Bộ mỏy quản lý thu ngõn sỏch vừa là chủ thể chi phối cụng tỏc thu lại vừa chớnh là đối tượng của quỏ trỡnh quản lý. Bản thõn bộ mỏy quản lý thu ngõn sỏch Nhà nước cũng là đối tượng thụ hưởng, tiờu dựng nguồn tài chớnh huy động được. Vỡ thế, xỏc lập, tổ chức bộ mỏy quản lý thu ngõn sỏch phải vừa đảm bảo đạt kết quả cụng tỏc thu vừa phải gọn nhẹ, hợp lý.
Việc xõy dựng bộ mỏy quản lý thu ngõn sỏch Nhà nước phải căn cứ vào sự hỡnh thành cỏc cấp chớnh quyền và quỏ trỡnh thực hiện phõn cấp quản lý kinh tế xó hội của cỏc cơ quan Nhà nước. Quỏ trỡnh hỡnh thành hệ thống chớnh quyền cỏc cấp là một tất yếu khỏch quan của mọi thể chế chớnh trị, nhằm thực hiện cỏc chức năng, nhiệm vụ của Nhà nước trờn mọi vựng lónh thổ. Sự ra đời của hệ thống chớnh quyền nhiều cấp là tiền đề cần thiết xuất hiện hệ thống ngõn sỏch Nhà nước nhiều cấp. Phự hợp với mụ hỡnh tổ chức bộ mỏy quản lý Nhà nước Việt Nam, hệ thống ngõn sỏch nước ta gồm ngõn sỏch Trung ương và ngõn sỏch cỏc cấp chớnh quyền địa phương.
Để đảm bảo cụng tỏc thu đạt hiệu quả, tổ chức bộ mỏy phải đảm bảo một số những yờu cầu nhất định.
Thứ nhất, phải đảm bảo thống nhất, tập trung dõn chủ. Tức là phải làm sao để vừa phỏt huy được sức mạnh sỏng tạo của mọi cấp vừa đảm bảo thống nhất, tập trung nguồn tài lực quốc gia. Yờu cầu này đũi hỏi việc phõn chia trỏch nhiệm, quyền hạn trong quản lý thu ngõn sỏch phải rừ ràng, mang lại hiệu quả cao nhất. Chớnh quyền cỏc cấp cú trỏch nhiệm hướng dẫn, kiểm tra, giỏm sỏt, điều chỉnh, đảm bảo thực hiện nghiờm tỳc cỏc chớnh sỏch, chế độ thu ngõn sỏch.
Thứ hai, tổ chức bộ mỏy thu ngõn sỏch phải đảm bảo kết hợp quản lý theo ngành với quản lý theo địa phương và vựng lónh thổ, tức là phải phỏt huy tớnh tớch cực sỏng tạo của địa phương trờn cơ sở cú tớnh đến nột đặc trưng của từng
ngành. Những nột đặc thự của từng ngành, những điều kiện đặc trưng riờng của từng địa phương đũi hỏi phải cú sự khỏc biệt trong tổ chức nhất định, nhằm đạt hiệu quả thu cao nhất. Chuyờn mụn hoỏ theo ngành đảm bảo việc quản lý thu theo nguồn hỡnh thành phự hợp đặc điểm kinh tế, kỹ thuật của từng lĩnh vực. Tổ chức quản lý thu theo phõn cấp rừ ràng, hợp lý giữa cỏc cấp chớnh quyền đảm bảo phỏt huy tớnh tớch cực, chủ động, năng động, sỏng tạo của từng địa phương, đồng thời nõng cao hiệu quả thu nhờ hiểu biết, sỏt thực tỡnh hỡnh kinh tế trong phạm vi lónh thổ của địa phương đú. Ngồi ra, tổ chức thu tốt cũng cũn thể hiện ở việc nhiệm vụ và quyền hạn được giao phự hợp cho từng bộ phận. Điều này sẽ đảm bảo tớnh khả thi trong cụng tỏc thu ngõn sỏch.
Một cỏch thức tổ chức khoa học, sự phõn cấp quản lý, phõn cụng chức năng nhiệm vụ phự hợp giữa cỏc cơ quan làm nhiệm vụ thu sẽ là tiền đề đảm bảo hiệu quả cụng tỏc quản lý thu ngõn sỏch.