Các Bệnh viện huyện tại Thái Bình là đơn vị sự nghiệp y tế, có nhiệm vụ chấp hành nghiêm chỉnh chế độ kế toán tài chính sự nghiệp do Bộ Tài chính ban hành. Do vậy, hiện nay các Bệnh viện huyện đều lập và nộp đúng hạn các báo cáo tài chính cho sở Y tế Thái Bình và Sở Tài chính Thái Bình theo quy định. Mặt khác Bệnh viện dùng các báo cáo tài chính này để phân tích và đánh giá hiệu quả sử dụng các nguồn kinh phí, vốn, quỹ để phục vụ cho công tác quản lý tài chính và quản lý chung.
Trên cơ sở số liệu báo cáo quyết toán, các Bệnh viện có thể đánh giá hiệu quả hoạt động, đánh giá tình hình thưc hiện kế hoạch đồng thời rút ra ưu nhược điểm của từng bộ phận, phòng ban trong Bệnh viện làm cơ sở cho việc lập kế hoạch năm sau. Để có thể tiến hành quyết toán, các Bệnh viện phải phản ánh đầy đủ, trung thực các khoản thu, chi phát sinh trên hệ thống sổ sách kế toán và các báo cáo tài chính. Cuối quý, cuối năm các bệnh viện tiến hành lập báo cáo quyết toán.
Về biểu mẫu lập: Các biểu mẫu báo cáo và thời gian nộp báo cáo quyết toán quý, năm của Bệnh viện thực hiện theo Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC của Bộ Tài Chính ngày 30/03/2006 về việc ban hành chế độ kế toán hành chính và Thông tư 185/2010/TT-BTC ngày 15/11/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung chế độ kế toán hành chính sự nghiệp .
Về thời hạn: các Bệnh viện tiến hành lập báo cáo quyết toán năm trước gửi sở Y tế trước ngày 28/2 năm sau. Như vậy báo cáo quyết toán năm 2013 của các Bệnh viện huyện sẽ được gửi sở Y tế tỉnh xét duyệt trước ngày 28/2/2014.