Bên cạnh những thành tựu nói trên, phải thấy rằng hiện nay Liên minh châu Âu đang phải đối mặt với rất nhiều thách thức. Về mặt xã hội, tỷ lệ thất nghiệp của EU vẫn thuộc loại cao. Cao nhất là Tây Ban Nha - 14,9%, thấp nhất là Luxembua - 2,2% và số người thất nghiệp của EU đã lên tới con số 15 triệu người vào thời điểm hiện nay.
Bên cạnh đó, đồng tiền chung euro cũng đã phải chịu không ít sóng gió. Việc đồng euro liên tục bị mất giá trong mấy tháng qua đã làm nhiều nhà kinh tế châu Âu lo ngại. Nếu như vào thời điểm ra đời đồng euro (1/1999), các nhà lãnh đạo EU còn băn khoăn lo ngại về "đồng euro mạnh" (1 USD = 0,84 euro) sẽ làm ảnh hưởng đến các nền kinh tế châu Âu, nhất là tình hình xuất khẩu của tổ chức này, thì giờ đây họ lại phải đối mặt với tình trạng ngược lại "đồng euro yếu - trong những tháng qua đồng euro liên tục bị mất giá trị so với đồng đôla (tính đến giữa tháng 9/2000 đồng euro đã mất tới 27% giá trị. Tình trạng trên trước mắt sẽ khuyến khích được tình hình xuất khẩu của EU, nhưng về lâu dài, nếu Ngân hàng trung ương châu Âu không có những chính sách tiền tệ thích hợp để chấm dứt tình trạng này thì sức sản xuất của các doanh nghiệp ở châu Âu sẽ bị giảm và các chính phủ sẽ phải dừng các cải tổ cơ cấu ở mỗi nước.
Mới đây, ngày 18/10, kết quả cuộc trưng cầu dân ý ở Đan Mạch để xem người dân Đan Mạch đã sẵn sàng gia nhập khu vực đồng euro chưa, thực sự nằm ngoài mong muốn của các nhà lãnh đạo EU với kết quả 53,1% người không ủng hộ so với 46,9% người ủng hộ. Mặc dù đây chỉ là ý kiến của người dân Đan Mạch chứ không phải của cả châu Âu, nhưng kết quả này phần nào đã làm cho ý chí của người dân châu Âu ít nhiều bị lung lay và điều này cũng cho thấy người dân châu Âu vẫn chưa hoàn toàn tin tưởng vào đồng euro.
Theo các nhà nghiên cứu, ngoài việc phải đối mặt với một số khó khăn về kinh tế - xã hội như đã nói ở trên, hiện nay Liên minh châu Âu đang phải đối mặt với 3 thách thức lớn sau đây: vấn đề mở rộng Liên minh, cải cách các thể chế của Liên minh và vấn đề xây dựng một chính sách an ninh và phòng thủ chung.