- Về khách quan:
+ Kiên Giang là tỉnh có đơng đồng bào Công giáo di cư, vấn đề lịch sử các tôn giáo khá phức tạp; địa bàn rộng, nhiều vùng sâu, vùng xa, vùng biên giới nên công tác đấu tranh chống CTLTĐ LDTG gặp rất nhiều khó khăn, phức tạp.
+ Các đối tượng trong tôn giáo được địch cài cắm lại ở Kiên Giang sau năm 1975 tiếp tục hoạt động, nhất là số ngụy quân, ngụy quyền, chức sắc trong Công giáo, chúng đã lơi kéo một bộ phận quần chúng tín đồ thành lập nhiều tổ chức phản động. Điều này đã gây khơng ít khó khăn cho cơng tác đấu tranh chống địch LDTG của LLAN.
+ Vấn đề tôn giáo, dân tộc ở Kiên Giang là rất phức tạp, nhạy cảm mà các thế lực thù địch và bọn phản động ln tìm mọi cách để chống phá ta.
+ Do sự tác động phức tạp của tình hình tơn giáo thế giới và khu vực, lịch sử phức tạp về tôn giáo ở Kiên Giang... nên LLAN Kiên Giang không lường hết được sự chống phá quyết liệt của CTLTĐ LDTG.
- Về chủ quan:
+ Do nhận thức chưa đầy đủ và kịp thời của một bộ phận cán bộ, đảng viên về vấn đề tôn giáo và hoạt động LDTG, nên chưa thống nhất trong công tác chỉ đạo, phối hợp lực lượng, cũng như chú trọng đầu tư đúng mức cho công tác đấu tranh chống CTLTĐ LDTG xâm phạm ANQG.
+ Chúng ta còn thiếu một hệ thống văn bản có giá trị pháp lý về tôn giáo và đấu tranh chống hoạt động LDTG. Điều này, đã gây khó khăn, hạn chế trong cơng tác phối hợp lực lượng, đấu tranh chống địch LDTG và giải quyết vấn đề tôn giáo trên địa bàn.
+ Công tác tuyên truyền, giáo dục về âm mưu và hoạt động LDTG của CTLTĐ thiếu thường xuyên, liên tục, nội dụng và phương pháp chậm được đổi mới nên hiệu quả chưa cao.
+ Lực lượng An ninh làm công tác đấu tranh chống địch LDTG còn yếu và thiếu, chưa đủ sức quản lý địa bàn, đối tượng. MLBM còn mỏng và chất lượng khơng cao nên việc nắm tình hình chưa đáp ứng được yêu cầu trinh sát.
+ Phương tiện kỹ thuật của LLAN còn thiếu và lạc hậu nên chưa đáp ứng được u cầu cơng tác trong tình hình mới, kinh phí nghiệp vụ của LLAN còn hạn hẹp... nên hiệu quả đấu tranh chưa cao.