Chỉ tiêu dư nợ có ý nghĩa rất quan trọng trong việc đánh giá hiệu quả hoạt động của NH. Dư nợ bao gồm số tiền lũy kế của những năm trước chưa thu hồi được và số dư phát sinh trong năm hiện hành. Nó phản ánh được thực tế khả năng hoạt động TD của NH như thế nào.
Ta thấy tổng dư nợ đều tăng trong giai đoạn từ năm 2009 đến năm 2011. Trong đó NHNo & PTNT chi nhánh huyện Cù Lao Dung đã tập trung phần lớn nguồn vốn vào cho vay ngắn hạn đưa tỷ trọng dư nợ ngắn hạn chiếm đa số trong tổng dư nợ và tăng liên tục qua ba năm. Cụ thể là dư nợ ngắn hạn năm 2009 chỉ có 114.943 triệu đồng nhưng sang năm 2010 là 149.282 triệu đồng, năm 2011 tiếp tục đạt đến 192.757 triệu đồng tăng 43.475 triệu đồng (tức 29,12%) so với năm 2010. Do Cù Lao Dung là một huyện mới tách và đang trên đà phát triển, nhu cầu vốn ngắn hạn để phục vụ trong sản xuất kinh doanh là rất lớn. Để đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế XH của vùng, đồng thời mở rộng và nâng cao hiệu quả hoạt động của NH, NH đã tập trung đầu tư phần lớn nguồn vốn TD vào cho vay ngắn hạn, cho nên chỉ tiêu dư nợ ngắn hạn liên tục tăng lên quaba năm.
Dư nợ trung hạn ở năm 2010 tăng 2.866 triệu đồng với tỷ lệ là 16,19% so với năm 2009, nguyên nhân tăng là do họat động sản xuất kinh doanh của các hộ gia đình, DN vừa và nhỏ có hiệu quả và ít rủi ro hơn họat động tiêu dùng và nông nghiệp. Nhưng đến năm 2011 dư nợ trung hạn giảm còn 19.063 triệu đồng với tỷ lệ giàm 7,32% so với năm 2010, nguyên nhân là do dư nợ ngắn hạn tăng
lên. Qua đó cũng cho thấy tình hình sản suất kinh doanh ngày càng được mở rộng, đầu tư máy móc thiết bị công nghệ... quy mô đầu tư ngày càng tăng nhằm đáp ứng nhu cầu sản xuất kinh doanh trong tương lai và phù hợp với sự phát triển chung của nền kinh tế.
Về dư nợ UTĐT giảm dần qua các năm, năm 2010 giảm mạnh với tỷ lệ 46,65% và tiếp tục giảm ở năm 2011 là 1.002 triệu đồng với tỷ lệ giảm 18,40%. Nguyên nhân là do dư nợ ngắn hạn tăng mạnh vào năm 2010 và năm 2011. Điều đó cho thấy công tác thu hồi nợ đã đạt hiệu quả cao trong giai đoạn này.