Vi sinh vật đất nói chung và vi sinh vật sử dụng làm phân bón vi sinh nói riêng đều bị ảnh hưởng bởi độ pH đất, hoạt tính sinh học của chúng sẽ bị giảm trong điều kiện pH đất thấp vì tác động trực tiếp của pH thấp đến sự sinh trưởng của vi khuẩn hoặc gián tiếp thông qua việc hạn chế trao đổi chất dinh dưỡng.
Đất có pH thấp thường chứa ít các nguyên tố Ca, Mg P, Mo... và chứa nhiều nguyên tố độc hại với cây trồng như nhôm và mangan. Tuy nhiên vẫn có nhiều loại cây và chủng vi sinh vật tương ứng có độ mẫn cảm cao với pH thấp và ở điều kiện này, chúng vẫn có khả năng sinh tổng hợp các chất có hoạt tính sinh học. Đặc biệt người ta đã nghiên cứu, tuyển chọn và tạo ra được các vi sinh vật có khả năng thích ứng trong dải pH rộng và do vậy nhiều sản phẩm phân vi sinh vật có khả năng sử dụng cho mọi loại đất trồng với các độ pH khác nhau.
4. Nhiệt độ
Nhiệt độ không chỉ ảnh hưởng đến sự sinh trưởng phát triển của vi khuẩn mà còn ảnh hưởng cả đến quá trình sinh trưởng phát triển của cây trồng. Trong khi nhiệt độ đất ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động sống của vi sinh vật đất và quá trình sinh tổng hợp các hoạt chất sinh học của chúng thì nhiệt độ không khí
ảnh hưởng đến quá trình quang hợp của cây. Hoạt động của vi sinh vật chỉ đạt được mức độ cực đại trong khoảng nhiệt độ nhất định và bị ảnh hưởng rất lớn bởi độ ẩm đất. Dải nhiệt độ tốt nhất đối với các vi sinh vật làm phân bón vi sinh vật khoảng 25oC đến 35oC. Hiện nay các nhà khoa học đang tiến hành tuyển chọn các vi sinh vật có khả năng sinh trưởng tốt trong dải nhiệt độ rộng nhằm khắc phục ảnh hưởng của nhiệt độ đối với hiệu quả của phân bón vi sinh vật.