Theo Điều 9 Quyết định số 1284/2002/QĐ-NHNN, chủ tài khoản có đầy đủ quyền đối với tài khoản, bao gồm quyền sử dụng số tiền trên tài khoản thông qua các lệnh thanh toán hợp pháp, hợp lệ; được lựa chọn và sử dụng các dịch vụ thanh toán do Ngân hàng cung cấp phù hợp với yêu cầu, khả năng và quy định của pháp luật; được ủy quyền cho người khác sử dụng tài khoản
theo quy định; được yêu cầu Ngân hàng nơi mở tài khoản thực hiện các lệnh thanh toán phát sinh hợp pháp, hợp lệ trong phạm vi số dư Có và hạn mức thấu chi (nếu được phép); được yêu cầu cung cấp các thông tin về những giao dịch thanh toán và số dư trên tài khoản của mình; được thay đổi cách sử dụng tài khoản khi cần thiết; được hưởng lãi suất cho số tiền trên tài khoản theo mức lãi suất do Ngân hàng quy định tùy theo đặc điểm của tài khoản, số tài khoản và phù hợp với cơ chế quản lý lãi suất của Ngân hàng Nhà nước ban hành trong từng thời kỳ.
Như vậy, toàn bộ quyền sử dụng, quản lý, định đoạt tài khoản thanh toán thuộc về chủ tài khoản. Điều này gây những mâu thuẫn đối với tài khoản của tổ chức. Vì mặc dù tài khoản thanh toán là tài sản thuộc sở hữu của tổ chức nhưng quyền sử dụng, định đoạt tài khoản này lại thuộc về của một cá nhân là chủ tài khoản. Vì vậy, ngay cả trong trường hợp những chủ sở hữu của tổ chức muốn sử dụng, định đoạt tài khoản cũng buộc phải thông qua chủ tài khoản. Trường hợp dưới đây là một ví dụ:
Công ty trách nhiệm hữu hạn X được thành lập với ba thành viên góp vốn, tỷ lệ góp vốn là A góp 40%, B góp 25%, C góp 35%. A là chủ tịch Hội đồng thành viên của công ty, C là giám đốc - người đại diện pháp luật của công ty. Công ty mở tài khoản tại các Ngân hàng với người đại diện pháp luật làm chủ các tài khoản.
Tuy nhiên, sau một thời gian làm ăn, C cất giữ con dấu để sử dụng riêng, đồng thời viết Ủy nhiệm chi rút tiền trên các tài khoản để sử dụng với mục đích riêng. Biết chuyện này, A và B viết Đơn đề nghị Ngân hàng cho chuyển tiền sang tài khoản khác hoặc phong tỏa các tài khoản để không cho A rút tiền/chuyển tiền từ tài khoản. Tuy nhiên, do con dấu đã bị C giấu đi nên Đơn đề nghị này không được đóng dấu, vì vậy mặc dù A và B đại diện cho 65% vốn góp của Công ty nhưng không đủ hiệu lực để chuyển tiền cũng như phong tỏa tài khoản.
A và B muốn triệu tập họp Hội đồng thành viên để bãi miễn chức vụ giám đốc của bên A, thay đổi người đại diện theo pháp luật của công ty nhưng do không có con dấu, quyết định của hội đồng quản trị không đầy đủ giá trị pháp lý vì Điều 1 Nghị định số 58/2001/NĐ-CP của Chính phủ về quản lý và sử dụng con dấu quy định: "Con dấu thể hiện vị trí pháp lý và khẳng định giá trị pháp lý đối với các văn bản, giấy tờ của các cơ quan, tổ chức và các chức danh nhà nước" [1]. Trong khi đó, Ngân hàng không thể từ chối thực hiện Ủy nhiệm chi có đầy đủ chữ ký của chủ tài khoản và kế toán trưởng cũng với con dấu đã đăng ký tại Ngân hàng vì Ủy nhiệm chi này đầy đủ giá trị theo đúng các quy định về tài khoản.
Ngoài ra, theo quy định của Luật doanh nghiệp 2005 thì một số hợp đồng giao dịch của công ty phải được sự chấp thuận của các cơ quan có thẩm quyền của công ty (Ví dụ: Điều 120 Luật doanh nghiệp 2005 quy định về Hợp đồng, giao dịch phải được Đại hội đồng cổ đông hoặc Hội đồng quản trị chấp thuận). Tuy nhiên, theo Điều 9 Quyết định số 1284/2002/QĐ-NHNN nêu trên thì việc chuyển tiền để thực hiện các giao dịch đó thì chỉ cần chủ tài khoản thực hiện.
Một đặc thù của tài khoản thanh toán là số dư tài khoản cũng là đối tượng được bảo hiểm theo Luật Bảo hiểm tiền gửi năm 2012 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2013. Theo đó, trong trường hợp Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có văn bản chấm dứt kiểm soát đặc biệt hoặc văn bản chấm dứt áp dụng hoặc văn bản không áp dụng các biện pháp phục hồi khả năng thanh toán mà tổ chức tín dụng là tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi vẫn lâm vào tình trạng phá sản hoặc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có văn bản xác định chi nhánh ngân hàng nước ngoài là tổ chức tham gia bảo hiểm tiền gửi mất khả năng chi trả tiền gửi thì chủ tài khoản được tổ chức bảo hiểm tiền gửi chi trả tiền bảo hiểm theo hạn mức do Thủ tướng Chính phủ quy định theo đề nghị của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam trong từng thời kỳ.
Cùng với các quyền như trên, chủ tài khoản cũng phải thực hiện các nghĩa vụ nhất định theo quy định tại Điều 10 Quyết định số 1284/2002/QĐ-NHNN như: đảm bảo có đủ tiền trên tài khoản để thực hiện các lệnh thanh toán đã lập, chịu trách nhiệm về việc chi trả vượt quá số dư Có trên tài khoản thanh toán trừ trường hợp đã có thỏa thuận thấu chi với Ngân hàng; chịu trách nhiệm về những sai sót hay hành vi lợi dụng, lừa đảo khi sử dụng dịch vụ thanh toán qua tài khoản do lỗi của mình; tuân thủ các hướng dẫn của Ngân hàng nơi mở tài khoản về việc lập các lệnh thanh toán và sử dụng phương tiện thanh toán, thực hiện giao dịch thanh toán qua tài khoản; sử dụng, luân chuyển, lưu trữ chứng từ giao dịch; đảm bảo các biện pháp an toàn trong thanh toán do Ngân hàng quy định; thông báo kịp thời với Ngân hàng nơi mở tài khoản khi phát hiện thấy sai sót, nhầm lẫn trên tài khoản của mình hoặc tài khoản của mình bị lợi dụng; cung cấp thông tin chính xác khi yêu cầu sử dụng dịch vụ thanh toán hoặc trong quá trình sử dụng dịch vụ thanh toán qua tài khoản; không được cho thuê, cho mượn tài khoản, hoặc sử dụng tài khoản của mình cho các giao dịch thanh toán đối với những khoản tiền đã có bằng chứng về nguồn gốc bất hợp pháp.