Quan hệ giữa quyền quản lý nhà nước với quyền sở hữu của Nhà nước về các nguồn lực và việc sử dụng quyền sở hữu này trong sản xuất kinh doanh ở các DNNN đến nay vẫn chưa giải quyết hợp lý và triệt để do còn "vướng mắc về cơ chế, chính sách". Như Báo cáo tại Hội nghị Tổng kết 10 năm (2001 - 2011) về sắp xếp, đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả DNNN ở Đà Nẵng, thì cơ chế, chính sách về quản lý các doanh nghiệp còn thiếu, chưa
đồng bộ (về quản lý sử dụng vốn, tài sản, về quyền của chủ sở hữu, người đại diện sở hữu), việc tách bạch chức năng quản lý nhà nước, giám sát hiệu quả hoạt động và chức năng kinh doanh vốn nhà nước chưa rõ ràng [103, tr.4]. Chính hạn chế này làm suy yếu sở hữu nhà nước, năng lực sản xuất chưa cao và hiệu quả kinh tế còn thấp, chưa tương xứng với sự đầu tư của Nhà nước.
Trong các DNNN trung ương, quá trình đổi mới, sắp xếp lại, trọng tâm là đẩy mạnh cổ phần hoá theo chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước tiến hành còn chậm, thiếu kiên quyết. Đến nay, vẫn còn một số doanh nghiệp hoạt động trong một số ngành, lĩnh vực mà Nhà nước không cần chi phối. Việc huy động các nhà đầu tư có cổ đông lớn, mang tính chiến lược để hình thành các doanh nghiệp cổ phần nhằm mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh trong điều kiện cạnh tranh và hội nhập kinh tế quốc tế còn hạn chế.
Trong các DNNN địa phương, quá trình thực hiện chuyển đổi hình thức sở hữu thông qua cổ phần hoá chưa giải quyết triệt để. Đó là việc xác định tài sản chưa theo đúng các nguyên tắc thị trường và xử lý vấn đề tồn đọng về tài chính, công nợ còn khó khăn, phức tạp…làm phân tán, thất thoát tài sản của Nhà nước. Vai trò cổ đông của người lao động còn rất hạn chế, nên không phát huy quyền làm chủtrong tổ chức quản lý sản xuất. Một số doanh nghiệp sau khi cổ phần hoá đã nảy sinh hiện tượng tư nhân hoá do các cổ đông lớn hoặc một nhóm nhỏ có tiềm lực tài chính mạnh lần lượt thâu tóm cổ phiếu để kiểm soát, sau đó bán các tài sản có khả năng sinh lời cao để thu lợi.
Trìnhđộ tổ chức quản lý sản xuất của đội ngũ lãnh đạo, quản lý doanh nghiệp còn hạn chế, yếu kém. Một bộ phận cán bộ quản lý không đủ năng lực quản lý theo cơ chế mới, còn có tâm lý dựa vào nhà nước. Mặt khác, do cơ chế quản lý kinh tế của Nhà nước với tư cách là chủ sở hữu còn bất cập và vai trò lãnh đạo phát triển kinh tế của các tổ chức đảng ở các doanh nghiệp còn yếu, dẫn đến hiện tượng thiếu trách nhiệm, lãng phí, tham nhũng còn diễn ra.
Việc thực hiện quan hệ phân phối trong kinh tế nhà nước, DNNN chưa thật sự do quy luật của thị trường quyết định, vẫn chưa phản ánh đúng
theo kết quả lao động và hiệu quả kinh tế. Trong các DNNN, cơ chế quản lý tiền lương và thu nhập ngoài lương, tiêu chí trả lương và đánh giá kết quả lao động đã xuất hiện những bất ổn, diễn ra nhiều hệ quả tiêu cực. Tình trạng trả lương còn mang tính bình quân, chủ yếu căn cứ vào thời gian lao động là chưa phản ánh đúng thực chất năng suất lao động và hiệu quả kinh tế. Trong thực hiện quan hệ phân phối giữa các đối tượng đã có sự bất bình đẳng, khi tiền lương, thu nhập của một bộ phận cán bộ lãnh đạo, quản lý trong các doanh nghiệp quá cao so với năng lực, trình độ của họ và hiệu quả sản xuất của doanh nghiệp mà họ đang quản lý và so với người lao động đang làm việc trong doanh nghiệp. Mặt khác, việc đổi mới DNNN thông qua sáp nhập, hợp nhất, giải thể, giao, bán, khoán, cho thuê, cổ phần hoá dẫn tới một bộ phận người lao động thiếu việc, mất việc làm, thu nhập bị giảm. Một bộ phận do không có trình độ, tay nghề, sức khoẻ để làm công việc mới, trong khi cơ chế bảo vệ người lao động chưa thực hiện có hiệu quả. Mặc dù Đảng bộ đã có chủ trương, chính quyền và bản thân các doanh nghiệp đã có nhiều giải pháp khắc phục, tuy nhiên, đến nay vẫn chưa giải quyết kịp thời và triệt để làm lãng phí sức sản xuất, không khai thác hết sức lao động, ảnh hưởng đến đời sống của người lao động và gây ra tiêu cực về mặt xã hội.
Như vậy, việc xây dựng QHSX trong kinh tế nhà nước vẫn còn bất cập cả về sở hữu, tổ chức quản lý sản xuất và phân phối, vì vậy, chưa tạo động lực thúc đẩy mạnh mẽ LLSX phát triển trong quá trình CNH, HĐH, làm cho kinh tế nhà nước chưa thật sự giữ vai trò chủ đạo trong nền kinh tế.