Kiểm tra việc sử dụng công chức cấp xã của sở nội vụ có thể được tiến hành theo 2 hình thức là kiểm tra định kỳ và kiểm tra đột xuất. Trong đó, theo Nguyễn Thị Ngọc Huyền, Đoàn Thị Thu Hà và Đỗ Thị Hải Hà (2012), kiểm tra định kỳ là “hình thức kiểm tra được tiến hành theo kế hoạch đã được phê duyệt”, thường là kế hoạch hàng năm. Kiểm tra đột xuất “là hình thức kiểm tra được tiến hành khi phát hiện cơ quan, tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc do thủ trưởng cơ quan quản lý có thẩm quyền giao cho”.
- Đối với kiểm tra định kỳ
Lập kế hoạch kiểm tra là khâu đầu tiên của quá trình kiểm tra việc quản lý công chức cấp xã của sở nội vụ
+ Căn cứ lập kế hoạch kiểm tra: sở nội vụ căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ của mình; căn cứ vào nhân lực của sở nội vụ dành cho việc thực hiện công tác kiểm tra; căn cứ vào báo cáo kết quả hoạt động của UBND các huyện trong đó có hoạt động quản lý công chức cấp xã; căn cứ vào các thông tin thu thập được về thực trạng chấp hành pháp luật về quản lý công chức cấp xã trên địa bàn tỉnh; căn cứ vào kết quả kiểm tra việc quản lý công chức cấp xã những năm trước năm kế hoạch.
+ Nội dung của kế hoạch kiểm tra: Kế hoạch kiểm tra việc quản lý công chức cấp xã của sở nội vụ ngoài mục đích, yêu cầu kiểm tra, cách thức tổ chức thực hiện còn trình bày chi tiết, cụ thể về đối tượng kiểm tra, tiến độ thực hiện, nội dung kiểm tra, đơn vị chủ trì, đơn vị phối hợp, thời kỳ kiểm tra, thời gian triển khai đến khi hoàn thành kiểm tra và đảm bảo chỉ lên kế hoạch kiểm tra các nội dung theo đúng thẩm quyền của sở nội vụ.
+ Ban hành quyết định phê duyệt kế hoạch kiểm tra: thanh tra sở nội vụ sau khi phối hợp với phòng xây dựng chính quyền lập kế hoạch kiểm tra việc quản lý công chức cấp xã sẽ xin ý kiến của thanh tra tỉnh. Sau khi nhận được công văn của thanh tra tỉnh cho ý kiến về kế hoạch kiểm tra, chánh thanh tra sở sẽ đề nghị lên giám đốc sở nội vụ để ký quyết định ban hành kế hoạch kiểm tra việc quản lý công chức cấp xã.
- Đối với kiểm tra đột xuất
Khi có đơn thư, khiếu nại tố cáo của công chức cấp xã, phản ánh của các cơ quan truyền thông đại chúng hoặc UBND cấp huyện, cấp xã có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, giám đốc sở nội vụ sẽ ban hành quyết định kiểm tra. Trong quyết định kiểm tra cũng chỉ rõ đối tượng kiểm tra, thời điểm kiểm tra, thời hạn kiểm tra, phạm vi kiểm tra và các nội dung kiểm tra cụ thể.