Quan hệ giữa nhà nước và tôn giáo thực chất là mối quan hệ giữa Nhà nước với giáo hội, giữa thế quyền và thần quyền, giữa đạo và đời. Mối quan hệ đó đã trường tồn qua nhiều giai đoạn lịch sử, tuy nhiên vai trị vị trí của mối quan hệ đó cịn nhiều thay đổi.
Việc quản lý nhà nước đối với tôn giáo là một tất yếu. Hơn nữa, vấn đề quản lý nhà nước về tôn giáo ở nước ta nhằm mục đích đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng của quần chúng có đạo; chống lại mọi âm mưu thủ đoạn của địch LDTG để chống phá cách mạng. Thực hiện tốt việc quản lý Nhà nước đối với tơn giáo chính là đảm bảo cho những hoạt động tôn giáo diễn ra trong khuôn khổ pháp luật và việc thực hiện đúng chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước đối với tơn giáo.
- Quản lý nhà nước đối với tín đồ và chức sắc:
Đồng bào các tôn giáo là công dân nhưng là cơng dân có nét đặc thù riêng, là cơng dân có tín ngưỡng tơn giáo. Vì thế, ngồi nhu cầu về đời sống bình thường như mọi cơng dân khác, đồng bào cịn có một niềm tin tơn giáo rất thiêng liêng và gắn bó với niềm tin đó cả cuộc đời.
Nghị định 69, Nghị định 26, Pháp lệnh Tín ngưỡng, tơn giáo đã được tuyên truyền khá rộng rãi trong tín đồ, chức sắc, nhà tu hành. Do lợi ích thiết thân nên họ rất chú ý để tìm hiểu, coi đó là thành quả của cơng cuộc đổi mới, thể hiện chính sách tơn trọng tự do tín ngưỡng của Đảng và Nhà nước ta.
Chính quyền địa phương cho phép, tạo điều kiện với những tổ chức giáo hội có tư cách pháp nhân hoạt động một cách bình thường ở gia đình, nơi thờ tự cũng như trong cộng đồng tơn giáo. Đó là sự vận dụng phù hợp với nguyện vọng của đơng đảo đồng bào có đạo và thực tế tơn giáo trong những
năm đổi mới. Chức sắc, tu sĩ, các tín đồ tôn giáo được công khai sinh hoạt và thể hiện đức tin của mình, xố bớt mặc cảm, định kiến với Nhà nước; xây dựng tình đồn kết giúp nhau trong mọi mặt của đời sống xã hội.
Chính quyền tỉnh ln quan tâm, tạo điều kiện để chức sắc, tín đồ sinh hoạt tơn giáo bình thường, có nơi thờ tự, có kinh sách, đồ dùng việc đạo, có người hướng dẫn việc đạo. Nhiều nơi trong tỉnh cịn khó khăn về đời sống kinh tế, song bà con có nhu cầu tín ngưỡng chính đáng tu sửa, làm lại nơi thờ tự được chính quyền các cấp từ tỉnh đến cơ sở tạo điều kiện, hướng dẫn tu sửa, xây dựng lại. Thời gian qua có nhiều chùa, nhà thờ, nhà nguyện, được sửa chữa, xây dựng mới...
Ngồi ra, tín đồ các tơn giáo cịn học tập các chủ trương, chính sách khác của Đảng và Nhà nước để thực hiện tốt nghĩa vụ công dân. Các chủ trương, chính sách xố đói giảm nghèo, đền ơn đáp nghĩa, giúp nhau làm kinh tế gia đình được mọi người học tập và tham gia một cách bình đẳng.
Các hoạt động tơn giáo khơng bình thường hoặc đột xuất tuỳ theo nội dung, phạm vi và quy mơ tổ chức mà chính quyền các cấp hướng dẫn chức sắc, nhà tu hành xin phép cấp có thẩm quyền trước khi thực hiện. Chính quyền cịn cấp phép cho các chức sắc tổ chức hoạt động kinh tế, văn hoá - xã hội. Và thực tế, những hoạt động này đã góp phần xố đói giảm nghèo, chăm sóc sức khoẻ nhân dân, chăm sóc trẻ em mồ cơi, người tàn tật, người già không nơi tựa... Hàng năm, giáo hội các tôn giáo dành một phần ngân sách đáng kể cho các hoạt động như bắc cầu, khoan giếng nước, hỗ trợ gạo, mì tơm, quần áo, khám chữa bệnh miễn phí...
- Quản lý nhà nước trong việc thuyên chuyển, bổ nhiệm:
Chức sắc, tu sĩ tôn giáo trong những năm qua bước đầu đã thực hiện việc thuyên chuyển, phong chức, bổ nhiệm có nề nếp. Các cấp chính quyền đã xem xét xử lý nghiêm những trường hợp vi phạm trong việc "phong chức" của các chức sắc tôn giáo, xem xét và tạo điều kiện để giúp đỡ giáo hội phong
chức, tấn phong chức sắc, giáo sĩ đúng quy định, xét duyệt và tạo điều kiện thuận lợi cho chủng sinh đi học ở các trường, Học viện tôn giáo trong nước.
