Có thể nói, thủ tục hải quan hiện nay đã được đơn giản hóa so với trước, cụ thể là quy trình giải quyết thủ tục hải quan được đổi mới theo hướng đơn giản hóa, loại bỏ bớt khâu trung gian. Hồ sơ hải quan đã được đơn giản hóa, giảm từ 8 loại giấy tờ đối với lô hàng XK xuống còn 4 loại giấy tờ và từ 14 loại giấy tờ đối với lơ hàng NK xuống cịn 10 loại giấy tờ, và được luân chuyển theo một quy trình thủ tục, tạo thuận lợi và giảm chi phí cho doanh nghiệp. Đặc biệt, việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử, khai hải quan từ xa qua mạng là một bước đột phá trong cải cách thủ tục hải quan, làm giảm đáng kể số lượng giấy tờ phải có trong hồ sơ hải quan. Đây là một phương thức hiện đại được triển khai chính thức từ 1/1/2013 nhằm giúp ngành Hải quan nâng cao trình độ nghiệp vụ và góp
Hiện nay, thủ tục hải quan điện tử đã được áp dụng cho hầu hết các loại hình XNK. Số doanh nghiệp tham gia thực hiện là 28.948, chiếm 92,88% số doanh nghiệp đang thực hiện hoạt động XNK trên phạm vi cả nước. Theo quy định tại Nghị định số 87/2012/NĐ- CP của Chính phủ ngày 23/10/2012 “Quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa XK, NK thương mại”, doanh nghiệp có thể thực hiện khai hải quan điện tử 24 giờ trong ngày, 7 ngày trong tuần. Điều này khuyến khích các doanh nghiệp chủ động khai báo vì khơng bị giới hạn về khơng gian, thời gian và địa điểm. Nhờ có những cải cách về thủ tục hải quan, doanh nghiệp giảm được chi phí và thời gian thơng quan được rút ngắn hơn; doanh nghiệp tiếp xúc với cán bộ hải quan ít hơn; hạn chế được phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực trong quá trình thực hiện. Ngành dệt may thực hiện nhiều hoạt động XNK, do đó cải cách thủ tục hải quan đã tạo thuận lợi, giảm chi phí và thời gian cho các doanh nghiệp dệt may. Tuy đã đạt được những kết quả tích cực từ cải cách thủ tục hải quan, song ngành hải quan vẫn còn nhiều tồn tại và doanh nghiệp vẫn còn nhiều vướng mắc. Việc phối hợp giữa cơ quan Hải quan với các cơ quan chức năng (như giao thông vận tải, cơng thương,…) chưa chặt chẽ. Đặc biệt, chưa có sự thống nhất, chuẩn hóa về tiêu chuẩn kỹ thuật, hệ thống hạ tầng quản lý công nghệ thông tin và cơ sở hạ tầng tại các cửa khẩu đường bộ, cảng biển, cảng hàng không dẫn đến việc quản lý doanh nghiệp XK, NK của mỗi ngành là khác nhau.
Vẫn còn những vướng mắc về nghiệp vụ trong việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử như thời gian thực hiện; mẫu tờ khai hải quan điện tử in; quy trình quản lí hàng hóa chuyển cửa khẩu; quy trình phúc tập hồ sơ; vấn đề giám sát đối với hàng hóa thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Do mới áp dụng chính thức từ 1/2013 nên mặc dù thủ tục này có ý nghĩa thiết thực, giảm chi phí thời gian cho doanh nghiệp XNK, trong đó có doanh nghiệp dệt may, song do cịn một số vướng mắc về nghiệp vụ của ngành hải quan và bản thân doanh nghiệp chưa thành thạo với việc đăng ký hải quan điện tử nên nhiều doanh nghiệp vẫn còn bối rối khi thực hiện. Trong thời gian tới, với việc tiếp tục cải cách thủ tục hải quan cũng như hoàn thiện và nâng cấp cơ sở hạ tầng phục vụ hoạt động hải quan, các doanh nghiệp dệt may Việt Nam sẽ thuận lợi hơn trong việc thực hiện các hoạt động XNK, và do vậy khuyến khích các doanh nghiệp tham gia vào ngành này cũng như hội nhập sâu hơn vào thị trường dệt may thế giới.