Cỏc DNVVN Việt Nam đang cú khụng ớt những tồn tại về năng lực lónh đạo và quản trị doanh nghiệp. Tỷ lệ cỏc chủ doanh nghiệp được đào tạo bài bản về kinh doanh khụng nhiều. Đa phần quản trị doanh nghiệp theo kinh nghiệm. Vỡ thế cỏc doanh nghiệp khụng cú cỏc chiến lược lõu dài, nhất là cỏc chiến lược thị trường và chiến lược sản phẩm. Theo điều tra của CIEM đa số chủ doanh nghiệp khụng quen làm việc theo kế hoạch do bản thõn đặt ra. Khả năng thớch ứng và nhanh nhạy với những thay đổi của mụi trường bờn ngoài thấp. Điều này dẫn đến khả năng thõm nhập thị trường cũng như quản trị cỏc kờnh phõn phối của doanh nghiệp cũn nhiều hạn chế.
Thực tế cho thấy do trỡnh độ quản lý, trỡnh độ cụng nghệ, khả năng về vốn, khả năng tiếp cận cỏc nguồn thụng tin hạn chế nờn rất ớt cỏc doanh nghiệp Việt Nam dỏm tiờn phong trong đầu tư vào cỏc sản phẩm mới. Đại bộ phận cỏc DNVVN bị ảnh hưởng bởi tỡnh trạng đầu tư dố dặt cho sản phẩm mới. Chủ yếu là theo hướng chạy theo sản phẩm của cỏc doanh nghiệp khỏc (bắt chước). Kết quả là luụn đi sau đối tỏc về thị trường, cụng nghệ, kỹ năng lao động dẫn đến năng lực cạnh tranh khụng cao. Vấn đề quyền sở hữu trớ tuệ cũng chưa được nhận thức đầy đủ tại cỏc DNVVN tạo ra những rào cản khụng nhỏ về phỏp lý và tổn phớ về kinh tế (do việc phải mua bản quyền, chuyển giao cụng nghệ). Khụng ớt cỏc doanh nghiệp đang tiếp cận thị trường theo hướng bị động, sản phẩm được bỏn thụng qua cỏc nhà trung gian và do doanh nhõn nước ngoài tự tỡm đến với doanh nghiệp. Số doanh nghiệp tự chủ động tỡm kiếm thị trường thụng qua cỏc kờnh thụng tin và biện phỏp khỏc nhau như tham gia hội chợ, khảo sỏt thực tế nhỡn chung là rất ớt.
Do hạn chế về tài chớnh nờn sự quan tõm của DNVVN trong việc nõng cao năng lực quản lý của ban lónh đạo và bồi dưỡng kỹ năng kinh doanh cho đội ngũ
nhõn viờn cũn rất nhiều bất cập. Chớnh điều này đó làm giảm năng lực cạnh tranh của cỏc DNVVN Việt Nam trong hoạt động xuất khẩu.