- Quản lý nhà nước đối với các hoạt động quốc tế của cá nhân và tổ chức tôn giáo:
Uỷ ban nhân dân tỉnh đã chỉ đạo các ngành liên quan (Công an, Ngoại vụ, Ban Tôn giáo) thực hiện đúng quy định chung của Nhà nước về hoạt động đối ngoại. Thường xuyên có sự phối hợp, nắm diễn biến tình hình từng đối tượng cũng như nhu cầu hoạt động tôn giáo của cá nhân, tổ chức. Quản lý chặt chẽ từng trường hợp trước khi đề xuất Trung ương giải quyết và cân nhắc lợi, hại cũng như thái độ chấp hành pháp luật của từng trường hợp.
Thời gian qua, UBND tỉnh đã giải quyết cho hàng nghìn giáo sĩ, tu sĩ được phép đi nước ngoài, với các lý do tu học, hội họp, thăm viếng, du lịch, chữa bệnh. Những trường hợp không đủ điều kiện, ta thuyết phục để họ rút lui. Đối với các đồn tơn giáo vào trong tỉnh, các ngành liên quan phối hợp chặt chẽ, bố trí cán bộ theo dõi nắm diễn biến hoạt động của họ. Xử lý linh hoạt những đồn ra, vào có tác dụng tốt, góp phần đập tan những luận điệu của một số phần tử lợi dụng tơn giáo ở nước ngồi vu khống ta "vi phạm nhân quyền", "vi phạm tự do tín ngưỡng", "đàn áp tơn giáo".
- Xử lý các đơn thư khiếu nại, tố cáo liên quan đến tôn giáo:
Những năm gây đây, tình hình khiếu nại, tố cáo ở Kiên Giang diễn ra rất phức tạp, nên khi có vấn đề là phải tập trung giải quyết tại chỗ, dứt điểm, đúng luật pháp, không để vụ việc kéo dài. Trong các vụ khiếu nại, tố cáo có liên quan đến tơn giáo, đáng chú ý nhất là vấn đề đất đai, do lịch sử để lại. Do vậy, chính quyền tỉnh rất quan tâm đến vấn đề này và quan điểm giải quyết là:
+ Cơ sở tôn giáo hiến tặng cho Nhà nước, hoặc do Nhà nước tịch thu, trưng dụng thì thuộc thẩm quyền Nhà nước.
+ Đất đai tơn giáo khơng có chứng cứ rõ ràng (khơng có văn bản mượn, hiến, tặng, tịch thu, trưng dụng) thì cần làm rõ.
+ Những cơ sở tơn giáo Nhà nước mượn, nay tơn giáo có nhu cầu địi lại thì sẽ trả lại.
Đặc biệt trong quá trình xử lý vi phạm phải hết sức thận trọng, tế nhị, có lý có tình. Nếu cần thiết phải xin ý kiến chỉ đạo của Trung ương. Trong giải quyết khiếu nại, tố cáo tuyệt đối không để trở thành "điểm nóng". Nếu
xảy ra “điểm nóng” thì phải giải quyết nhanh gọn khơng để lây lan ra diện rộng. Khi giải quyết "điểm nóng" cần: nhận thức rõ bản chất điểm nóng, ở đó có vấn đề mâu thuẫn địch - ta hay chỉ là mâu thuẫn trong nội bộ nhân dân; xem xét việc thực hiện chính sách có đúng khơng; làm tốt công tác vận dụng quần chúng thực hiện việc lấy tôn giáo để giải quyết tôn giáo.
- Thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong việc xử lý vi phạm và lợi dụng tơn giáo.
Chính quyền địa phương đã chú trọng xem xét, xử lý các hoạt động vi phạm pháp luật các tổ chức, cá nhân của giáo hội cơ sở, khắc phục việc hình thành ban hành giáo "chui". Đấu tranh có kết quả đối với những trường hợp tự động về một số chùa làm trụ trì mà khơng có sự đồng ý của chính quyền; đấu tranh nhắc nhở việc điều chuyển, đi hoạt động mục vụ không thông báo của chức sắc, tu sĩ các tôn giáo. Xử lý việc xây, sửa nơi thờ tự, dựng tượng... không xin phép hoặc làm sai nội dung chính quyền đã cho phép; giải quyết các tranh chấp và yêu sách về đất đai, cơ sở thờ tự mà các giáo hội đã giao cho Nhà nước sử dụng.
Xử lý một số trường hợp vi phạm là người nước ngoài như: người nước ngoài đến Kiên Giang với mục đích viện trợ, du lịch, hợp tác đầu tư nhưng lại có hoạt động tơn giáo tại các cơ sở tơn giáo và quan hệ với tín đồ tơn giáo nhằm mục đích phát triển tơn giáo trái với quy định của Nhà nước Việt Nam; thu giữ một số tài liệu, sách tơn giáo có nội dung xấu được đưa từ nước ngoài vào.