Quan sát đặc điểm hình thái của 4 chủng vi khuẩn nhận thấy cả 4 chủng đều có hình que, có 3 chủng Gram dương và chủng ST8 Gram âm. Điều này phù hợp với kết quả của nhiều cơng trình nghiên cứu khoa học đã công bố trước đây cho rằng các chủng vi sinh vật sinh hydro có thể là Gram âm hoặc Gram dương, và có dạng hình que. Các chủng này được nhân giống để phục vụ cho các thí nghiệm tiếp theo.
3.1.2. Kết quả định danh bằng khóa phân loại Bergey
Sau khi phân lập được các chủng khác nhau, dựa vào đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa, 4 chủng sẽ được đánh giá dựa vào Khóa phân loại Bergey để tuyển chọn những chủng có khả năng sinh hydro.
Bảng 3.2: Tính chất sinh lý hóa sinh của các chủng đã phân lập từ dạ dày bò
Ký hiệu chủng ST1 ST4 ST5 ST8 Gram + + + - Di động + - + + Catalase - - - + Urease - - - - Indole - + - - Gelatinese + + - Lectin - + - + Citrate - - - + Oxidase - - - - MR + - VP - + + + Khả năng sinh bào tử + + + -
Dựa vào khóa định loại Berey các chủng ST1, ST4, ST5 có các đặc điểm đặc trưng thuộc chi Clostridium như: Gram dương, catalase âm tính, có khả năng sinh bào tử [66].
3.1.3. Kết quả định danh bằng phương pháp 16S rRNA
DNA genome của các chủng vi khuẩn được tách từ một khuẩn lạc đơn sau đó chạy điện di để kiểm tra kích thước genome. Kết quả chạy điện di cho thấy kích thước genome của vi khuẩn là khoảng 10000bp. Đoạn DNA của các chủng vi khuẩn được dùng làm khuôn để tiến hành PCR, nhân bản đoạn gen 16S rRNA nhờ sử dụng cặp mồi đặc hiệu là 27F và 1527R [74].
Sản phẩm PCR được tinh sạch và chạy điện di, kết quả chạy điện di (Hình 3.2) cho thấy sản phẩm PCR lên băng rõ nét, không lên băng phụ, khơng bị nhiễu và có kích thước điện di sản phẩm khoảng 1500bp, phù hợp với kích thước của đoạn gen mã hóa 16S rRNA của vi khuẩn.