Các Bệnh viện áp dụng quản lý tài chính theo cơ chế tự chủ tài chính, do đó thời kì lập dự toán của Bệnh viện là 3 năm của thời kì ổn định, chia thành hai thời kì: năm đầu tiên và hai năm tiếp theo. Như vậy, giai đoạn 2011-2013 các Bệnh viện tuyến huyện tỉnh Thái Bình sẽ lập dự toán năm 2011 căn cứ vào chức năng nhiệm vụ của mình, chế độ chi tiêu tài chính hiện hành, kết quả hoạt động sự nghiệp và tình hình thu chi tài chính năm 2010 để lập dự toán cho năm 2011. Dự toán cho 2 năm tiếp theo được xác định như sau: các Bệnh viện căn cứ số thu thực hiện năm 2010, ước thực hiện thu năm 2011, dự kiến điều chỉnh các mức thu trong năm 2012, khả năng đóng góp của người bệnh sử dụng dịch vụ khám chữa bệnh và những yếu tố dự kiến tác động đến thu năm 2012 để xây dựng dự toán thu phù hợp, tích cực. Các khoản thu sự nghiệp mang tính chất giá dịch vụ kinh doanh khám chữa bệnh dịch vụ của Bệnh viện không thuộc nguồn thu NSNN, không đưa chung vào dự toán thu phí, lệ phí thuộc NSNN nhưng phải lập dự toán riêng để theo dõi, quản lý. Dự toán 2013 làm tương tự như 2012.
Dự toán chi năm của Bệnh viện được xây dựng trên cơ sở định mức phân bổ chi thường xuyên của sở Y tế dành cho từng Bệnh viện, hệ thống tiêu chí, chế độ tiêu chuẩn định mức chi tiêu theo quy định hiện hành; các quy định của pháp luật về chính sách, chế độ chi tiêu ngân sách hiện hành và yêu cầu kinh phí thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ quan trọng, chiến lược của đất nước dự kiến thực hiện năm đó.
Sau khi xây dựng bản dự toán thu, chi cho năm sau các của các Bệnh viện được gửi về Sở Y tế tổng hợp gửi Sở Tài chính trước ngày 20/7 hàng năm theo đường công văn để kịp tổng hợp, đăng ký với Bộ Tài chính theo quy định. Đến
ngày 20/7 hàng năm (tính theo dấu công văn đến) Bệnh viện nào chưa gửi báo cáo
bằng văn bản đến Sở Tài chính thì Bệnh viện sẽ chịu trách nhiệm trước UBND tỉnh về dự toán thu, chi NSNN năm sau và kinh phí thực hiện của đơn vị mình.