Chương 2 : ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.4. Hóa chất, thiết bị và kỹ thuật làm xét nghiệm căn nguyên
2.4.1. Kỹ thuật PCR
- Bệnh phẩm: dịch não tủy, dịch nốt phỏng, dịch tỵ hầu, dịch ngoáy họng, dịch nội khí quản, máu.
- Nguyên lý - kỹ thuật PCR: PCR là một thử nghiệm nhằm khuếch đại chuỗi nucleic acid đích thành nhiều bản sao để sau đó có thể phát hiện được.
Trang thiết bị
Máy tách chiết DNA/RNA: Hệ thống máy tách chiết tự động MagNA Pure 2.0 (Roche), được trang bị cánh tay robot và thực hiện thao tác tự động nên tránh được hiện tượng nhiễm chéo.
Máy realtime PCR-ABI 7500 hoặc máy realtime PCR-ABI fast 7500 có block nhiệt cho 96 giếng phản ứng.
Tủ lạnh thường, tủ lạnh -800C bảo quản bệnh phẩm và -200C bảo quản sinh phẩm.
Hóa chất
Hóa chất tách chiết: Kit hóa chất tách chiết (MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit – High Performance) được cung cấp bởi Roche và được cung cấp theo máy.
Hóa chất chạy phản ứng realtime PCR: RT-PCR Master Mix 2X concentration của hãng Invitrogen.
Mẫu dò (Taqman probe): sử dụng một trình tự oligonucleotide đặc hiệu, gắn chất huỳnh quang), cùng với các primer.
Nước cất sử dụng cho phản ứng realtime PCR.
Thời gian ước tính cho việc chạy mẫu nằm trong khoảng 100-140 phút tùy thuộc vào từng loại máy realtime PCR.
Đọc kết quả xét nghiệm
Kết quả được đọc trực tiếp trên máy realtime PCR Dương tính: nếu tín hiệu phát sinh Ct < chu kỳ 38 Âm tính: nếu tín hiệu phát sinh Ct > chu kỳ 38
Giám sát
Các bước thực hiện được tiến hành theo qui trình và có sự giám sát của Trưởng khoa Sinh học phân tử các bệnh Nhiễm trùng, khoa Vi sinh Bệnh viện Nhi Trung ương.
Kiểm định
Phịng xét nghiệm hàng năm có tham gia chương trình ngoại kiểm của NRL EQAS của Australia.
Tiêu chuẩn phòng xét nghiệm
Phòng xét nghiệm Nghiên cứu sinh học phân tử đã đạt tiêu chuẩn ISO 15189 từ năm 2014.