Phần 4 Kết quả nghiên cứu và thả olu ận
4.2. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của PCV2
4.2.2. Phân loại genotype PCV2 lưu hàn hở Việt Nam
Để có cơ sở đối chiếu và so sánh, nghiên cứu này cũng thu thập và phân
tích trình tự gen PCV2 của Việt Nam đã được công bố trước đây, chúng tơi sử dụng các trình tự gen của 20 tỉnh, thành phố đã được công bố đại diện cho cả ba miền Bắc – Trung – Nam, bao gồm trình tự gen của các tỉnh được xác định trong nghiên cứu này (hình 4.5).
Đề tài này đã giải trình tự gen PCV2 thu thập tại 8 tỉnh bao gồm: Hà Nội, Hịa Bình, Hưng n, Hải
Phịng, Quảng Trị, Bình Dương, Tiền Giang và Vĩnh Long. Các trình tự gen thừa hưởng từ các nghiên cứu trước đây được thu thập tại 12 tỉnh bao gồm: Bắc Giang, Bắc Ninh, Yên Bái, Phú Thọ, Vĩnh Phúc,
Thái Ngun, Hải Dương, Hà Nam, Ninh Bình, Thanh Hóa, Gia Lai và Bạc Liêu.
Hình 4.5. Sơ đồđính kèm đánh dấu 20 tỉnh có trình tựđược phân tích
Hình 4.6 trình kết quả phân loại genotype PCV2 lưu hành ở Việt Nam dựa
trên cơ sở dữ liệu gồm 64 trình tự thu thập ở Việt Nam từ 2004 đến 2017 (phụ
Ghi chú: Để dễ quan sát, các vị trí có chủng PCV2 phân lập ở Việt Nam được đánh dấu bằng màu xanh, đi kèm năm phân lập. Giá trị bootstrap ở mỗi nút (node) được hiển thị cho cách phân nhánh chính. Trình
tự gen ORF2 của PCV1 được dùng làm outgroup.
Dựa vào đặc điểm phân nhánh của cây phát sinh chủng loại, có thể nhận thấy PCV2 lưu hành ở Việt Nam từ năm 2004 đến năm 2017 chỉ thuộc genotype PCV2b và PCV2d, khơng có chủng phân lập nào thuộc genotype PCV2a. Kết quả này phù hợp với kết quả của nhiều nghiên cứu trước đây về sự lưu hành của PCV2 ở Việt Nam. Nghiên cứu xác định genotype PCV2 ở đàn lợn nuôi tại Việt
Nam bằng phương pháp PCR (Huỳnh Thị Mỹ Lệ và cs., 2012b), trong đó 100%
số chủng PCV2 lưu hành ở đàn lợn nuôi tại Hà Nội, Hịa Bình, Bắc Giang và Hải
Dương đều thuộc genotype PCV2b. Bằng phương pháp phân tích trình tự gen, 10
chủng PCV2 phân lập tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong năm 2013-2014
đều được xác định thuộc genotype PCV2b (nhánh 1A/1B, nhóm tái tổ hợp
(CRF)) và genotype PCV2d (Huỳnh Thị Mỹ Lệ và cs., 2015). Ở miền Nam,
Nguyễn Ngọc Hải và cs. (2013) ghi nhận các chủng PCV2 thu nhận tại tỉnh Đồng Nai và TP. Hồ Chí Minh chủ yếu là 2 kiểu gen PCV2b và PCV2d. Gần đây nhất,
kết quả phân tích gen ORF2 của 48 chủng PCV2 thu thập từnăm 2007 đến 2016
tại 13 tỉnh/ thành phía Nam cho thấy: genotype PCV2b chiếm 50,00%, genotype PCV2d chiếm 33,33% và nhóm tái tổ hợp chiếm 16,67%, khơng có chủng PCV2 nào được xếp vào genotype PCV2a (Lê Thị Thu Phương và cs., 2018).
PCV2 là một virus đa genotype (Olvera et al., 2007), có mặt ở hầu hết
các nước chăn nuôi lợn trên thế giới (Opriessnig et al., 2007). Sự phân bố của
các genotype ở mỗi nước là khơng đồng đều và khơng mang tính quy luật. Ví dụ, ở khu vực châu Á, các nước như Trung Quốc (Liu et al., 2016; Zhai et al.,
2014), Nhật Bản (Takahagi et al., 2008), Hàn Quốc (Nguyen et al., 2012, Seo
et al., 2014), Ấn Độ (Anoopraj et al., 2015), v.v... đều có sự lưu hành của
genotype 2a (bên cạnh genotype 2b và 2d). Đối với genotype PCV2a và PCV2b, các nhà khoa học đã phát hiện được sự chuyển dịch genotype lưu hành phổ biến (genotypic shift) từ PCV2a sang PCV2b diễn ra ở Tây Ban Nha (Cortey et al.,
2011). Ngược lại, một số nước như Thái Lan (Jantafong et al., 2011),
Malaysia (Jaganathan et al., 2011), v.v... chỉ thấy genotype 2b và 2d.
Ở một khía cạnh khác, khi phân tích motif đặc trưng genotype của capsid
protein (Cheung et al., 2007), 64 chủng PCV2 lưu hành ở Việt Nam kể trên đều không mang motif 86-TNKISI-91 của PCV2a (bảng 4.5). Phần lớn trình tự motif của genotype PCV2b của Việt Nam là 86-SNPLTV-91 (47/64 trình tự), sai khác
so với trình tự 86-SNPRSV-91 thường gặp của genotype PCV2b trên thế giới.
Bảng 4.5. Motif đặc trưng genotype của PCV2 lưu hành ở Việt Nam
Năm Trình tự amino acid 86 - 91 của capsid protein
TNPRSV SNPLSV SNPLTV SNPRSV 2004 0 0 2 0 2008 0 0 3 0 2009 1 0 5 0 2010 0 0 3 0 2011 0 2 12 6 2012 0 0 4 1 2013 0 0 4 1 2014 0 0 8 1 2015 0 0 6 0 2016 0 0 1 3 2017 0 0 1 0
Ghi chú: chữ số trong bảng là số chủng PCV2 ở mỗi năm phân lập có motif đặc trưng tương ứng
Như vậy, kết quả phân tích cây phát sinh chủng loại và trình tự motif đặc
hiệu capsid protein của PCV2, kết quả phân loại trong nghiên cứu này và của một số nghiên cứu khác (Huynh et al., 2014, Huỳnh Thị Mỹ Lệ và cs., 2015) cho thấy sự thiếu chính xác của cơ sở dữ liệu trình tự gen ORF2 công bố bởi Franzo và cộng sự (Franzo et al., 2016). Theo đó, nhóm tác giả trên đã xếp 23 chủng PCV2 của Việt Nam (mã số Genbank từ JQ181586- JQ181607, JX099780- JX099785 và JX506730) thuộc genotype PCV2a. Đặc điểm lưu hành genotype PCV2 ở Việt Nam được biết trong nghiên cứu này và một số nghiên cứu tương tự (Huỳnh Thị
Mỹ Lệ và cs., 2015) do đó góp phần làm rõ hơn sự phân bố của các genotype
PCV2 trong khu vực và trên thế giới.