L ời cảm ơn
2.1.4. Mồi của phản ứng RAPD và SSR
Cỏc mồi RAPD (20 mồi) và mồi SSR (15 cặp) được đặt tổng hợp tại
hóng Invitrogen. Trỡnh tự cỏc nucleotide của 20 mồi RAPD và cỏc cặp mồi SSR được trỡnh bày trong bảng 2.2 và bảng 2.3.
Bảng 2.2. Trỡnh tự nucleotide của 20 mồi RAPD
TT Mồi Trỡnh tự nucleotide (5’-3’) TT Mồi Trỡnh tự nucleotide (5’-3’)
1 M1 AACCGACGGG 11 M11 CGGCCCACGT 2 M2 GGGGGTCGTT 12 M12 AACGCGTAGA 3 M3 TACCACCCCG 13 M13 GCCACGGAGA 4 M4 GGCGGACTGT 14 M14 TAGGCGAACG 5 M5 TCGGCGATAG 15 M15 CACGGCTGCG 6 M6 GTGTCTCAGG 16 M16 GTATGGGGCT 7 M7 CAGCACCCAC 17 M17 GCGAACCTCG 8 M8 GGAAGTCGCC 18 M19 CCTGCTCATC 9 M9 CCTCCAGTGT 19 M20 GACAGGAGGT
Bảng 2.3. Trỡnh tự nucleotide của cỏc cặp mồi SSR Tờn
cặp mồi
Trỡnh tự mồi xuụi (F) và mồi ngược (R)
từ đầu 5’ đến 3’ Tm Tan thực tế Kớch thước alen (bp) Kiểu base
F TAT CCT AGA GAA GAA CTA AAA AA 48,2 Satt005
R GTC GAT TAG GCT TGA AAT A 49,0
45 141 (ATT)19
F CCA ACT TGA AAT TAC TAG AGA AA 51,3 Satt009
R CTT ACT AGC GTA TTA ACC CTT 49,0
46 163 (ATT)14
F GAC TTA ATT GCT TGC TAT GA 49,3 Satt042
R GTG GTG CAC ACT CAC TT 48,2
45 172 (ATT)27
F GTA TGC AAGG GATT AATT AAG 56,0 Sat_064
R TAG CTT TAT AAT GAG TGT GAT AGA T 64,0
54 146 (AT) 34
F AAG GGA TCC CTC AAC TGA CTG 59 Satt146
R GTG GTG GTG GTG AAA ACT ATT TGA C 59,2
55 163 (ATT) 16
F AAG CTT GAG GTT CGA AAA TGA C 59,9 Satt150
R TGC CAT CAG GTT GTG TAA GTG T 59,0
55 201 (ATT)20
F TGC GCC ATT TAT TCT TCG 54,7 Satt173
R AAG CGA AAT CAC CTC CTC T 54,9
51 198 (ATT)18
F GAC CTT GCT CTC TGT TTC TCA T 58,5 Satt175
R GGT GAC CAC CCC TAT TCC TTA T 58,9
55 163 (ATT) 16
F CT TG CT CCC ATT CT CT 48,0 Sct_187
R AAC ATT GGC TTT TTA CTT AG 52,0
46 136 (CT) 10
F TCC GCG AGA TAA ATT CGT AAA AT 59,8 Satt373
R GGC CAG ATA CCC AAG TTG TAC TTG T 62,3
54 248 (ATT) 21
F GCG TGG CAC CCT TGA TAA ATA A 61,8 Satt431
R GCG CAC GAA AGT TTT TCT GTA ACA 63,3
58 230 (ATT) 21
F GCG CGA TGG GCT GTT GGT TTTNTAT 73,9 Satt460
R GCG CTA ACG ATTT GGCA TTTTT CTA TTG 73,5
58 156 (ATT) 24
Tờn cặp mồi
Trỡnh tự mồi xuụi (F) và mồi ngược (R)
từ đầu 5’ đến 3’ Tm Tan thực tế Kớch thước alen (bp) Kiểu base
R GCG TAC TAC TTA CCC TGT TTG TCT AAA A 60,2 F GCG GGA TCC ACC ATG TAA TAT GTG 64,9 Satt557
R GCG CAC TAA CCC TTT ATT GAA 57,9
55 207 (ATT)17(GAT)
F GGC TAA CCC GCT CTA TGT 53,8 Satt567
R GGG CCA TGC ACC TGC TAC T 62,0 50 113 (ATT)13
*Tm: Nhiệt độ mồi bắt cặp theo lý thuyết; Tan: nhiệt độ mồi bắt cặp trờn thực tế