Quy định cơ chế “đặt hàng” nghiên cứu của Lãnh đạo thành phố và các tổ chức/cá nhân khác đối với nhà khoa học. Mặt khác, nhằm khuyến khích mọi thành phần kinh tế có khả năng tham gia nghiên cứu, ứng dụng KH&CN theo định hướng của thành phố nên quy định thêm hình thức “đăng ký thực hiện đề tài KH&CN” bằng các nguồn vốn ngoài ngân sách. “Cầu đề tài” có thể là Lãnh đạo thành phố, các sở/ban, ngành, quận/huyện và cá nhân/tổ chức trong thành phố. Sở KH&CN tiếp nhận đơn “đặt hàng”, thông báo và thực hiện tuyển chọn bên “Cung đề tài” theo nguyên tắc “đấu thầu”. Giải pháp “đặt hàng” đề tài giúp gắn kết chặt chẽ giữa nghiên cứu khoa học và thực tiễn, qua đó giúp Sở KH&CN chọn lọc, tập hợp tốt đội ngũ các nhà khoa học để giải đáp các câu hỏi bức xúc của thành phố.
Trong quá trình xác định đề tài nghiên cứu, cần huy động sự tham gia của các nhà khoa học, nhà quản lý, doanh nghiệp, tổ chức xã hội,…để đưa ra nhu cầu thực tiễn về nhiệm vụ KH&CN. Các sở/ngành, quận/huyện phải tự chủ và chịu trách nhiệm việc xác định nhiệm vụ KH&CN thuộc phạm vi được phân cơng. Các đề tài đề xuất phải có địa chỉ ứng dụng cụ thể. Khuyến khích hình thành các đề tài triển khai theo cơ chế "khép kín" từ khâu nghiên cứu, thử nghiệm, ứng dụng đến chuyển giao để tăng tính khoa học, tính khả thi của kết quả nghiên cứu.
Việc xây dựng kế hoạch nghiên cứu trước hết phải căn cứ vào Quy hoạch tổng thể phát triển KT-XH, Quy hoạch tổng thể phát triển ngành KH&CN và các Chương trình KH&CN trọng điểm của thành phố trong từng giai đoạn nhằm phục vụ thiết thực cho mục tiêu phát triển chung của thành phố. Việc này cần phải được hoàn thành sớm (Quý IV hàng năm phải có Quyết định của UBND thành phố phê duyệt Danh mục đề tài thực hiện cho năm kế tiếp) nhằm đảm bảo theo kịp niên độ ngân sách. Khi bố trí dự tốn kinh phí thực hiện cho các đề tài nghiên cứu phải dựa trên cơ sở danh mục đề tài đã được UBND thành phố phê duyệt. Có cơ chế bổ sung và cấp kinh phí dự phòng để thực hiện các đề tài phát sinh cấp thiết.
Đề tài KH&CN phải được xác định trên cơ sở ý kiến tư vấn của Hội đồng KH&CN do cấp có thẩm quyền quyết định thành lập. Linh động trong việc xác định đề tài nghiên cứu có thể thành lập Hội đồng tư vấn KH&CN hoặc mời chuyên gia độc lập tư vấn xác định đề tài hoặc Sở KH&CN trình lãnh đạo UBND thành phố trực tiếp xác định đề tài nghiên cứu (đối với đề tài cấp thiết).
Đối với hình thức đánh giá của chuyên gia độc lập nên cần nghiên cứu và phát triển rộng như nhận xét“Thực tế ở nước ta hiện nay đang cho thấy trong nhiều trường hợp, các
hội đồng tư vấn đã tỏ ra không đáp ứng được yêu cầu đánh giá một cách thẳng thắn, khách quan. Kinh nghiệm quốc tế cũng chỉ ra trong đánh giá đề cương nghiên cứu, tập thể một số nhà khoa học đôi khi không hiệu quả bằng những chuyên gia riêng lẻ”13.