn. Thủ đoạn trốn thuế hiện nay ngày càng tinh vi, phức tạp. Trình độ cán bộ thuế còn nhiều hạn chế thì không thể phát hiện ra những sai phạm của đối tượng bị thanh tra. Trong những năm gần đây ngành thuế đã tập
trung đào tạo kiến thức cơ bản cho cán bộ của ngành nhưng mới chỉ dừng lại ở việc gửi cán bộ đi học tại các trường đại học và trung học chứ chưa chuyên sâu về nghiệp vụ thuế và các kiến thức theo tiêu chuẩn ngạch công chức nhà nước quy định. Ngành thuế đã tổ chức các lớp tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ nhưng mới chỉ tập trung vào một số cán bộ chủ chốt, chưa làm được nhiều và thường xuyên đối với đội ngũ đông đảo cán bộ trực tiếp quản lý ở các địa phương. Đối với thuế thu nhập cá nhân thì luôn có chỉnh sửa thì việc đào tạo nghiệp vụ cho cán bộ thuế lại càng trở nên quan trọng. Vì vậy, trình độ chuyên môn của cán bộ thuế ở cấp cơ sở còn thấp. Nhiều cán bộ chưa nắm được kiến thức cơ bản về luật thuế ngay trong lĩnh vực chuyên môn mình đảm nhận. Mặc dù đã được quan tâm đầu tư, điều kiện vật chất của ngành thuế còn lạc hậu. Cơ sở làm việc còn chật chội, hệ thống thông tin phục vụ công tác quản lý chưa được nâng cấp. Trong thời gian tới, hệ thống thông tin cần được trang bị lại để đáp ứng được tiến độ và khối lượng công việc. Việc trao đổi thông tin giữa các ngành thuế với các ngành liên quan chưa chặt chẽ, không đầy đủ làm giảm tính khả thi, chính xác và hiệu quả trong công tác quản lý thu thuế.
Thứ ba, ở Việt Nam hiện nay, quá trình thanh toán tiền bằng tiền mặt vẫn là chủ yếu nên đã gây khó khăn cho cán bộ thuế trong công tác kiểm tra thu nhập của đối tượng lao động. Cơ quan thuế khó có thể xác minh và thẩm tra những kê khai về thu nhâp của đối tượng nộp thuế một khi thu nhập người lao động dưới hình thức tiền mặt, không có một chứng từ nào xác nhận việc thanh toán. Trong khi đó các khoản thu nhập lại rất không ổn định.
Thứ tư, do những bất cập trong chế độ kê khai thuế và cấp mã số thuế hiện nay đối với những đối tượng hành nghề tự do như ca sĩ, nghệ sĩ, cầu thủ bóng đá…Các hình thức kê khai vẫn còn hạn chế chưa đa dạng nên gây ra tình trạng nhiều loại thu nhập chưa được tính đến và làm giảm hiệu quả quản lý thu thuế thu nhập cá nhân.
Thứ năm, do ý thức người dân về thuế thu nhập cá nhân còn thấp. Rất nhiều người dân chưa hiểu biết đầy đủ về thuế thu nhập cá nhân, sự tự giác còn chưa cao, chưa có sự hiểu biết cặn kẽ về quyền lợi và nghĩa vụ của người nộp thuế nên còn có những biểu hiện trốn tránh, thoái thác việc thực hiện Pháp luật thuế. Bản thân những người hiểu biết cũng cố tình làm sai và không thực hiện nghĩa vụ nộp thuế. Ngay cả các cơ quan chi trả thu nhập, vì lợi ích của bản thân các đơn vị đó nên đã không tiến hành khấu trừ thu nhập. Nhà nước vẫn chưa thực sự chú trọng vào thuế thu nhập cá nhân, những chương trình tuyên truyền và giáo dục về thuế thu nhập cá nhân gần như không có. Điều này đã khiến cho thuế thu nhập cá nhân vẫn còn là một sắc thuế xa lạ đối với rất nhiều người. Để hoàn thiện công tác quản lý thuế thu nhập cá nhân, huy động nhiều hơn và hợp
lý hơn nữa thu nhập của cá nhân cho nhà nước, góp phần thực hiện công bằng xã hội, ngành thuế và các cơ quan liên quan phải tìm các giải pháp thích hợp để giải quyết những hạn chế.
Thứ sáu, chưa có sự phối hợp chặt chẽ giữa ngành thuế với các cấp chính quyền địa phương, với các tổ chức, cơ quan liên quan trong việc hợp tác triển khai Luật thuế TNCN, dẫn đến những khó khăn trong việc xác định và quản lý gia cảnh người nộp thuế, quản lý hoạt động của các cá nhân kinh doanh tự do, hành nghề độc lập,...
Thứ bảy, hiện tượng tiêu cực và bất công trong việc nộp thuế TNCN vẫn chưa được xử lý triệt để, làm ảnh hưởng đến tính hiệu quả thực tế và công bằng của Luật thuế, gây một số bức xúc trong quần chúng nhân dân.