Rễ cây đậu nành khác với rễ cây hòa thảo là có rễ chính và rễ phụ. Rễ chính có thể ăn sâu 30-50 cm và có thể trên 1 m. Trên rễ chính mọc ra nhiều rễ phụ, rễ phụ cấp 2, cấp 3 tập trung nhiều ở tầng đất 7-8 cm, rộng 30-40 cm2 (Nguyễn Danh Đông, 1982). Trên rễ chính và rễ phụ có nhiều nốt sần. Bộ rễ phân bố nông sâu, rộng hẹp, số lƣợng nốt sần ít hay nhiều phụ thuộc vào giống, đất đai, khí hậu và kỹ thuật trồng (Trần Văn Điền, 2007).
2.2.2 Thân
Tùy theo đặc điểm của giống và điều kiện môi trường mà cây đậu nành có số lóng và số cành khác nhau (Nguyễn Thị Xuân Thu và Lê Vĩnh Thúc, 2011).
Thân cây đậu nành thuộc thân thảo, có hình tròn, trên thân có nhiều lông nhỏ.
Thân khi còn non có màu xanh hoặc màu tím khi về già chuyển sang màu nâu nhạt, màu sắc của thân khi còn non có liên quan chặt chẽ với màu sắc của hoa sau này. Nếu thân lúc còn non màu xanh thì hoa màu trắng và nếu khi còn non thân có màu tím thì hoa có màu tím đỏ.
Thân có trung bình 14-15 lóng, các lóng ở phía dưới thường ngắn, các lóng ở phía trên thường dài (vì những lóng phía trên phát triển từ ngày 35-40 trở đi vào lúc cây đang sinh trưởng nhanh nên lóng thường dài). Tùy theo giống và thời vụ gieo mà chiều dài lóng có sự khác nhau thường biến động từ 3-10 cm. Cây đậu nành trong vụ hè thường có lóng dài hơn vụ xuân và vụ đông. Chiều dài của lóng góp phần quyết định chiều cao của thân. Thân cây đậu nành thường cao từ 0,3-1,0 m. Giống đậu nành dại cao 2-3 m. Những giống thân nhỏ lóng dài dễ bị đổ hay mọc bò thường làm thức ăn cho gia súc.
Những giống thân to thường là thân đứng và có nhiều hạt và chống được gió bão. Toàn thân có một lớp lông tơ ngắn, mọc dày bao phủ từ gốc lên đến ngọn, đến cả cuống lá. Thực tế cũng có giống không có lông tơ. Những giống có mật độ lông tơ dày, màu sẫm có sức kháng bệnh, chịu hạn và chịu rét khỏe. Ngƣợc lại những giống không có lông tơ thường sinh trưởng không bình thường, sức chống chịu kém. Thân có lông tơ nhiều ít dài ngắn, dày thƣa là một đặc điểm phân biệt giữa các giống với nhau (Trần Văn Điền, 2007).
2.2.3 Lá
Cây đậu nành có 4 loại lá bao gồm lá mầm (lá tử diệp), lá sơ cấp đơn, lá kép lông chim và lá bắc (một cặp lá đơn dài 1 mm ở gốc của mỗi nhánh bên) (Carlson and Lersten, 2004).
Phần lớn trên lá có nhiều lông tơ. Lá có nhiều hình dạng khác nhau tùy theo giống, những giống lá nhỏ và dài chịu hạn khỏe nhưng thường cho năng suất thấp. Những giống lá to chống chịu hạn kém nhưng thường cho năng suất cao hơn. Nếu 2 lá kép đầu to và dày thường biểu hiện giống có khả năng chống chịu rét. Số lƣợng lá kép nhiều hay ít, diện tích lá to hay nhỏ chi phối rất lớn đến năng suất và phụ thuộc vào thời vụ gieo trồng. Các lá nằm cạnh chùm hoa nào giữ vai trò chủ yếu cung cấp dinh dƣỡng cho chùm hoa ấy. Nếu vì điều kiện nào đó làm cho lá bị úa vàng thì trái ở vị trí đó thường bị rụng hoặc lép.
Các nhà chọn giống đậu nành đƣa ra cơ sở để nâng cao năng suất đậu nành là tăng cường quá trình quang hợp và muốn quang hợp với hiệu quả cao thì phải chọn những cây có bộ lá nhỏ, dày, thế lá đứng và lá có dạng hình trứng.
