Tiến hành thanh tra thử nghiệm tại một số TCTD nước ngoài và liên doanh đã cho thấy những ưu điểm của phương pháp thanh tra mới, qua đó đã phát hiện được những tồn tại, sai phạm của tổ chức tuy chưa có TCTD nào để xảy ra sai phạm nghiêm trọng; Sau thanh tra đã có những kiến nghị và biện pháp xử lý, chỉnh sửa kịp thời đối với các sai phạm của TCTD, đồng thời đưa ra dự báo về nguy cơ xảy ra rủi ro trong hoạt động của TCTD.
Bên cạnh những kết quả đã đạt được, phương pháp thanh tra tiên tiến khi áp dụng vào Việt Nam, mặc dù bước đầu là sự kết hợp giữa thanh tra tuân thủ và thanh tra trên cơ sở rủi ro song đã bộc lộ một số hạn chế nhất định.
+ Các văn bản, chế độ, chính sách áp dụng trong thanh tra đôi khi còn chưa phù hợp, các quy định của Nhà nước, quy định của ngành và quy định nội bộ có khi còn chồng chéo, chưa thực sự chặt chẽ. Bên cạnh đó, phạm vi thanh tra rộng, thời gian tiến hành thanh tra chưa được ước lượng để phù hợp với các nội dung thanh tra.
thanh tra có hiệu quả như là: cơ chế chính sách, nhân lực tham gia đoàn thanh tra, sự hợp tác của đối tượng thanh tra ..v..v. Trong đó, nguồn nhân lực và cơ chế chính sách là hai yếu tố quan trọng nhất. Khi tiến hành thanh tra thử nghiệm, nguồn nhân lực được đào tạo theo phương pháp thanh tra trên cơ sở rủi ro còn thiếu, chưa có nhiều kinh nghiệm để đánh giá, nhận xét về TCTD, về rủi ro…
Một khó khăn nữa khi tiến hành thanh tra trên cơ sở rủi ro: Thanh tra ngân hàng phải tiến hành thanh tra hợp nhất, tuy nhiên với mô hình tổ chức phân tán, việc phân cấp ủy quyền các NHNN Chi nhánh thực hiện thanh tra, giám sát các TCTD trên địa bàn quản lý dẫn đến những khó khăn trong thanh tra toàn diện TCTD và triển khai Thanh tra, giám sát trên cơ sở rủi ro: hầu hết các NHTM hoạt động trên phạm vi toàn quốc với mạng lưới chi nhánh rộng khắp và đang có xu hướng tập trung hóa điều hành kinh doanh và quản trị rủi ro. Vì vậy, mô hình tổ chức bộ máy, phương pháp chỉ đạo và cơ chế thực thi thanh tra chưa phù hợp; việc thanh tra định kỳ các chi nhánh của TCTD chưa đem lại hiệu quả cao và chưa phù hợp với yêu cầu thanh tra trên cơ sở rủi ro. Mặt khác, Thanh tra NHNN gặp nhiều khó khăn trong việc tổ chức, chỉ đạo, điều phối hoạt động thanh tra, giám sát của Thanh tra chi nhánh.
+ Về quy trình thanh tra:
- Hiểu biết về NHTM để đưa ra dự báo rủi ro một cách chính xác là không thể, mặc dù những nhận định về tình hình của các NHTM chủ yếu căn cứ trên các báo cáo của NHTM, tuy nhiên những báo cáo này không phải lúc nào cũng phản ánh trung thực tất cả diễn biến, hoàn cảnh nội tại của NHTM. Do đó, khi tìm hiểu về NHTM có thể xảy ra những sự hiểu lầm.
Khi đưa ra những đánh giá về rủi ro của một lĩnh vực hoạt động nào đó của NHTM cũng gặp rất nhiều khó khăn. Sở dĩ như vậy là một rủi ro có thể lớn đối với NHTM này, nhưng lại không lớn khi xếp chúng vào hệ thống.
Việc sắp xếp để đặt ra một thứ tự ưu tiên là không hề đơn giản, hơn nữa không phải tất cả các rủi ro đều có thể tính bằng phương pháp định lượng, có những rủi ro chỉ mang tính định tính.
Hơn nữa, việc tiến hành tìm hiểu về TCTD để đưa ra các nhận định, đánh giá về TCTD và các rủi ro mà TCTD có nguy cơ gặp phải mất khá nhiều thời gian, trong khi số lượng các TCTD cần thanh tra lớn.
