Theo đánh giá chung thì hiện nay, hệ thống thuế của nƣớc ta có nhiều vấn đề bất cập cần xem xét. Chúng ta chủ yếu tiến hành đánh thuế tuyệt đối theo tỷ lệ phần trăm (%) đối với tổng giá trị hàng hố tính theo giá CIF. Máy móc, thiết bị mà Cơng ty nhập khẩu thuờng có giá trị lớn, vì thế theo
cách tính thuế trên thì mức thuế mà Cơng ty phải nộp là rất lớn. Hiện nay, một số các thiết bị phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu đã đƣợc miễn thuế và nhà nƣớc chỉ đánh thuế với các thiết bị chính với thế suất ƣu đãi, nhƣng vẫn còn những vấn đề đặt ra: Các Công ty liên doanh đƣợc quyền nhập khẩu thiết bị với thuế suất 0% trong khi Công ty vẫn phải chịu thuế. Điều này không tạo đƣợc sự cạnh tranh lành mạnh trên thị trƣờng. Nhà nƣớc cần điều chỉnh để tạo đƣợc sự công bằng trong kinh doanh.
Thuế nhập khẩu chỉ làm hạn chế việc nhập khẩu máy móc, thiết bị và làm tăng nguồn thu ngân sách nhà nuớc, mà khơng có ý nghĩa bảo hộ sản xuất trong nƣớc do máy móc, thiết bị là loại hàng hố mà nƣớc ta không sản xuất đƣợc. Biểu thuế của nƣớc ta vừa đơn giản, vừa phức tạp. Trừ những hàng hóa nhập từ các nuớc trong khu vực ASEAN, hàng hóa của các quốc gia cịn lại khi nhập khẩu vào Việt Nam có mức thuế suất từ 0% đến 100%. Biểu thuế cũng chỉ rõ mức thuế với từng mặt hàng cụ thể, nhƣng lại không kê khai đầy đủ đƣợc các chủng loại khác nhau. Chính điều này gây khó khăn cho cán bộ của Công ty khi nhập khẩu những thiết bị khơng xác định đƣợc nó nằm vào nhóm nào để tính thuế. Vì vậy, Nhà nƣớc cần lựa chọn đƣa ra một biểu thuế đối với từng nhóm hàng chung hay xây dựng biểu thuế chi tiết với tất cả các loại vật tƣ nguyên liệu hay thiết bị cụ thể.
Xu hƣớng giảm thuế quan đang đƣợc thực hiện rộng rãi trên khắp thế giới để khuyến khích trao đổi giữa các nƣớc. Mặt khác, đây cũng là yêu cầu bắt buộc để tham gia vào tổ chức thƣơng mại thế giới WTO hay tham gia vào khu vực mậu dịch tự do của khu vực ASEAN (AFTA). Chúng ta dự định từ nay đến năm 2010 sẽ cắt giảm thuế suất còn từ 0 đến 5% với hàng hoá từ các nƣớc ASEAN. Tóm lại, từ những vấn đề này Nhà nƣớc
cần nghiên cứu để sửa đổi thuế xuất nhập khẩu cho phù hợp để tạo điều kiện cho Công ty thực hiện tốt việc nhập khẩu máy móc thiết bị trong thời gian tới.