Số lá nhiều to khỏe nhất vào thời kỳ đang ra hoa rộ. Khi phiến lá phát triển to, rộng, mỏng, phẳng, có màu xanh tươi là biểu hiện cây sinh trưởng khỏe có khả năng cho năng suất cao (Trần Văn Điền, 2007).
2.2.4 Hoa
Chồi bên phát triển thành cụm gồm 2-35 hoa. Hoa rụng từ 20-80%. Đậu nành có hoa có tràng cánh bướm (Carlson and Lersten, 2004). Hoa đậu nành thuộc loại hoa đồng chu lƣỡng tính trong hoa có nhị và nhụy, mỗi hoa gồm 5 lá đài, 5 cánh hoa có 10 nhị và 1 nhụy.
+ Đài hoa có màu xanh, nhiều bông.
+ Cánh hoa: Một cánh to gọi là cánh cờ, 2 cánh bướm và 2 cánh thìa.
+ Nhị đực: 9 nhị đực cuốn thành ống ôm lấy vòi nhụy cái và 1 nhị riêng lẻ.
+ Nhụy cái: Bầu thƣợng, tử phòng một ngăn có 1-4 tâm bì (noãn) nên thường trái đậu nành có 2-3 hạt.
Các cánh hoa vươn ra khỏi lá đài từ ngày hôm trước và việc thụ phấn xảy ra vào sáng ngày hôm sau lúc 8-9 giờ sáng trước khi nụ hoặc hoa chưa nở hoàn toàn. Mùa hè hoa thường nở sớm hơn mùa đông và thời gian nở hoa rất ngắn sáng nở chiều tàn. Hoa đậu nành thường thụ phấn trước khi hoa nở và là cây tự thụ phấn, tỉ lệ giao phấn rất thấp chiếm trung bình 0,5-1% (Ngô Thế Dân và ctv., 1999).
2.2.5 Trái và hạt
Chùm hoa ở mỗi đốt có thể phát triển từ 1 đến hơn 20 trái. Một cây có thể có đến 400 trái. Trái đậu nành tương tự như trái các cây họ đậu khác. Một trái thường chứa 1 đến 3 hạt và hiếm khi 4 hạt, ngoại trừ các cây có na allele có những lá chét hẹp và có tỉ lệ trái 4 hạt cao hơn (Singh et al., 2007).
Trái đậu nành thẳng hoặc hơi cong, có chiều dài từ 2-7 cm hoặc hơn. Trái có màu sắc biến động từ vàng trắng tới vàng sẫm, nâu hoặc đen. Màu sắc trái phụ thuộc vào sắc tố caroten, xanthophyll, màu sắc của lông, sự có mặt của các sắc tố antocyanin. Lúc trái non có màu xanh nhiều lông (có khả năng quang hợp do có diệp lục), khi chín có màu nâu. Hoa đậu nành ra nhiều nhƣng tỉ lệ đậu trái thấp 20-30%.
Ví dụ trong vụ xuân 1 cây có thể có 120 hoa nhƣng chỉ đậu 30-40 trái là cao, trên một chùm 5-8 hoa chỉ đậu 2-3 trái. Những đốt ở phía gốc thường trái ít hoặc không có trái, từ đốt thứ 5-6 trở lên tỉ lệ đậu trái cao và trái chắc nhiều.
Trên cành thường từ đốt 2-3 trở lên mới có trái chắc, những trái trên đầu cành
thường lép nhiều. Sau khi hoa nở được 2 ngày thì cánh hoa héo và rụng, ngày thứ 3 đến ngày thứ 5 sau hoa nở đã hình thành trái và 7-8 ngày sau là thấy nhân trái xuất hiện. Trong 18 ngày đầu trái lớn rất nhanh sau đó chậm dần, vỏ dày lên và chuyển từ màu xanh sang màu vàng. Hạt lớn nhanh trong vòng 30- 35 ngày sau khi hình thành trái.
Hạt có nhiều hình dạng khác nhau: Hình tròn, hình bầu dục, tròn dẹt...
Giống có màu vàng giá trị thương phẩm cao. Trong hạt, phôi thường chiếm 2%, 2 lá tử điệp chiếm 90% và vỏ hạt 8% tổng khối lƣợng hạt. Hạt to nhỏ khác nhau tùy theo giống, khối lƣợng một nghìn hạt (M1.000 hạt) thay đổi từ 20-400 g trung bình từ l00-200 g.
Rốn hạt của các giống khác nhau thì có màu sắc và hình dạng khác nhau, đây là một biểu hiện đặc trƣng của các giống (Trần Văn Điền, 2007).