Việc đánh giá về quy trình quản lý rủi ro của TCTD gặp phải rất nhiều khó khăn, do trước đây chưa có cuộc thanh tra trên cơ sở rủi ro nào được tiến hành do đây mới chỉ là cuộc thanh tra thử nghiệm. Khi các thanh tra viên quen thuộc hơn với khái niệm về quản lý rủi ro và quy trình quản lý rủi ro thì việc đánh giá mỗi loại rủi ro sẽ trở nên dễ dàng hơn.
- Lập kế hoạch thanh tra đối với mỗi NHTM dựa trên những đánh giá về rủi ro trong bước 1, xác định những vấn đề trọng yếu cần quan tâm để tiến hành thanh tra tương xứng với nguồn nhân lực. Tuy nhiên, rủi ro tại thời điểm đánh giá là rất quan trọng, nhưng đến thời điểm tiến hành thanh tra có thể do ảnh hưởng thay đổi của các yếu tố có liên quan sẽ làm thay đổi tầm quan trọng của rủi ro cần chú ý.
- Công tác thành lập Đoàn thanh tra và chuẩn bị kế hoạch thanh tra cũng gặp phải những khó khăn: việc lựa chọn các thành viên tham gia Đoàn cần phù hợp, đôi khi đội ngũ thanh tra chưa đủ để bổ sung cho lực lượng này, hơn nữa các cán bộ này cần hiểu biết về thanh tra trên cơ sở rủi ro.
- Khi tiến hành thanh tra tại chỗ: các công việc cụ thể cần thực hiện được áp dụng riêng cho từng loại rủi ro, nhưng các loại rủi ro lại có mối quan hệ và tác động qua lại với nhau. Các yếu tố ảnh hưởng đến nhiều loại rủi ro cùng lúc, khi xảy ra một rủi ro có thể kéo theo rủi ro hệ thống. Thanh tra tại chỗ được tiến hành dựa trên kế hoạch đã được lập trước đó cho những loại rủi ro được dự báo và đánh giá, do vậy trong quá trình Đoàn thanh tra tiến hành
thanh tra tại chỗ nếu xảy ra biến động ảnh hưởng đến các loại rủi ro khác thì nằm ngoài kế hoạch thanh tra.
- Khi đưa ra Kết luận thanh tra và các biện pháp sửa chữa:
Kết luận thanh tra được ký bởi người ra Quyết định thanh tra, do đó người ban hành Kết luận thanh tra sẽ không trực tiếp tham gia vào cuộc thanh tra. Diễn biến và tình hình thực tế mặc dù được phản ánh trong Báo cáo thanh tra nhưng nếu không tham gia trực tiếp thì người ra Kết luận thanh tra sẽ không thể bao quát được hết vấn đề. Đoàn thanh tra sẽ có những ý kiến đề xuất trong Báo cáo thanh tra, người ký Kết luận thanh tra sẽ dựa vào đó để đưa ra những đề xuất, kiến nghị trong Kết luận. Hơn nữa, người ký Kết luận thanh tra cần nghiên cứu về các tài liệu, hồ sơ do Đoàn thanh tra cung cấp để ký Kết luận, do đó thời gian để ban hành Kết luận thanh tra tương đối dài. Do vậy, vấn đề đôn đốc các TCTD thực hiện kiến nghị, đề xuất, các biện pháp chỉnh sửa đôi khi không còn mang tính thời sự, mà rủi ro thì xảy ra hàng ngày, hàng giờ.
- Giám sát TCTD thực hiện chấn chỉnh sau thanh tra: vẫn còn mang tính hình thức. Bằng các công văn chỉ đạo TCTD thực hiện, giám sát việc chỉnh sửa, khắc phục và yêu cầu báo cáo bằng văn bản cho Cơ quan TTGSNH. Tuy nhiên vẫn chưa có biện pháp cụ thể và thực sự hữu hiệu để xử lý công tác thực hiện chấn chỉnh sau thanh tra.
+ Việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của thanh tra có nhiều hạn chế: do hoạt động thanh tra mang tính nhạy cảm cao, có phần phụ thuộc vào đối tượng thanh tra. Nếu đối tượng thanh tra không tạo điều kiện thuận lợi thì thanh tra cũng không thể phát huy hết được chức năng và nhiệm vụ của mình.
+ Tính công khai, minh bạch về thông tin của các TCTD còn hạn chế; đây cũng là hạn chế chung của hệ thống ngân hàng Việt Nam. Việc công khai,
minh bạch về thông tin của TCTD chưa được thực hiện nghiêm túc, một số TCTD công bố về các con số của tổ chức mình còn khá dè dặt.