Việc áp dụng thủ tục phân tích đợc dựa trên cơ sở mối quan hệ sẵn có của các chỉ tiêu số liệu, mối quan hệ này thờng xun và liên tục, khơng có mối quan hệ giữa các chỉ tiêu số liệu thì khơng áp dụng đợc phơng pháp phân tích. Sự hiện diện của các mối quan hệ nói trên sẽ cung cấp cho kiểm tốn các số liệu đợc hệ thống kế toán xử lý một cách đồng bộ, chuẩn xác và có giá trị. Tuy nhiên, độ tin cậy vào kết quả của phơng pháp phân tích cịn tuỳ thuộc vào sự đánh giá của kiểm toán viên về rủi ro mà trên thực tế phơng pháp phân tích có thể sai lầm nghiêm trọng do xác định sai các mối quan hệ.
Độ tin cậy của kiểm toán viên vào kết quả của phơng pháp phân tích cịn tùy thuộc vào các nhân tố sau:
Tính trọng yếu của các tài khoản hoặc loại nghiệp vụ (Ví dụ: Hàng tồn kho là trọng yếu thì khơng chỉ dừng lại ở quy trình phân tích mà cịn thực hiện một số thủ tục kiểm tra chi tiết khác trớc khi kết luận. Ngợc lại khoản mục nợ phải thu đợc coi là khơng trọng yếu thì có thể chỉ căn cứ vào kết quả phân tích để kết luận);
Các thủ tục kiểm tốn khác có cùng một mục tiêu kiểm tốn (Ví dụ: Thủ tục kiểm tra nghiệp vụ thu tiền sau ngày khoá sổ của các khoản phải thu sẽ khẳng định hoặc phủ nhận kết quả của quy trình phân tích nợ phải thu theo thời hạn);
Dự kiến độ chính xác của các kết quả sẽ thu đợc do áp dụng thủ tục phân tích (Ví dụ: Kiểm tốn viên thờng so sánh, phân tích tỷ lệ lãi gộp giữa năm nay với năm trớc hơn là so sánh các chi phí bất thờng giữa năm trớc với năm nay…);
Đánh giá rủi ro tiềm tàng và rủi ro kiểm sốt (Ví dụ: Nếu việc kiểm soát nội bộ của bộ phận bán hàng là yếu kém thì nên dựa vào kiểm tra chi tiết hơn là dựa vào quy trình phân tích…).