Mặc dù đã đạt đuợc nhiều kết quả và thành tựu trong hoạt động kinh doanh nhập khẩu. Song, Cơng ty vẫn gặp một số khó khăn sau:
- Một số vấn đề còn tồn tại trong hoạt động nhập khẩu: nhƣ thời gian giao hàng giữa ngƣời xuất khẩu và Công ty không khớp, hay nhƣ một số hạn chế trong khâu thanh tốn...dẫn đến sự lãng phí trong chi phí lƣu kho, lƣu bãi… Những hạn chế này đều dẫn đến sự lãng phí, tăng chi phí nhập khẩu của Cơng ty, đồng thời cũng làm cho hoạt động kinh doanh nhập khẩu của Cơng ty thiếu đồng bộ, có thể dẫn đến đình trệ hay mất uy tín với khách hàng.
- Sự phối hợp giữa Công ty và các đơn vị chức năng của Nhà nước chưa thống nhất. Khó khăn lớn nhất đó là Cơng ty gặp khó khăn về các thủ
tục hành chính. Ví dụ nhƣ: việc cấp Giấy phép XNK, thủ tục hải quan chậm trễ... làm ảnh hƣởng đến việc xuất nhập khẩu không kịp thời của Công ty. Hay nhƣ việc thay đổi quá nhiều và liên tục các thủ tục trong khoảng thời gian ngắn làm cho định hƣớng kinh doanh của Cơng ty gặp nhiều khó khăn.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng nhập khẩu, Cơng ty vẫn cịn bị động về thời gian nhận hàng do nhiều yếu tố khách quan là phải qua những
bƣớc thủ tục hay vận chuyển trong thời gian dài (15 - 20 ngày với thị trƣờng gần) nên nhiều khi ảnh hƣởng đến kết quả cũng nhƣ hiệu quả kinh doanh.
- Thị trường tiêu thụ của Cơng ty cịn nằm rải rác: Hiện nay, khách
hàng của Cơng ty có trên khắp các tỉnh thành tồn quốc. Trong khi đó, Cơng ty chỉ có trụ sở chính đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh và một chi nhánh Công ty đƣợc đặt tại Hà Nội. Điều này gây khó khăn trong việc quản lý hàng tiêu thụ. Bên cạnh đó, các hoạt động chăm sóc khách hàng đều do các nhân viên tại Công ty hoặc chi nhánh trực tiếp đảm nhiệm nên chi phí kinh doanh tại các tỉnh, thành này đều khá cao do phải chịu chi phí đi lại, chi phí sinh hoạt.