Trong bất kỳ HĐKD nào cũng có rủi ro. Cụ thể trong HĐKD của NH thì hoạt động TD là hoạt động nhiều rủi ro nhất và trong hoạt động cho vay của NH thì nợ xấu (trong đó gồm nợ nhóm 3 - nợ dưới tiêu chuẩn, nhóm 4 - nợ nghi ngờ, nhóm 5 - nợ có khả năng mất vốn) là rủi ro lớn nhất.
Khi nợ xấu trong NH chiếm tỷ lệ quá cao trong tổng dư nợ thì có thể làm cho NH mất khả năng cân đối trong thanh toán dần dần làm cho NH thua lỗ và có nguy cơ phá sản. Vì vậy nợ xấu là vấn đề mà tất cả các NH đặc biệt quan tâm.
Qua bảng số liệu về nợ xấu, ta thấy nợ xấu tại NH tăng giảm không đều qua các năm. Điển hình là năm 2009 nợ xấu ở mức 7.753 triệu đồng, sở dĩ năm 2009 tổng nợ xấu còn ở mức cao là do công tác xử lý thu hồi nợ chưa được triệt để nên nợ đến hạn, nợ quá hạn và nợ xấu còn cao, tập trung ở đối tượng thủy sản.
Đến năm 2010 nợ xấu giảm đáng kể chỉ còn 2.968 triệu đồng với tỷ trọng 61,72% so với năm 2009. Đạt được kết quả đó là do hầu hết các khoản cho vay sản xuất kinh doanh đều phát huy hiệu quả, khách hàng vay tiêu dùng đều có nguồn thu trả nợ ổn định, nợ cho vay cơ bản có tài sản đảm bảo. Nhưng đến năm 2011 thì nợ xấu lại tăng 0.141 triệu đồng với tỷ lệ 4,75% đã vượt mức cho phép của NHNN là 3%. Nguyên nhân là do ảnh hưởng của thị trường, thời tiết biến đổi không thuận lợi làm cho hiệu quả kinh doanh của một số DN và hộ kinh doanh giảm làm cho công tác thu nợ tại chi nhánh gặp nhiều khó khăn. Điều này đòi hỏi NH phải hết sức thận trọng trong vấn đề cho vay, phải thẩm định hồ sơ kỹ trước khi cho vay để NH tránh được những khoản nợ xấu tăng trong thời gian tới.