Các loại hóa chất xử lý hạt giống chứa các kim loại nặng như thủy ngân, kẽm, đồng hay chì đều độc với vi sinh vật. Khơng nên nhiễm trực tiếp vi sinh vật lên hạt giống đã xử lý hóa chất diệt nấm chứa kim loại nặng.Trong trường hợp này,nên sử dụng phương pháp nhiễm vi sinh vật vào đất. Các hóa chất diệt nấm hữu cơ tuy ít độc hơn song cũng không tốt cho vi khuẩn.
Các chất này có thể khơng tiêu diệt vi sinh vật nhưng sẽ làm yếu hoặc làm mất hoạt tính sinh học của chúng. Khơng nên sử dụng phương pháp nhiễm hạt, nghĩa là trộn hạt giống với phân vi sinh vật khi hạt giống đã xử lý bằng hóa chất diệt nấm, trừ sâu.
Cho đến nay chưa có nhiều nghiên cứu về ảnh hưởng của thuốc trừ sâu đến sự tồn tại và hoạt tính của vi sinh vật có ích. Các thuốc trừ sâu thông dụng như Carbofuran, Phorate, aldicarb đã được thử nghiệm và cho thấy với liều lượng khuyến cáo sẽ khơng ảnh hưởng đến sự tổn tại và hoạt tính sinh học của vi sinh vật sử dụng làm phân bón vi sinh vật.
2.Dưỡng khống chứa P
Tùy từng loại phân bón vi sinh vật mà ảnh hưởng của lân đối với hiệu lực của nó nhiều hay ít. Photpho là thành phần của enzyme nitrogenaza – enzyem cố định nitơ. Thiếu lân trong giai đoạn dài sẽ ảnh hưởng đến sự sinh trưởng phát triển của vi khuẩn cũng như nốt sần và quá trình cố định nitơ. Kết quả nghiên cứu trên đất trồng lạc ở miền Bắc cho thấy, với liều lượng lân 50 - 80 kg
P2O5/ha năng suất lạc tăng 3 - 4 tạ/ha. Bón lân với lượng cao hơn, năng suất lạc không tăng thêm. Vi sinh vật phân giải lân có khả năng khống hóa lân hữu cơ
Tiểu luận cơng nghệ sản xuất phân bón TS.Nguyễn Liêu Ba
trồng, nghĩa là chỉ có tác dụng khi có sẵn nguồn lân vơ cơ hoặc hữu cơ trong đất. Sử dụng phối hợp vi sinh vật cố định nitơ, vi sinh vật chuyển hóa lân trên cơ sở có sẵn nguồn lân trong đất sẽ nâng cao hiệu lực của cả hai loại phân bón vi sinh vật này.
Ngồi các yếu tố dinh dưỡng đa lượng chính nêu trên, các nguyên tố trung lượng như Ca, Mg, S và vi lượng như Fe, Mo, Co, Ni ... cũng có nhiều ảnh
hưởng tích cực đến hoạt động của các vi sinh vật.