Năm 1988, Ngân hàng phát triển Nông nghiệp Việt Nam thành lập theo nghị định số 53/HĐBT ngày 26/03/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về việc thành lập các ngân hàng chuyên doanh.
Ngày 14/11/1990, chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) ký Quyết định số 400/CT thành lập Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam (NHNoVN) thay thế Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam.
Ngày 01/03/1991 Thống đốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết định số 18/NH- QĐ thành lập Văn phòng đại diện Ngân hàng Nông nghiệp tại thành phố Hồ Chí Minh và ngày 24/6/1994.
Ngày 30/7/1994 tại Quyết Định số 160/QĐ-NHN9, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước chấp thuận mô hình đổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam.
Ngày 07/3/1994 theo Quyết định số 90/TTg của Thủ tướng Chính phủ, NHNoVN hoạt động theo mô hình Tổng công ty Nhà nước với cơ cấu tổ chức bao gồm Hội đồng Quản trị, Tổng Giám đốc, bộ máy giúp việc bao gồm bộ máy kiểm soát nội bộ, các đơn vị hoạch toán phụ thuộc, hoạch toán độc lập, đơn vị sự nghiệp, phân
Giám đốc.
Ngày 15/11/1996, được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ký Quyết định số 280/QĐ-NHNN đổi tên Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam(NHNo&PTNT VN)
NHNo&PTNT VN hoạt động theo mô hình Tổng công ty 90, là doanh nghiệp Nhà nước hạng đặc biệt, hoạt động theo Luật các tổ chức tín dụng và chịu sự quản lý trực tiếp của NHNN Việt Nam và hệ thống hiện tại bao gồm:
-149 chi nhánh cấp 1 và hơn 2.000 phòng giao dịch trải dài từ thành thị đến nông
thôn;
-03 văn phòng đại diện, một ở khu vực Miền trung, một ở khu vực Miền Nam và
một ở PhnomPenh_Campuchia
-01 sở giao dịch; 01 sở quản lý kinh doanh vốn và ngọai tệ;
-05 trung tâm gồm: Trung tâm công nghệ thông tin, Trung tâm đào tạo, Trung
tâm thẻ, Trung tâm thanh toán, Trung tâm phòng ngừa và xử lý rủi ro.
-08 Cty trực thuộc gồm: Cty cho thuê tài chính I, Cty cho thuê tài chính II, Cty
TNHH Chứng khóan, Cty in thương mại và dịch vụ ngân hàng, Cty KD Mỹ nghệ Vàng bạc Đá quý, Cty Vàng bạc đá quý Tp.HCM, Cty Du lịch Thương Mại Agribank, Cty KD lương thực và đầu tư phát triển.
-01 Ngân hàng liên doanh: Ngân hàng liên doanh Việt _ Thái (Vinasiam)
Năm 2008 là năm ghi dấu chặng đường 20 năm xây dựng và trưởng thành của Agribank và cũng là năm có tính quyết định trong tiến trình hội nhập kinh tế quốc tế theo chủ trương của Đảng, chính phủ.. Trong chiên lược phát triển của mình, Agribank sẽ trở thành một tập đoàn tài chính đa ngành, đa sở hữu, hoạt động đa lĩnh vực. Theo đó toàn hệ thống xác định những mục tiêu lớn phải ưu tiên đó là: tiếp tục giữ vai trò chủ đạo chủ lực trên thị trường tài chính nông thôn, luôn là người bạn đồng
hành thủy chung tin cậy của hơn 10 triệu hộ gia đình, xúc tiến cổ phần hóa các công ty trực thuộc, tiến tới cổ phần hóa Agribank theo định hướng và lộ trình thích hợp, đẩy mạnh tái cơ cấu ngân hàng, giải quyết triệt để vân đề nợ xấu, đạt hệ số an toàn vốn theo tiêu chuẩn quốc tế, phát triển hệ thống công nghệ thông tin, đa dạng hóa sản phẩm, nâng cao chất lượng dịch vụ, chuẩn bị nguồn nhân lực chất lượng cao, đảm bảo các lợi ích của người lao động và phát triển thương hiệu, văn hóa Agribank.
Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam được khẳng định là ngân hàng chủ đạo, chủ lực trong thị trường tài chính nông thôn, đồng thời là ngân hàng thương mại đa năng, giữ vị trí hàng đầu trong hệ thống ngân hàng thương mại ở Việt Nam.