Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b lưu hàn hở Việt Nam

Phần 4 Kết quả nghiên cứu và thả olu ận

4.2. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của PCV2

4.2.5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b lưu hàn hở Việt Nam

Trong một nghiên cứu công bố năm 2013, đặc điểm dịch tễ học phân tử của

nhóm tái tổ hợp thuộc genotype PCV2b lưu hành ở Việt Nam đã được mơ tả.

Cho đến nay chưa có thêm nghiên cứu nào về đặc điểm dịch tễ học phân tử của

genotype PCV2b. Trong nghiên cứu này, đặc điểm dịch tễ học phân tử của genotype PCV2b lưu hành ở nước ta đã được phân tích cùng với các chủng tham chiếu trên thế giới (phụ lục 5) nhằm tìm hiểu về nguồn gốc phát sinh của genotype PCV2b lưu hành ở Việt Nam. Kết quả được trình bày ở hình 4.9.

Trong phương pháp phân loại dựa vào cây phát sinh chủng loại, khi số lượng trình tự gen dùng phân tích càng lớn, sự chia nhánh của cây phát sinh

chủng loại càng chính xác. Do vậy, đặc điểm dịch tễ học theo không gian của PCV2b đã được phân tích trên cơ sở dữ liệu lớn gồm 617 trình tự gen ORF2 thu thập của 3 trung tâm chăn nuôi lợn lớn trên thế giới là châu Âu (17 nước), châu

Mỹ (5 nước) và châu Á- châu Úc (8 nước). Mặc dù cơ sở dữ liệu bao gồm 30

nước, trong phân tích này chỉ có Pháp và Trung Quốc được dự đốn đóng vai

trị là nguồn gốc phát sinh của các chủng virus thuộc genotype PCV2b lưu hành

trên thế giới. Trong đó, các chủng PCV2b lưu hành ở Pháp được dự đoán là

nguồn gốc của PCV2b lưu hành ở Trung Quốc. Kết quả dự đoán các chủng

PCV2b lưu hành ở Pháp là nguồn gốc chung đầu tiên của genotype PCV2b lưu

hành trên thế giới đã được biết tới trong một nghiên cứu công bố năm 2009

(Firth et al., 2009). Trong một nghiên cứu về con đường phát tán của PCV2

giữa các nước chăn nuôi lợn trên thế giới, tác giả Vidigal et al. (2012) đã cho

thấy có mối tương quan chặt về hướng lây lan PCV2 giữa các nước và hoạt

động buôn bán lợn sống. Đường phát tán chính của PCV2 được dự đoán bắt

Ghi chú: Cây phát sinh chủng loại với các nhánh được đánh dấu bằng màu tương ứng với quốc gia được dự đoán. Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.9. Kết quả phân tích sự phát tán theo khơng gian và thời gian

của genotype PCV2b giữa các nước Trung Qu?c Pháp Nhánh 1 Nhánh 2 69

Kết quả phân tích trình bày ở hình 4.9 cịn dự đốn mặc dù PCV2b lưu hành

ở Pháp là nguồn gốc tiên phát của các chủng virus thuộc nhóm này trên thế giới, nhưng các chủng PCV2b lưu hành ở Trung Quốc (nhánh màu tím, hình 4.9) mới

là nguồn gốc trực tiếp của PCV2b lưu hành tại nhiều quốc gia trên thế giới (trong

đó có Việt Nam). Đối với các chủng PCV2b lưu hành ở Việt Nam, phần lớn các

chủng (34/39 chủng) được dự đoán bắt nguồn từ virus lưu hành ở Trung Quốc.

Kết quả phân tích trên là khác so với nhận xét của một nghiên cứu trước đây,

trong đó dựa vào hoạt động bn bán lợn và thịt lợn tác giả Vidigal et al. (2012) đã dự đoán PCV2 xuất phát từ Trung Quốc phát tán chủ yếu tới các nước trong

khu vực. Tuy nhiên, trong một nghiên cứu về sự lưu hành PCV2 ở Italy, các

chủng virus lưu hành ở Trung Quốc cũng được dự đoán là một trong những

nguồn gốc của PCV2 tại Italy mặc dù hầu như khơng có hoạt động buôn bán lợn sống giữa hai nước (Franzo et al., 2015). Do đó, ngồi con đường bn bán lợn

sống, có thể cịn nhiều con đường khác dẫn tới sự phát tán của PCV2 giữa các

quốc gia.

Kết quả phân tích cụ thể các nhánh chính dẫn tới chủng virus thuộc genotype PCV2b lưu hành ở nước ta được trình bày ở hình 4.10. Kết quả nghiên cứu của Huỳnh Thị Mỹ Lệ và cs. (2015) cho thấy mối liên hệ giữa các genotype của 40 chủng PCV2 thuộc genotype PCV2b. Trong genotype PCV2b này đều

phát hiện được sự lưu hành của cluster 1C (4 chủng), cluster 1A/1B (8 chủng).

Đáng chú ý 28/40 chủng thuộc về nhóm tái tổ hợp được phát hiện lưu hành ở

Trung Quốc. Các chủng PCV2 thuộc nhóm tái tổ hợp trong nghiên cứu này thu

thập được ở các tỉnh khác nhau của miền Bắc. Tuy nhiên, dựa vào kết quả so

sánh với mẫu hồi cứu thu thập trước đây (năm 2009, 2010) cho thấy các nhóm tái tổ hợp này có mặt trong đàn lợn nuôi ở Việt Nam trước đây.

PCV2b thuộc nhánh 1 là nhóm di truyền có nhiều chủng PCV2 thực địa lưu hành ở Việt Nam nhiều nhất. Các chủng này được dự đoán bắt nguồn trực tiếp từ chủng virus lưu hành ở Trung Quốc (hình 4.10). Trong đó, kết quả phân tích dự

đốn có ít nhất 2 đợt xâm nhập vào nước ta: đợt 1 vào khoảng năm 1992 và đợt 2

vào khoảng năm 2002 (hình 4.10). Các chủng này sau khi xâm nhập vào nước ta

đã tiếp tục lưu hành và và có thể đã tạo thành nhánh riêng biệt của Việt Nam và

Trung Quốc Trung Quốc

Trung Quốc

Ghi chú: Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.10. Sự phát tán theo không gian và thời gian của chủng PCV2b

Ngoài các chủng PCV2 thuộc nhánh 1, chỉ quan sát được một số chủng virus lưu hành ở Việt Nam thuộc các nhánh cịn lại (hình 4.11).

Hàn Quốc Trung Quốc

Ghi chú: Các chủng của Việt Nam được đánh dấu màu xanh

Hình 4.11. Sự phát tán theo khơng gian và thời gian của chủng PCV2b

Kết quả phân tích vẫn dự đoán Trung Quốc là nguồn gốc của các chủng

virus này ở Việt Nam (hình 4.11). Tuy nhiên, có 2 chủng PCV2 phân lập năm

2009 được dự đốn có nguồn gốc từ Hàn Quốc. Lê Thị Thu Phương và cs (2018)

cũng đưa ra nhận xét các chủng PCV2 phân lập ở các phía Nam có mức tương

đồng khá cao với các chủng PCV2 ở Trung Quốc và Hàn Quốc.

Như vậy, với các kết quả phân tích trên cho thấy PCV2 thuộc genotype

PCV2b lưu hành ở Việt Nam có nguồn gốc từ Trung Quốc và Hàn Quốc. Các chủng virus này đã xâm nhập vào Việt Nam theo nhiều đợt khác nhau và chủng virus tổ tiên của chúng được dự đốn có mặt ở nước ta từ những năm 1991.