Trước khi làm tiêu bản ta cần tiến hành nhuộm mẫu vật. Đối với KST thuộc ngành Protozoa có thể nhuộm bằng 2 cách:
* Nhuộm bằng Hematociline: Thuốc nhuộm này để nhuộm tất cả các nguyên sinh động vật khác nhau trừ những giống loài thuộc Cnidosporidia, Sporozoa.
Thao tác:
- Làm trùng no nước: lấy mẫu lần lượt ngâm trong các thang cồn có nồng độ nhỏ dần: 70o, 50o, 30o, 10o. Mỗi thang cồn để khoảng 10-20 phút.
- Cho mẫu vật vào dung dịch Feric sulfattamoni 2-4%, thời gian ngâm trùng phụ thuộc vào từng KST.
- Sau đó dùng nước cất rửa 2 lần, mỗi lần 5 phút.
- Cho vào dung dịch Hematociline khoảng 2-10h để trùng bắt màu. - Rửa nước 30’-1h .
- Nếu quá đậm màu có thể làm nhạt bằng cách rửa qua dung dịch Feric sulfattamoni 2-4%, thời gian khoảng 6-8h. Khi nào thấy nguyên sinh động vật bắt màu xanh tro hoặc màu xanh tím thì lấy trùng ra. Rửa qua nước chảy nhẹ 1-2h.
- Làm mất nước bằng cách cho qua các thang cồn có nồng độ cao dần: 10o, 30o, 50o, 70o, 90o, 95o, 100o, cồn xilen (tỷ lệ 1/1), cuối cùng rửa qua xilen để làm trong sạch trùng.
- Gắn tiêu bản bằng Bom Canada và bảo quản mẫu.
* Nhuộm bằng bạc nitrat (AgNO3): dùng thuốc nhuộm này để nhuộm trùng thuộc giống Trichodina và Chilodonella. Ưu điểm của phương pháp này là vòng răng trên cơ thể trùng được nhìn thấy rõ thuận lợi cho quá trình phân loại. Các bước tiến hành:
- Lấy lam có trùng xếp một lượt vào chậu thủy tinh (để mặt có trùng lên trên) dùng congtogut nhỏ AgNO3 2% đều lên khắp mặt lam.
- Đặt chậu thủy tinh có trùng trong bóng tối khoảng 10 phút.
- Lấy mẫu ra rửa bằng nước sạch nhiều lần. Tiếp tục ngâm mẫu trong nước ngập sâu 1- 1,5 cm, đem phơi nắng khoảng chừng 30- 60 phút tùy theo cường độ ánh sáng mặt trời.
- Rửa lại nước cất nhiều lần, dựng nghiêng cho khô.
- Quan sát dưới kính hiển vi, gắn tiêu bản bằng Bom Canada. Có thể dùng Glycerin – Gelatin để gắn tiêu bản nhưng với điều kiện khí hậu nóng ẩm của Việt Nam rất dễ bị mốc và hỏng tiêu bản.