Dựa trên kết quả nghiên cứu này, tác giả đưa ra một số khuyến nghị như sau:
Thứ nhất, việc Việt Nam khơng cịn để phân bón trong danh mục hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5% là hợp lý vì giúp giảm gánh nặng thuế cho nơng dân, cải thiện công bằng cũng như phúc lợi xã hội; đồng thời phù hợp với định hướng bãi bỏ mức thuế suất 5% trong hệ thống thuế GTGT của chiến lược cải cách thuế và thông lệ thế giới về thuế áp dụng với vật tư đầu vào của ngành nơng nghiệp.
Thứ hai, Chính phủ nên lựa chọn phương án thuế suất thuế GTGT 0% thay vì khơng đánh thuế GTGT đối với phân bón để gia tăng mức độ cơng bằng và tính hiệu quả về mặt kinh tế, đặc biệt trong bối cảnh chính sách tăng cường sản xuất nội địa để thay thế nhập khẩu tiếp tục được theo đuổi. Lựa chọn như vậy cũng đảm bảo rút ngắn dần danh mục các hàng hóa, dịch vụ khơng chịu thuế GTGT như kinh nghiệm cải cách thuế của nhiều nước.
Thứ ba, Tổng cục Thuế cần tăng cường khả năng kiểm sốt tình trạng chiếm đoạt tiền hoàn thuế từ ngân sách Nhà nước của các doanh nghiệp khơng chân chính; bởi khi áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% với phân bón, số tiền hồn thuế khơng chỉ dừng lại ở thuế GTGT
đầu vào của tài sản cố định và của chi phí sản xuất, hoạt động ứng với sản lượng xuất khẩu mà cịn mở rộng ra đối với tồn bộ sản lượng tiêu thụ trong nước. Cụ thể để tăng hiệu quả kiểm soát, luật thuế nên quy định ngưỡng doanh thu hay sản lượng để được hoàn thuế GTGT thật cao sao cho chỉ các công ty sản xuất lớn ở đầu nguồn cung ứng và các công ty phân phối cấp vùng – miền mới đáp ứng được, nhờ đó ngành Thuế chỉ cần tập trung nhân lực vào soát xét các hồ sơ xin hồn thuế GTGT của khoảng trên dưới 30 cơng ty sản xuất, phân phối lớn nhất trong nước – có hệ thống chứng từ, sổ sách kế tốn rõ ràng và ít có động cơ khơng tn thủ. Đối với các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh nhỏ lẻ - vốn dĩ có số lượng lớn, khó kiểm sốt và nhiều động cơ không tuân thủ hơn, luật nên yêu cầu hạch toán thuế GTGT đầu vào vào chi phí nhưng cho hưởng ưu đãi thuế TNDN để dễ quản lý song vẫn đảm bảo công bằng so với các doanh nghiệp lớn.
Thứ tư, những kiến nghị của tác giả về chính sách thuế GTGT đối với phân bón nên được mở rộng ra áp dụng cho một số hàng hóa khác hiện đang chịu thuế GTGT 5% như nước sạch, thức ăn chăn nuôi, đường ăn – là những mặt hàng thiết yếu có số lượng các đầu mối sản xuất trong nước và nhập khẩu không nhiều.